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307-308 龙舌兰找到板仓卓，命令他开发一种系统软件，但遭到拒绝。黑衣组织之后不断骚扰板仓卓，最终迫使他就犯。
286-288
毛利兰在纽约遇到追捕银发杀人魔的赤井秀一，又在废仓库遇到逃亡中的受伤的银发杀人魔。银发杀人魔想将工藤新一和兰灭口，因栏杆断裂而从高处掉落，被二人所救。事后银发杀人魔被发现自杀，但是可疑的是现场所有的痕迹都被抹去。 （被兰所救的银发杀人魔为贝尔摩德假扮，自杀的银发杀人魔为贝尔摩德所杀）
- 莎朗假造了自己的死亡，以女儿克丽丝的假身份继续生活下去。
1、2、4
新一在兰去游乐场玩时无意间目睹了神秘的黑衣人地下交易，被伏特加、琴酒发现，强行灌药变小，后将此事告知阿笠博士，并决定隐藏身份，并化名江户川柯南，转入帝丹小学，成为少年侦探团一员。
5
52
漫画中柯南得知了琴酒和伏特加的代号（动画中为雾天狗杀人事件片头）。
43
工藤夫妇得知柯南身份。
48-49
服部平次登场，柯南喝下白干暂时恢复。
54
柯南偶遇龙舌兰，但龙舌兰随即被炸死。
57-58
服部平次得知柯南身份，二人开始合作。
128-131
宫野志保的姐姐宫野明美被琴酒杀害，宫野志保服药变小并逃离组织寄住阿笠博士家，化名灰原哀，说出药名是APTX4869，转入帝丹小学，之后还透露组织半个世纪前就已经策划某个大计划。
176-178
组织成员皮斯克在杯户饭店发现灰原身份，后被柯南所救，而皮斯克因办事不力被琴酒枪杀。贝尔摩德初登场，事后息影并在日本定居下来。
170-171
柯南解决新出智明的父亲被杀一案。
- 长大的茱蒂加入了FBI，追查贝尔摩德来到日本，以帝丹高中英语老师的身份潜伏下来。
-
贝尔摩德制造车祸企图害死新出智明一家，但新出被FBI暗中保护下来。贝尔摩德开始假冒新出的身份。
226-227
茱蒂首次登场并与柯南相识，并发现他非同一般。
230-231
少年侦探团和博士一行在公车上遇到一起去美术馆的茱蒂和新出，这时哀感到车上有组织的成员变得非常害怕，后来公车被强盗劫持，虽然最后在众人的努力下强盗被抓，但是哀留在快爆炸的车上想一死了之，最后被柯南所救。赤井秀一打电话表示正在监视某人。
253-254
假新出医生可能发现了柯南分析案情并利用变声器。
258-259
柯南等人结识詹姆斯·布莱克，后来他被赤井接走，詹姆斯也发现柯南的不一般。
269-270
高木提到与毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回。赤井监视毛利侦探事务所。
271-272
茱蒂在谈话中提到了FBI；贝尔摩德发邮件给琴酒，提到了雪莉酒，并且向打了叉的志保照片投飞镖，旁边还有柯南和兰的照片。
277-278
案卷的丢失让柯南很不安，他基本肯定了克丽丝是组织的成员，并进一步怀疑茱蒂=克里斯，刚巧赶来的服部对此很感兴趣，于是鼓动柯南去茱蒂的公寓试探，在双方接触过程中发生命案，案子虽然解决，但是对茱蒂的试探未果。最后茱蒂浴室的镜子后面出现柯南和兰的照片，并且照片上的字迹和贝尔摩德的一模一样。后续剧情表明，这是茱蒂曾潜入新出（即贝尔摩德）的房间，发现相关的照片后复制的，同时茱蒂也借此知道了贝尔摩德的目标是哀，另外柯南最后说的除茱蒂外的另两个可疑人物应该是赤井和新出。
284-288
毛利兰回忆起她和新一去纽约玩发生的事，记起赤井和FBI同行。
289-290
灰原哀提到沼渊己一郎是组织成员一事。
307-311
小五郎受托寻找失踪的电脑工程师板仓卓，从委托人的谈话中柯南了解到他就是当年在电玩公司杀人事件中被炸死的组织成员龙舌兰接触的对象。最后通过追查案件，柯南获得了组织的线索——板仓的日记（提到组织的庞大计划甚至可能“影响到人类的前途，要使时光倒流”），了解到组织的行踪，并试图冒充板仓与伏特加接头，但是被琴酒识破而失败，险些被琴酒抓到。
329-330
阿笠博士提到哀的父亲宫野厚司是一个很有名的疯狂科学家，而母亲艾莲娜是一个英国留学生，并且黑衣组织可能正在从事让死人复活的计划。
335-336
柯南和哀都被赤井秀一跟踪。由于哀与照片中的人物相似，因此FBI猜测她就是贝尔摩德的目标。另外最后赤井对着哀的照片说了一句“真是太像了”，暗示他和哀以前就曾相识。
338-339
340-341
哀患感冒，送医途中遇到命案，遇到兰、园子和茱蒂，赤井也跟踪而来。结局案件后，博士借茱蒂的车将哀送回了家，并找来新出医生给哀看病。之后贝尔摩德将哀的照片烧毁，表明发现哀下落，并在博士家安了窃听器。博士带柯南和哀去拜访哀父亲的生前好友、设计师出岛壮平，试图了解更多关于哀父亲的事。出岛被人谋杀，柯南在破案的同时，也找到了由哀的姐姐设法藏在设计所的、哀的母亲留给哀的录音带，其中提到了某件惊人的事情。之后贝尔摩德打电话找组织成员卡尔瓦多斯来帮忙，正策划着某项行动。
343-344
茱蒂辞去了帝丹高中老师的职务。兰和园子到茱蒂家中开聚会时，兰意外发现了镜子背后的照片。
345
贝尔摩德利用幽灵船活动，邀请了小五郎、新一和琴酒，试图调开柯南而刺杀哀；茱蒂了解到了这个计划，抢先一步接走哀并试图将贝尔摩德引入陷阱，但贝尔摩德将计就计作了安排；另一方面，柯南邀请服部平次化妆成自己赴会，而自己在母亲有希子的帮助下化妆成哀试图和黑衣组织接触；哀不放心柯南去，跟踪前往；兰因想了解茱蒂的真正身份躲在了茱蒂汽车的后备箱里并在最后关头救了哀。贝尔摩德不让向兰开枪并叫她angel，逃脱了赤井的追捕，并且向琴酒隐瞒了柯南和哀的事，而茱蒂设法瞒过了兰，同时柯南听到了贝尔摩德给那位先生发邮件时的按键音。
346-347 灰原哀拒绝证人保护计划。
361-362
真正的新出医生回归。
374-375
385-387
394-396
山村操给他奶奶发信息，开头按键音和Boss的邮件地址很像，是鸟取县，后来柯南等人去一音乐世家后，得知那个的按键声的旋律为《七个孩子》，还因此推理出Boss的邮箱地址。
425
柯南发现水无怜奈为组织成员，并与FBI阻止了组织的暗杀计划。行动中水无受伤，昏迷不醒。
429
本堂瑛祐登场。
462-465
贝尔摩德去水无怜奈出事目击者家，得到柯南注意；瑛祐在到毛利侦探事务所做客时有意无意的把话题引向水无怜奈，并希望柯南等人前去调查，引起了柯南的警觉。目击水无出事的小孩被贝尔摩德询问。黑衣组织加紧搜寻水无，琴酒初次提到了卧底于组织的人物（即后来的本堂姐弟二人的父亲伊森·本堂）。
484-485
柯南和灰原哀进行调查，得到一张瑛祐父亲的照片，瑛祐及水无的身份越来越清晰了。
491-504
