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因为通过长期的进化，细菌中含有某种限制酶的细胞，其DNA分子中或者不具备这种限制酶的识别切割序列。
或者通过甲基化酶将甲基转移到所识别序列的碱基上，使限制酶不能将其切开。这样，尽管细菌中含有某种限制酶也不会使自身的DNA被切断，并且可以防止外源DNA的入侵。
限制性内切酶能分裂DNA分子在一限定数目的专一部位上，它能识别外源DNA并将其降解。
限制性核酸内切酶是由细菌产生的，其生理意义是提高自身的防御能力。
扩展资料
限制酶在分子生物学与遗传工程领域有广泛的应用，此类酵素最早发现于某些品系的大肠杆菌体内，这些品系能够“限制”噬菌体对其感染，因此得名。
科学家认为限制酶是细菌所演化出来对抗病毒感染，并帮助将已殖入的病毒序列移除的机制。是限制修饰系统的一部分。
约翰霍普金斯大学的丹尼尔·那森斯、汉弥尔顿·史密斯与伯克利加州大学的沃纳·亚伯因为限制酶的发现及研究，而共同获得1978年的诺贝尔生理学或医学奖。
此酵素最早的应用之一，是用来将胰岛素转基因到大肠杆菌，使其具备生产人类胰岛素的能力。
参考资料来源：百度百科--限制性核酸内切酶
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细菌中限制酶之所以不切断自身DNA，是因为微生物在长期的进化过程中形成了一套完善的防御机制，对于外源入侵的DNA可以降解掉。生物在长期演化过程中，含有某种限制酶的细胞，其DNA分子中或者不具备这种限制酶的识别切割序列，或者通过甲基化酶将甲基转移到所识别序列的碱基上，使限制酶不能将其切开。这样，尽管细菌中含有某种限制酶也不会使自身的DNA被切断，并且可以防止外源DNA的入侵
所以，细菌内存在“修饰—限制系统”，即修饰酶和限制酶是同时存在的，是对立统一的，互相调节，互相监督的。
所以，细菌内存在“修饰—限制系统”，即修饰酶和限制酶是同时存在的，是对立统一的，互相调节，互相监督的。
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因为细菌本身的DNA可能没有这个限制性内切酶识别的序列
还有就是用-NH3保护
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