Question

MEGA4.1怎么做进化树？

从来没用过MEGA,不知道怎么弄，大家教教我。。我下载的版本是4.1
我要做进化树，MEGA序列比对能做吗？还有同源性，进化距离呢？？？

哎，我写论文时要用到，很急。请大家帮帮忙。。、。、

Answer 1

　　MEGA 的全称是Molecular Evolutionary Genetics Analysis 分子进化遗传分析。 MEGA 可用于序列比对、进化树的推断、估计分子进化速度、验证进化假说等。MEGA 还可以通过网络（NCBI）进行序列的比对和数据的搜索。
　　打开软件

　　选择Alignment —- Alignment Explorer/CLUSTAL，出现一个对话框：

　　根据提示内容，进行选择，在此我选择第一个“Create a new alignment”，出现：

　　根据自己的序列是核酸还是氨基酸序列进行选择，在此我选择“Yes”，出现：

　　Date — Open — Retrieve Sequences from File ，选择已在Clustal X中已对齐的格式文件[CLUSTAL文件(.aln)]：

　　选择之后，得到：

　　双击文件名可以进行修改 (某些Clustal X版本无法识别原FASTA文件名的，在这里就可以修改了，就像用汉化版的Clustal X 1.81不可以识别某些序列文件名) ，修改后如下：

　　右键菜单点击删除Clustal X中附带的“※”号行，修改文件名后可以保存“当前比对结果”，以便下次再用。然后再补充一下，此软件整合了Clustal X程序，菜单Alignment中选择“Align by Clustalx”即可。选择所要比对的序列，单击后出现下面这个对话框：

　　选择默认设置，点击OK就进行比对了。此后会出现一个过渡对话框，显示的是两两比对和多序列比对的过程：

　　等待其运行完成后，可以保存，也可以直接删除，出现对话框：

　　选择Yes，出现：

　　输入一个名称,如SIV-N2，接下来几步类似,保存后点YES出现:

　　当这个序列数据界面出来后，注意软件的主界面发生了一定的变化，多出了几个功能菜单：

　　选择主界面中的Phylogeny菜单，Bootstrap Test of Phylogeny — Neighbor-joining…

　　Bootstrap选择1000次重复，模型选择核酸—p-distance。Compute后，得出系统结构树，如下：BY kousyouki

Answer 2

给你两个链接吧，上面很详细
1、图文讲解MEGA4.1建进化树步骤：http://liucheng.name/603/
2、MEGA4的中文使用说明：http://liucheng.name/612/