瑛祐总给柯南不好的感觉，他四处寻找自己的姐姐、与水无长相完全相同的本堂瑛海，但两人血型不同。同时黑衣组织四处寻找水无。得到FBI帮助的水无假装昏迷不醒，被瑛祐袭击后不得不说出真实身份，原来水无为CIA的卧底也正是瑛祐的姐姐瑛海，姐弟二人的父亲也是CIA的卧底，已经身亡。水无答应赤井秀一重新返回组织，但是接到任务，并疑似杀死赤井秀一。
507-508
本堂瑛祐得知柯南身份，打算离开日本。
509
水无急报，组织派出了厉害的侦探波本。
工藤新一的房子里搬来名为冲矢昴的新房客。灰原哀对其产生反应。
511
柯南发现冲矢昴的推理能力很强，而且是左撇子，爱喝波本酒。
563-564
疑似赤井秀一的伤疤男出现，开枪救了柯南。FBI提及赤井秀一很喜欢喝波本酒。
578-581
伤疤秀一再次出现，将在商场发生的案件的推理用别人的手机发给了毛利小五郎。同时，在商场的茱蒂老师收到了“这里很危险，快逃”的字条。琴酒等人赶到，伤疤秀一在被瞄准时露出诡异的笑容，贝尔摩德带来boss撤退的命令。
616-621
工藤新一来到伦敦，并第四次恢复身体，并且第一次向毛利兰正面表白；同时工藤夫妇知道灰原哀是APTX4869的研发者。
646-651
自称侦探的世良真纯登场，并转入帝丹高中；之后在柯南平次侦探对决中，茱蒂、卡迈尔在看到世良的照片后表示世良“很像某个人”，而詹姆斯则一眼看出世良是女孩子。
656-657
世良在第一眼看到博士上传的视频时就发现了博士眼镜片中印出来的灰原哀的影子，并向光彦、元太打听了“博士家的小女孩”（即灰原哀）、邻居（即冲矢昴）的情况，可见她对灰原有很大兴趣。并对着冲矢昴的窗户说：“我还以为是谁随随便便地住进来了呢，不过现在看起来真是杞人忧天了啊……”最后世良将视频中意外拍到的灰原影像在电脑中删除。
667-668
自称侦探的安室透登场，事件解决后自愿成为小五郎的弟子。
671-674
冲矢昴脱口而出的一句“不要露出那种表情”，似乎让灰原感到相当在意。
贝尔摩得给波本打了电话，同一时间冲矢、世良和安室正在接听电话，波本似乎就是这三人其中之一。
675-676
世良似乎对新一早就有了解的样子，并对灰原也表现出兴趣。世良表示自己认识一个“从来不笑的人”，在注意到伤疤秀一的存在后对其相当关注。
灰原回想起冲矢的那句“不要露出那种表情”，和曾在组织卧底的诸星大（即赤井秀一）的用语十分相似。
681-683 安室透为高木的指导警官伊达航扫墓，暗示两人曾是朋友。
684-685 灰原的举动和二人对话表明，冲矢的颈部隐藏着某个秘密。
690-691
冲矢昴举止可疑，虽然证实脖子上无异样，但却没有说话，并众人离开后左手拿出之前藏起的梳子。世良在房间中发现了女性线索，冲矢因此被怀疑真实身份，后根据柯南的叙述得知“女性线索”很可能为工藤有希子所留。冲矢昴得知柯南真实身份。最后世良含泪回望柯南和兰，说：“果然我是个坏孩子呢。”
699-700
世良问小兰阿笠博士的车子颜色，假装在群马县与柯南偶遇，并试图让柯南通过她的手机与灰原哀联络，而步美等人困在被凶手纵火的小木屋中，灰原为了帮助大家逃生而服下APTX4869解药暂时恢复，世良对光彦拍下的视频中的宫野志保非常惊讶，另外此段视频也被安室透、冲矢昴通过网络看到。
701-704 黑衣组织计划在神秘列车上杀死雪莉，但被柯南委托基德假扮所救。 赤井确认为世良的大哥，安室确认是波本。列车停靠后贝尔摩德发现雪莉未死，但没有告诉其他组织成员。安室对赤井之死产生怀疑，准备重新调查。冲矢昴露出与赤井秀一相同的眼神。
706 安室透发现柯南使用麻醉针的动作。贝尔摩德劝安室离开毛利，安室拒绝并称对“沉睡的小五郎”产生兴趣。
723 安室透救少年侦探团于险境，冲矢昴通过楼上的窗户目送他离开。
724-725 世良重提“神秘列车”上帽子丢失的事情，询问小兰有没有见到“伤疤赤井”。
727-728
兰在看着世良跑远的背影不由自主地说出“波浪”，并说“看着世良跑走的背影，耳边总会响起海浪涟漪的声音”。柯南悄悄问世良：“你和我在哪里见过吗？”但世良未正面回答，并想：“很抱歉，现在还不能告诉你，因为还没到时候……”
734 柯南告诉茱蒂伤疤赤井为波本假扮，请她调查安室未离开波洛咖啡厅的原因。波本窃听柯南和朱蒂的对话，称柯南为“可怕的男人”。
739 柯南通过与高木警官的对话发现神社事件中赏樱游客弁崎桐平和其“妻子”为波本和贝尔摩德假扮。
744-745 世良提到自己的二哥，世良与二哥似乎知晓柯南身份，二哥询问世良是否见到了“魔法师”。
756
759-760
世良有意让柯南看到自己与一位神秘少女的合影。少女身体虚弱，与世良相像，要求世良称其为“领域外的妹妹”。
770-771 波本到杯户中央医院调查楠田陆道之死，获取了其死亡车辆中有手枪血迹的情报，提到自己幼年的外号“零”，回忆中出现长发女性。
779-783 波本在贝尔摩德的帮助下套出楠田在车内开枪自杀的情报，调查后突袭工藤宅，面对冲矢昴说出了赤井假死过程和伪装身份的推理。同时赤井在来叶山路现身，揭晓了波本的真名和公安警察卧底身份。冲矢昴确认为秀一易容，并送出基尔发来的朗姆出动的急报。
286-288
毛利兰在纽约遇到追捕银发杀人魔的赤井秀一，又在废仓库遇到逃亡中的受伤的银发杀人魔。银发杀人魔想将工藤新一和兰灭口，因栏杆断裂而从高处掉落，被二人所救。事后银发杀人魔被发现自杀，但是可疑的是现场所有的痕迹都被抹去。 （被兰所救的银发杀人魔为贝尔摩德假扮，自杀的银发杀人魔为贝尔摩德所杀）
- 莎朗假造了自己的死亡，以女儿克丽丝的假身份继续生活下去。
1、2、4
新一在兰去游乐场玩时无意间目睹了神秘的黑衣人地下交易，被伏特加、琴酒发现，强行灌药变小，后将此事告知阿笠博士，并决定隐藏身份，并化名江户川柯南，转入帝丹小学，成为少年侦探团一员。
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52
漫画中柯南得知了琴酒和伏特加的代号（动画中为雾天狗杀人事件片头）。
43
工藤夫妇得知柯南身份。
48-49
服部平次登场，柯南喝下白干暂时恢复。
54
柯南偶遇龙舌兰，但龙舌兰随即被炸死。
57-58
服部平次得知柯南身份，二人开始合作。
128-131
宫野志保的姐姐宫野明美被琴酒杀害，宫野志保服药变小并逃离组织寄住阿笠博士家，化名灰原哀，说出药名是APTX4869，转入帝丹小学，之后还透露组织半个世纪前就已经策划某个大计划。
176-178
组织成员皮斯克在杯户饭店发现灰原身份，后被柯南所救，而皮斯克因办事不力被琴酒枪杀。贝尔摩德初登场，事后息影并在日本定居下来。
170-171
柯南解决新出智明的父亲被杀一案。
- 长大的茱蒂加入了FBI，追查贝尔摩德来到日本，以帝丹高中英语老师的身份潜伏下来。
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贝尔摩德制造车祸企图害死新出智明一家，但新出被FBI暗中保护下来。贝尔摩德开始假冒新出的身份。
226-227
茱蒂首次登场并与柯南相识，并发现他非同一般。
230-231
少年侦探团和博士一行在公车上遇到一起去美术馆的茱蒂和新出，这时哀感到车上有组织的成员变得非常害怕，后来公车被强盗劫持，虽然最后在众人的努力下强盗被抓，但是哀留在快爆炸的车上想一死了之，最后被柯南所救。赤井秀一打电话表示正在监视某人。
253-254
假新出医生可能发现了柯南分析案情并利用变声器。
258-259
柯南等人结识詹姆斯·布莱克，后来他被赤井接走，詹姆斯也发现柯南的不一般。
269-270
高木提到与毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回。赤井监视毛利侦探事务所。
271-272
茱蒂在谈话中提到了FBI；贝尔摩德发邮件给琴酒，提到了雪莉酒，并且向打了叉的志保照片投飞镖，旁边还有柯南和兰的照片。
277-278
案卷的丢失让柯南很不安，他基本肯定了克丽丝是组织的成员，并进一步怀疑茱蒂=克里斯，刚巧赶来的服部对此很感兴趣，于是鼓动柯南去茱蒂的公寓试探，在双方接触过程中发生命案，案子虽然解决，但是对茱蒂的试探未果。最后茱蒂浴室的镜子后面出现柯南和兰的照片，并且照片上的字迹和贝尔摩德的一模一样。后续剧情表明，这是茱蒂曾潜入新出（即贝尔摩德）的房间，发现相关的照片后复制的，同时茱蒂也借此知道了贝尔摩德的目标是哀，另外柯南最后说的除茱蒂外的另两个可疑人物应该是赤井和新出。
284-288
毛利兰回忆起她和新一去纽约玩发生的事，记起赤井和FBI同行。
289-290
灰原哀提到沼渊己一郎是组织成员一事。
307-311
小五郎受托寻找失踪的电脑工程师板仓卓，从委托人的谈话中柯南了解到他就是当年在电玩公司杀人事件中被炸死的组织成员龙舌兰接触的对象。最后通过追查案件，柯南获得了组织的线索——板仓的日记（提到组织的庞大计划甚至可能“影响到人类的前途，要使时光倒流”），了解到组织的行踪，并试图冒充板仓与伏特加接头，但是被琴酒识破而失败，险些被琴酒抓到。
329-330
阿笠博士提到哀的父亲宫野厚司是一个很有名的疯狂科学家，而母亲艾莲娜是一个英国留学生，并且黑衣组织可能正在从事让死人复活的计划。
335-336
柯南和哀都被赤井秀一跟踪。由于哀与照片中的人物相似，因此FBI猜测她就是贝尔摩德的目标。另外最后赤井对着哀的照片说了一句“真是太像了”，暗示他和哀以前就曾相识。
338-339
340-341
哀患感冒，送医途中遇到命案，遇到兰、园子和茱蒂，赤井也跟踪而来。结局案件后，博士借茱蒂的车将哀送回了家，并找来新出医生给哀看病。之后贝尔摩德将哀的照片烧毁，表明发现哀下落，并在博士家安了窃听器。博士带柯南和哀去拜访哀父亲的生前好友、设计师出岛壮平，试图了解更多关于哀父亲的事。出岛被人谋杀，柯南在破案的同时，也找到了由哀的姐姐设法藏在设计所的、哀的母亲留给哀的录音带，其中提到了某件惊人的事情。之后贝尔摩德打电话找组织成员卡尔瓦多斯来帮忙，正策划着某项行动。
343-344
茱蒂辞去了帝丹高中老师的职务。兰和园子到茱蒂家中开聚会时，兰意外发现了镜子背后的照片。
345
贝尔摩德利用幽灵船活动，邀请了小五郎、新一和琴酒，试图调开柯南而刺杀哀；茱蒂了解到了这个计划，抢先一步接走哀并试图将贝尔摩德引入陷阱，但贝尔摩德将计就计作了安排；另一方面，柯南邀请服部平次化妆成自己赴会，而自己在母亲有希子的帮助下化妆成哀试图和黑衣组织接触；哀不放心柯南去，跟踪前往；兰因想了解茱蒂的真正身份躲在了茱蒂汽车的后备箱里并在最后关头救了哀。贝尔摩德不让向兰开枪并叫她angel，逃脱了赤井的追捕，并且向琴酒隐瞒了柯南和哀的事，而茱蒂设法瞒过了兰，同时柯南听到了贝尔摩德给那位先生发邮件时的按键音。
346-347 灰原哀拒绝证人保护计划。
361-362
真正的新出医生回归。
374-375
385-387
394-396
山村操给他奶奶发信息，开头按键音和Boss的邮件地址很像，是鸟取县，后来柯南等人去一音乐世家后，得知那个的按键声的旋律为《七个孩子》，还因此推理出Boss的邮箱地址。
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柯南发现水无怜奈为组织成员，并与FBI阻止了组织的暗杀计划。行动中水无受伤，昏迷不醒。
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本堂瑛祐登场。
462-465
贝尔摩德去水无怜奈出事目击者家，得到柯南注意；瑛祐在到毛利侦探事务所做客时有意无意的把话题引向水无怜奈，并希望柯南等人前去调查，引起了柯南的警觉。目击水无出事的小孩被贝尔摩德询问。黑衣组织加紧搜寻水无，琴酒初次提到了卧底于组织的人物（即后来的本堂姐弟二人的父亲伊森·本堂）。
484-485
柯南和灰原哀进行调查，得到一张瑛祐父亲的照片，瑛祐及水无的身份越来越清晰了。
491-504
瑛祐总给柯南不好的感觉，他四处寻找自己的姐姐、与水无长相完全相同的本堂瑛海，但两人血型不同。同时黑衣组织四处寻找水无。得到FBI帮助的水无假装昏迷不醒，被瑛祐袭击后不得不说出真实身份，原来水无为CIA的卧底也正是瑛祐的姐姐瑛海，姐弟二人的父亲也是CIA的卧底，已经身亡。水无答应赤井秀一重新返回组织，但是接到任务，并疑似杀死赤井秀一。
507-508
本堂瑛祐得知柯南身份，打算离开日本。
509
水无急报，组织派出了厉害的侦探波本。
工藤新一的房子里搬来名为冲矢昴的新房客。灰原哀对其产生反应。
511
柯南发现冲矢昴的推理能力很强，而且是左撇子，爱喝波本酒。
563-564
疑似赤井秀一的伤疤男出现，开枪救了柯南。FBI提及赤井秀一很喜欢喝波本酒。
578-581
伤疤秀一再次出现，将在商场发生的案件的推理用别人的手机发给了毛利小五郎。同时，在商场的茱蒂老师收到了“这里很危险，快逃”的字条。琴酒等人赶到，伤疤秀一在被瞄准时露出诡异的笑容，贝尔摩德带来boss撤退的命令。
616-621
工藤新一来到伦敦，并第四次恢复身体，并且第一次向毛利兰正面表白；同时工藤夫妇知道灰原哀是APTX4869的研发者。
646-651
自称侦探的世良真纯登场，并转入帝丹高中；之后在柯南平次侦探对决中，茱蒂、卡迈尔在看到世良的照片后表示世良“很像某个人”，而詹姆斯则一眼看出世良是女孩子。
656-657
世良在第一眼看到博士上传的视频时就发现了博士眼镜片中印出来的灰原哀的影子，并向光彦、元太打听了“博士家的小女孩”（即灰原哀）、邻居（即冲矢昴）的情况，可见她对灰原有很大兴趣。并对着冲矢昴的窗户说：“我还以为是谁随随便便地住进来了呢，不过现在看起来真是杞人忧天了啊……”最后世良将视频中意外拍到的灰原影像在电脑中删除。
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自称侦探的安室透登场，事件解决后自愿成为小五郎的弟子。
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冲矢昴脱口而出的一句“不要露出那种表情”，似乎让灰原感到相当在意。
贝尔摩得给波本打了电话，同一时间冲矢、世良和安室正在接听电话，波本似乎就是这三人其中之一。
675-676
世良似乎对新一早就有了解的样子，并对灰原也表现出兴趣。世良表示自己认识一个“从来不笑的人”，在注意到伤疤秀一的存在后对其相当关注。
灰原回想起冲矢的那句“不要露出那种表情”，和曾在组织卧底的诸星大（即赤井秀一）的用语十分相似。
681-683 安室透为高木的指导警官伊达航扫墓，暗示两人曾是朋友。
684-685 灰原的举动和二人对话表明，冲矢的颈部隐藏着某个秘密。
690-691
冲矢昴举止可疑，虽然证实脖子上无异样，但却没有说话，并众人离开后左手拿出之前藏起的梳子。世良在房间中发现了女性线索，冲矢因此被怀疑真实身份，后根据柯南的叙述得知“女性线索”很可能为工藤有希子所留。冲矢昴得知柯南真实身份。最后世良含泪回望柯南和兰，说：“果然我是个坏孩子呢。”
699-700
世良问小兰阿笠博士的车子颜色，假装在群马县与柯南偶遇，并试图让柯南通过她的手机与灰原哀联络，而步美等人困在被凶手纵火的小木屋中，灰原为了帮助大家逃生而服下APTX4869解药暂时恢复，世良对光彦拍下的视频中的宫野志保非常惊讶，另外此段视频也被安室透、冲矢昴通过网络看到。
701-704 黑衣组织计划在神秘列车上杀死雪莉，但被柯南委托基德假扮所救。 赤井确认为世良的大哥，安室确认是波本。列车停靠后贝尔摩德发现雪莉未死，但没有告诉其他组织成员。安室对赤井之死产生怀疑，准备重新调查。冲矢昴露出与赤井秀一相同的眼神。
706 安室透发现柯南使用麻醉针的动作。贝尔摩德劝安室离开毛利，安室拒绝并称对“沉睡的小五郎”产生兴趣。
723 安室透救少年侦探团于险境，冲矢昴通过楼上的窗户目送他离开。
724-725 世良重提“神秘列车”上帽子丢失的事情，询问小兰有没有见到“伤疤赤井”。
727-728
兰在看着世良跑远的背影不由自主地说出“波浪”，并说“看着世良跑走的背影，耳边总会响起海浪涟漪的声音”。柯南悄悄问世良：“你和我在哪里见过吗？”但世良未正面回答，并想：“很抱歉，现在还不能告诉你，因为还没到时候……”
734 柯南告诉茱蒂伤疤赤井为波本假扮，请她调查安室未离开波洛咖啡厅的原因。波本窃听柯南和朱蒂的对话，称柯南为“可怕的男人”。
739 柯南通过与高木警官的对话发现神社事件中赏樱游客弁崎桐平和其“妻子”为波本和贝尔摩德假扮。
744-745 世良提到自己的二哥，世良与二哥似乎知晓柯南身份，二哥询问世良是否见到了“魔法师”。
756
759-760
世良有意让柯南看到自己与一位神秘少女的合影。少女身体虚弱，与世良相像，要求世良称其为“领域外的妹妹”。
770-771 波本到杯户中央医院调查楠田陆道之死，获取了其死亡车辆中有手枪血迹的情报，提到自己幼年的外号“零”，回忆中出现长发女性。
779-783 波本在贝尔摩德的帮助下套出楠田在车内开枪自杀的情报，调查后突袭工藤宅，面对冲矢昴说出了赤井假死过程和伪装身份的推理。同时赤井在来叶山路现身，揭晓了波本的真名和公安警察卧底身份。冲矢昴确认为秀一易容，并送出基尔发来的朗姆出动的急报。
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001 云霄飞车杀人事件 (黑衣组织—琴酒 、伏特加出场，工藤新一喝下APTX4869变小。大幕拉开，柯南登场)
002 董事长千金诱拐事件(阿笠博士知道其身份，工藤新一化名为江户川柯南）
013 奇怪的寻亲杀人事件（宫野明美初登场）
043 江户川柯南诱拐事件(父母知道变小)
048 外交官杀人事件（上集）
049 外交官杀人事件（下集）(服部平次登场，工藤新一第一次恢复)
054 电玩公司杀人事件 (龙舌兰出现，被炸死)
057 福尔摩斯迷杀人事件（上集）
058 福尔摩斯迷杀人事件（下集）(平次知道身份)
128 黑暗组织10亿抢劫事件 （宫野明美死亡，黑衣组织浮出水面）
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 (灰原哀出场）
130 竞技场无差别胁迫事件(前篇)(灰原说出了工藤新一与组织在半个世纪前就有了关系)
170 黑暗之中的死角 （上集）（重要人物新出医生登场）
171 黑暗之中的死角 （下集）
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）(皮斯克出场)
177 与黑暗组织的再会（柯南篇） （宫野志保第一次恢复）
178 与黑暗组织的再会（解决篇） （皮斯克被琴酒灭口，贝尔摩德出场）
188 性命交关的复活-洞窟内的侦探团
189 危命的复活_负伤的名侦探
190 危命的复活_第三种选择 （工藤新一第二次恢复）
191 危命的复活_黑衣骑士
192 危命的复活_新一回来了
193 危命的复活_约定的场所
226 格斗游戏的陷阱（上集） （朱蒂出场）
227 格斗游戏的陷阱（下集）
230 谜一样的乘客（上集） （赤井秀一出场，形势复杂）
231 谜一样的乘客（下集）
242 元太的灾难（提到GIN是左撇子)
258 来自芝加哥的男子（上集） （詹姆斯·布莱克出场）
259 来自芝加哥的男子（下集）
269 犯罪的遗物 （上集） （毛利小五郎的卷宗被盗，目标直指柯南）
270 犯罪的遗物 （下集）
271 急忙掩饰的忽略（上集）
272 急忙掩饰的忽略（下集） （灰原被怀疑，形势危急）
277 英语教师VS西部名侦探（上集） （柯南叫博士调查克里斯·宾亚德）
278 英语教师VS西部名侦探（下集）
279 迷宫的阴暗（上集）
280 迷宫的阴暗（下集）
286 工藤新一纽约事件（事件篇） （知道克里斯就是美国已故大明星莎隆.宾亚德的女儿。）
287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）（贝尔摩德扮成杀人魔登场，赤井秀一对其进行追踪。兰知道赤井秀一是FBI。）
307 无声的证据（前篇）（再次抓住黑暗组织的尾巴）
308 无声的证据（后篇）（下一集的引子）
309 与黑暗组织的接触（交涉篇）
310 与黑暗组织的接触（追踪篇）
311 与黑暗组织的接触（决死篇）（柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件）
329金钱买不到的友情（上集）（本集中提到了灰原的父亲：宫野厚司。是阿笠博士的旧识。)
330金钱买不到的友情（下集）
335 东京现影所的秘密（前篇） （灰原被跟踪，山雨欲来）
336 东京现影所的秘密（后篇）
338 四辆保时捷（前篇）
339 四辆保时捷（后篇）（茱蒂、赤井发现灰原与黑衣组织有联系、贝尔摩德知道灰原的身份）
340 厕所里隐藏的秘密（前篇）
341 厕所里隐藏的秘密（后篇）（灰原在厕所中找到了妈妈的录音留言）
343 便利店的陷阱（前篇）
344 便利店的陷阱（后篇）（小兰发现茱蒂老师公寓墙后的照片，引起对朱蒂身份的怀疑）
345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件 （茱蒂、赤井、詹姆斯身份曝光）
346 寻找P股上的印记（前篇） （为上一集善后）
347 寻找P股上的印记（后篇）
361 帝丹高中的学校怪谈（前篇）（真正的新出医生回归）
362 帝丹高中的学校怪谈（后篇）
374 星星和香烟的暗号（前篇）
375 星星和香烟的暗号（后篇）（柯南听到山村警官给他奶奶打电话的按键音和贝尔摩的给Boss发简讯时的按键音相似，推测boss在鸟取县）
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(前奏曲)
386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(间奏曲)
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲) (boss的手机号被发现，斗争新动向）
425 被组织的魔掌触碰的瞬间 （水无怜奈、基安蒂、科恩出场，烽烟再起）
429 无法回到从前的两人(前篇) （本堂瑛佑出场）
430 无法回到从前的两人(后篇)
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者 （本堂瑛佑行事诡异，引起柯南注意）
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星
484 黑色照片的去向（前篇）
485 黑色照片的去向（后篇）
491 红与黑的碰撞 开始 （最精彩的一个系列，不可不看）
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职 （第二次对决，赤井秀一疑似牺牲，水无怜奈CIA身份遭到组织怀疑）
507 卡拉OK包房的死角（前篇)
508 卡拉OK包房的死角（后篇）（本堂瑛佑知道柯南是工藤新一，柯南在得知FBI有人死了之后想：没问题。这也成为赤井秀一没有死的疑似证据之一）
509 红白黄色与侦探团（水无怜奈给朱蒂传递信息，组织派出一名代号为波本的成员专门调查雪莉。冲矢昴出场，灰原哀察觉出异样）
510 柯南VS W暗号之谜
511 推理对决！新一VS冲矢昴
521 杀人犯 工藤新一
522 新一的真正身份和兰的眼泪（工藤新一第三次恢复）
523 真正想问的事
524 令人憎恨的蓝色火花（前篇）（最前面一部分，交代上一集的结果）
542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)
543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)（冲矢昴的言语直逼灰原）
563 侦探团VS强盗团(骚乱)
564 侦探团VS强盗团(沉默)（疑似赤井秀一的人登场) 柯南主线人物
578 召唤危机的红色预兆
579 黑与13的暗示（疑似秀一的男子和冲矢昴同时出现，局势再次混乱，赤井秀一身份再次遭人怀疑）
580 紧迫黑色的时限（水无怜奈被gin怀疑没有杀掉赤井秀一，准备杀掉水无，并对赤井秀一进行狙击。但事实上是波本假扮的赤井秀一，从贝尔摩得口中得知boss的命令后，波本与gin两人发生分歧）
581 红色的摇摆目标（水无怜奈被琴酒怀疑没有杀掉赤井秀一，琴酒准备让基安蒂对疑似赤井秀一的人进行狙击但并未成功)
710-711 迫近灰原秘密的身影
712-715 漆黑的特快列车(为抓sherry，黑衣组织在列车上设陷阱 知道波本真正身份：安室透)
716 密室里的柯南
717 解开谜题的波本
002 董事长千金诱拐事件(阿笠博士知道其身份，工藤新一化名为江户川柯南）
013 奇怪的寻亲杀人事件（宫野明美初登场）
043 江户川柯南诱拐事件(父母知道变小)
048 外交官杀人事件（上集）
049 外交官杀人事件（下集）(服部平次登场，工藤新一第一次恢复)
054 电玩公司杀人事件 (龙舌兰出现，被炸死)
057 福尔摩斯迷杀人事件（上集）
058 福尔摩斯迷杀人事件（下集）(平次知道身份)
128 黑暗组织10亿抢劫事件 （宫野明美死亡，黑衣组织浮出水面）
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 (灰原哀出场）
130 竞技场无差别胁迫事件(前篇)(灰原说出了工藤新一与组织在半个世纪前就有了关系)
170 黑暗之中的死角 （上集）（重要人物新出医生登场）
171 黑暗之中的死角 （下集）
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）(皮斯克出场)
177 与黑暗组织的再会（柯南篇） （宫野志保第一次恢复）
178 与黑暗组织的再会（解决篇） （皮斯克被琴酒灭口，贝尔摩德出场）
188 性命交关的复活-洞窟内的侦探团
189 危命的复活_负伤的名侦探
190 危命的复活_第三种选择 （工藤新一第二次恢复）
191 危命的复活_黑衣骑士
192 危命的复活_新一回来了
193 危命的复活_约定的场所
226 格斗游戏的陷阱（上集） （朱蒂出场）
227 格斗游戏的陷阱（下集）
230 谜一样的乘客（上集） （赤井秀一出场，形势复杂）
231 谜一样的乘客（下集）
242 元太的灾难（提到GIN是左撇子)
258 来自芝加哥的男子（上集） （詹姆斯·布莱克出场）
259 来自芝加哥的男子（下集）
269 犯罪的遗物 （上集） （毛利小五郎的卷宗被盗，目标直指柯南）
270 犯罪的遗物 （下集）
271 急忙掩饰的忽略（上集）
272 急忙掩饰的忽略（下集） （灰原被怀疑，形势危急）
277 英语教师VS西部名侦探（上集） （柯南叫博士调查克里斯·宾亚德）
278 英语教师VS西部名侦探（下集）
279 迷宫的阴暗（上集）
280 迷宫的阴暗（下集）
286 工藤新一纽约事件（事件篇） （知道克里斯就是美国已故大明星莎隆.宾亚德的女儿。）
287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）（贝尔摩德扮成杀人魔登场，赤井秀一对其进行追踪。兰知道赤井秀一是FBI。）
307 无声的证据（前篇）（再次抓住黑暗组织的尾巴）
308 无声的证据（后篇）（下一集的引子）
309 与黑暗组织的接触（交涉篇）
310 与黑暗组织的接触（追踪篇）
311 与黑暗组织的接触（决死篇）（柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件）
329金钱买不到的友情（上集）（本集中提到了灰原的父亲：宫野厚司。是阿笠博士的旧识。)
330金钱买不到的友情（下集）
335 东京现影所的秘密（前篇） （灰原被跟踪，山雨欲来）
336 东京现影所的秘密（后篇）
338 四辆保时捷（前篇）
339 四辆保时捷（后篇）（茱蒂、赤井发现灰原与黑衣组织有联系、贝尔摩德知道灰原的身份）
340 厕所里隐藏的秘密（前篇）
341 厕所里隐藏的秘密（后篇）（灰原在厕所中找到了妈妈的录音留言）
343 便利店的陷阱（前篇）
344 便利店的陷阱（后篇）（小兰发现茱蒂老师公寓墙后的照片，引起对朱蒂身份的怀疑）
345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件 （茱蒂、赤井、詹姆斯身份曝光）
346 寻找P股上的印记（前篇） （为上一集善后）
347 寻找P股上的印记（后篇）
361 帝丹高中的学校怪谈（前篇）（真正的新出医生回归）
362 帝丹高中的学校怪谈（后篇）
374 星星和香烟的暗号（前篇）
375 星星和香烟的暗号（后篇）（柯南听到山村警官给他奶奶打电话的按键音和贝尔摩的给Boss发简讯时的按键音相似，推测boss在鸟取县）
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(前奏曲)
386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(间奏曲)
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲) (boss的手机号被发现，斗争新动向）
425 被组织的魔掌触碰的瞬间 （水无怜奈、基安蒂、科恩出场，烽烟再起）
429 无法回到从前的两人(前篇) （本堂瑛佑出场）
430 无法回到从前的两人(后篇)
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者 （本堂瑛佑行事诡异，引起柯南注意）
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星
484 黑色照片的去向（前篇）
485 黑色照片的去向（后篇）
491 红与黑的碰撞 开始 （最精彩的一个系列，不可不看）
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职 （第二次对决，赤井秀一疑似牺牲，水无怜奈CIA身份遭到组织怀疑）
507 卡拉OK包房的死角（前篇)
508 卡拉OK包房的死角（后篇）（本堂瑛佑知道柯南是工藤新一，柯南在得知FBI有人死了之后想：没问题。这也成为赤井秀一没有死的疑似证据之一）
509 红白黄色与侦探团（水无怜奈给朱蒂传递信息，组织派出一名代号为波本的成员专门调查雪莉。冲矢昴出场，灰原哀察觉出异样）
510 柯南VS W暗号之谜
511 推理对决！新一VS冲矢昴
521 杀人犯 工藤新一
522 新一的真正身份和兰的眼泪（工藤新一第三次恢复）
523 真正想问的事
524 令人憎恨的蓝色火花（前篇）（最前面一部分，交代上一集的结果）
542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)
543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)（冲矢昴的言语直逼灰原）
563 侦探团VS强盗团(骚乱)
564 侦探团VS强盗团(沉默)（疑似赤井秀一的人登场) 柯南主线人物
578 召唤危机的红色预兆
579 黑与13的暗示（疑似秀一的男子和冲矢昴同时出现，局势再次混乱，赤井秀一身份再次遭人怀疑）
580 紧迫黑色的时限（水无怜奈被gin怀疑没有杀掉赤井秀一，准备杀掉水无，并对赤井秀一进行狙击。但事实上是波本假扮的赤井秀一，从贝尔摩得口中得知boss的命令后，波本与gin两人发生分歧）
581 红色的摇摆目标（水无怜奈被琴酒怀疑没有杀掉赤井秀一，琴酒准备让基安蒂对疑似赤井秀一的人进行狙击但并未成功)
710-711 迫近灰原秘密的身影
712-715 漆黑的特快列车(为抓sherry，黑衣组织在列车上设陷阱 知道波本真正身份：安室透)
716 密室里的柯南
717 解开谜题的波本
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001 云霄飞车杀人事件 (黑衣组织—琴酒 、伏特加出场，工藤新一喝下APTX4869变小。大幕拉开)
002 董事长千金诱拐事件(阿笠博士知道其身份，工藤新一化名为江户川柯南）
043 江户川柯南诱拐事件(父母知道变小)
048 外交官杀人事件（上集）
049 外交官杀人事件（下集）(服部平次登场，工藤新一第一次恢复)
054 电玩公司杀人事件 (龙舌兰出现，被炸死)
057 福尔摩斯迷杀人事件（上集）
058 福尔摩斯迷杀人事件（下集）(平次知道身份)
128 黑暗组织10亿抢劫事件 （宫野明美死亡，黑暗组织浮出水面）
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 (灰原哀出场）
131 竞技场无差别胁迫事件(后篇)(灰原说出了工藤新一与组织在半个世纪前就有了关系)
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）(皮斯克出场)
177 与黑暗组织的再会（柯南篇） （宫野志保第一次恢复）
178 与黑暗组织的再会（解决篇） （皮斯克被琴酒灭口，贝尔摩德出场）
188 性命交关的复活-洞窟内的侦探团
189 危命的复活_负伤的名侦探
190 危命的复活_第三种选择 （工藤新一第二次恢复）
191 危命的复活_黑衣骑士
192 危命的复活_新一回来了
193 危命的复活_约定的场所
226 格斗游戏的陷阱（上集） （茱蒂出场）
227 格斗游戏的陷阱（下集）
230 谜一样的乘客（上集） （赤井秀一出场，形势复杂）
231 谜一样的乘客（下集）
242元太的灾难（提到GIN是左撇子)
258 来自芝加哥的男子（上集） （詹姆斯·布兰克出场）
259 来自芝加哥的男子（下集）
269 犯罪的遗物 （上集） （毛利小五郎的卷宗被盗，目标直指柯南）
270 犯罪的遗物 （下集）
271 急忙掩饰的忽略（上集）
272 急忙掩饰的忽略（下集） （灰原被怀疑，形势危急）
277 英语教师VS西部名侦探（上集） （柯南叫博士调查克里斯·宾亚德，茱蒂开始受怀疑）
278 英语教师VS西部名侦探（下集）
279 迷宫的阴暗（上集）
280 迷宫的阴暗（下集）
286 工藤新一纽约事件（事件篇） （发现克里斯就是美国已故大明星莎隆.宾亚德的女儿。）
287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）（贝尔摩德扮成杀人魔登场，赤井秀一对其进行追踪）
289 迷途森林的光彦（前篇）
290 迷途森林的光彦（后篇）
307 无声的证据（前篇）（再次抓住黑暗组织的尾巴）
308 无声的证据（后篇）（下一集的引子）
309 与黑暗组织的接触（交涉篇）
310 与黑暗组织的接触（追踪篇）
311 与黑暗组织的接触（决死篇）（柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件）
329金钱买不到的友情（上集）（本集中提到了灰原的父亲：宫野厚司。是阿笠博士的旧识。)
330金钱买不到的友情（下集）
335 东京现影所的秘密（前篇） （灰原被跟踪，山雨欲来）
336 东京现影所的秘密（后篇）
338 四辆保时捷（前篇）
339 四辆保时捷（后篇）（茱蒂、赤井发现灰原与黑衣组织有联系）
340 厕所里隐藏的秘密（前篇）
341 厕所里隐藏的秘密（后篇）（灰原在厕所中找到了妈妈留下的录音留言）
343 便利店的陷阱（前篇）
344 便利店的陷阱（后篇）（小兰发现茱蒂老师公寓墙后的照片，引起对朱蒂身份的怀疑）
345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件 （茱蒂、赤井、詹姆斯身份曝光）
346 寻找P股上的印记（前篇） （为上一集善后）
347 寻找P股上的印记（后篇）
361 帝丹高中的学校怪谈（前篇）
362 帝丹高中的学校怪谈（后篇）（真正的新出医生回归）
374 星星和香烟的暗号（前篇）（开头柯南想起沉默的航线中凶手在警局本想要给鸟取县的朋友打电话，但最终没有打，怀疑是否和组织有关）
375 星星和香烟的暗号（后篇）（结尾处柯南听到山村警官给鸟取县的奶奶拨号的按键声很震惊，其实是和贝尔摩德输boss手机号码时的按键声很相似，推测boss在鸟取县）
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(前奏曲)
386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(间奏曲)
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲) (boss的手机号被发现，斗争新动向）
425 被组织的魔掌触碰的瞬间 （水无怜奈、基安蒂、科恩出场，烽烟再起）
429 无法回到从前的两人(前篇) （本堂瑛佑出场）
430 无法回到从前的两人(后篇)
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者 （本堂瑛佑行事诡异，引起柯南注意）
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星
484 黑色照片的去向（前篇）
485 黑色照片的去向（后篇）
491 红与黑的碰撞 开始 （最精彩的一个系列，不可不看）
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职 （第二次对决，赤井秀一疑似牺牲，水无怜奈CIA身份遭到组织怀疑）
507 卡拉OK包房的死角（前篇)
508 卡拉OK包房的死角（后篇）（本堂瑛佑知道柯南是工藤新一，柯南在得知FBI有人死了之后想：没问题。这也成为赤井秀一没有死的疑似证据之一）
509 红白黄色与侦探团（水无怜奈给朱蒂传递信息，组织派出一名代号为波本的成员专门调查sherry。冲矢昴出场，灰原哀察觉出异样）
510 柯南VS W暗号之谜
511 推理对决！新一VS冲矢昴
521 杀人犯 工藤新一
522 新一的真正身份和兰的眼泪（工藤新一第三次恢复）
523 真正想问的事
524 令人憎恨的蓝色火花（前篇）（最前面一部分，交代上一集的结果）
542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)
543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)（冲矢昴的言语直逼灰原）
563 侦探团VS强盗团(骚乱)
564 侦探团VS强盗团(沉默)（疑似赤井秀一的人登场)
柯南主线人物578 召唤危机的红色预兆
579 黑与13的暗示
580 紧迫黑色的时限
581 红色的摇摆目标
002 董事长千金诱拐事件(阿笠博士知道其身份，工藤新一化名为江户川柯南）
043 江户川柯南诱拐事件(父母知道变小)
048 外交官杀人事件（上集）
049 外交官杀人事件（下集）(服部平次登场，工藤新一第一次恢复)
054 电玩公司杀人事件 (龙舌兰出现，被炸死)
057 福尔摩斯迷杀人事件（上集）
058 福尔摩斯迷杀人事件（下集）(平次知道身份)
128 黑暗组织10亿抢劫事件 （宫野明美死亡，黑暗组织浮出水面）
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 (灰原哀出场）
131 竞技场无差别胁迫事件(后篇)(灰原说出了工藤新一与组织在半个世纪前就有了关系)
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）(皮斯克出场)
177 与黑暗组织的再会（柯南篇） （宫野志保第一次恢复）
178 与黑暗组织的再会（解决篇） （皮斯克被琴酒灭口，贝尔摩德出场）
188 性命交关的复活-洞窟内的侦探团
189 危命的复活_负伤的名侦探
190 危命的复活_第三种选择 （工藤新一第二次恢复）
191 危命的复活_黑衣骑士
192 危命的复活_新一回来了
193 危命的复活_约定的场所
226 格斗游戏的陷阱（上集） （茱蒂出场）
227 格斗游戏的陷阱（下集）
230 谜一样的乘客（上集） （赤井秀一出场，形势复杂）
231 谜一样的乘客（下集）
242元太的灾难（提到GIN是左撇子)
258 来自芝加哥的男子（上集） （詹姆斯·布兰克出场）
259 来自芝加哥的男子（下集）
269 犯罪的遗物 （上集） （毛利小五郎的卷宗被盗，目标直指柯南）
270 犯罪的遗物 （下集）
271 急忙掩饰的忽略（上集）
272 急忙掩饰的忽略（下集） （灰原被怀疑，形势危急）
277 英语教师VS西部名侦探（上集） （柯南叫博士调查克里斯·宾亚德，茱蒂开始受怀疑）
278 英语教师VS西部名侦探（下集）
279 迷宫的阴暗（上集）
280 迷宫的阴暗（下集）
286 工藤新一纽约事件（事件篇） （发现克里斯就是美国已故大明星莎隆.宾亚德的女儿。）
287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）（贝尔摩德扮成杀人魔登场，赤井秀一对其进行追踪）
289 迷途森林的光彦（前篇）
290 迷途森林的光彦（后篇）
307 无声的证据（前篇）（再次抓住黑暗组织的尾巴）
308 无声的证据（后篇）（下一集的引子）
309 与黑暗组织的接触（交涉篇）
310 与黑暗组织的接触（追踪篇）
311 与黑暗组织的接触（决死篇）（柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件）
329金钱买不到的友情（上集）（本集中提到了灰原的父亲：宫野厚司。是阿笠博士的旧识。)
330金钱买不到的友情（下集）
335 东京现影所的秘密（前篇） （灰原被跟踪，山雨欲来）
336 东京现影所的秘密（后篇）
338 四辆保时捷（前篇）
339 四辆保时捷（后篇）（茱蒂、赤井发现灰原与黑衣组织有联系）
340 厕所里隐藏的秘密（前篇）
341 厕所里隐藏的秘密（后篇）（灰原在厕所中找到了妈妈留下的录音留言）
343 便利店的陷阱（前篇）
344 便利店的陷阱（后篇）（小兰发现茱蒂老师公寓墙后的照片，引起对朱蒂身份的怀疑）
345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件 （茱蒂、赤井、詹姆斯身份曝光）
346 寻找P股上的印记（前篇） （为上一集善后）
347 寻找P股上的印记（后篇）
361 帝丹高中的学校怪谈（前篇）
362 帝丹高中的学校怪谈（后篇）（真正的新出医生回归）
374 星星和香烟的暗号（前篇）（开头柯南想起沉默的航线中凶手在警局本想要给鸟取县的朋友打电话，但最终没有打，怀疑是否和组织有关）
375 星星和香烟的暗号（后篇）（结尾处柯南听到山村警官给鸟取县的奶奶拨号的按键声很震惊，其实是和贝尔摩德输boss手机号码时的按键声很相似，推测boss在鸟取县）
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(前奏曲)
386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(间奏曲)
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲) (boss的手机号被发现，斗争新动向）
425 被组织的魔掌触碰的瞬间 （水无怜奈、基安蒂、科恩出场，烽烟再起）
429 无法回到从前的两人(前篇) （本堂瑛佑出场）
430 无法回到从前的两人(后篇)
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者 （本堂瑛佑行事诡异，引起柯南注意）
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星
484 黑色照片的去向（前篇）
485 黑色照片的去向（后篇）
491 红与黑的碰撞 开始 （最精彩的一个系列，不可不看）
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职 （第二次对决，赤井秀一疑似牺牲，水无怜奈CIA身份遭到组织怀疑）
507 卡拉OK包房的死角（前篇)
508 卡拉OK包房的死角（后篇）（本堂瑛佑知道柯南是工藤新一，柯南在得知FBI有人死了之后想：没问题。这也成为赤井秀一没有死的疑似证据之一）
509 红白黄色与侦探团（水无怜奈给朱蒂传递信息，组织派出一名代号为波本的成员专门调查sherry。冲矢昴出场，灰原哀察觉出异样）
510 柯南VS W暗号之谜
511 推理对决！新一VS冲矢昴
521 杀人犯 工藤新一
522 新一的真正身份和兰的眼泪（工藤新一第三次恢复）
523 真正想问的事
524 令人憎恨的蓝色火花（前篇）（最前面一部分，交代上一集的结果）
542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)
543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)（冲矢昴的言语直逼灰原）
563 侦探团VS强盗团(骚乱)
564 侦探团VS强盗团(沉默)（疑似赤井秀一的人登场)
柯南主线人物578 召唤危机的红色预兆
579 黑与13的暗示
580 紧迫黑色的时限
581 红色的摇摆目标
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引用MaiConan新兰的回答：
307-308 龙舌兰找到板仓卓，命令他开发一种系统软件，但遭到拒绝。黑衣组织之后不断骚扰板仓卓，最终迫使他就犯。
286-288
毛利兰在纽约遇到追捕银发杀人魔的赤井秀一，又在废仓库遇到逃亡中的受伤的银发杀人魔。银发杀人魔想将工藤新一和兰灭口，因栏杆断裂而从高处掉落，被二人所救。事后银发杀人魔被发现自杀，但是可疑的是现场所有的痕迹都被抹去。 （被兰所救的银发杀人魔为贝尔摩德假扮，自杀的银发杀人魔为贝尔摩德所杀）
- 莎朗假造了自己的死亡，以女儿克丽丝的假身份继续生活下去。
1、2、4
新一在兰去游乐场玩时无意间目睹了神秘的黑衣人地下交易，被伏特加、琴酒发现，强行灌药变小，后将此事告知阿笠博士，并决定隐藏身份，并化名江户川柯南，转入帝丹小学，成为少年侦探团一员。
5
52
漫画中柯南得知了琴酒和伏特加的代号（动画中为雾天狗杀人事件片头）。
43
工藤夫妇得知柯南身份。
48-49
服部平次登场，柯南喝下白干暂时恢复。
54
柯南偶遇龙舌兰，但龙舌兰随即被炸死。
57-58
服部平次得知柯南身份，二人开始合作。
128-131
宫野志保的姐姐宫野明美被琴酒杀害，宫野志保服药变小并逃离组织寄住阿笠博士家，化名灰原哀，说出药名是APTX4869，转入帝丹小学，之后还透露组织半个世纪前就已经策划某个大计划。
176-178
组织成员皮斯克在杯户饭店发现灰原身份，后被柯南所救，而皮斯克因办事不力被琴酒枪杀。贝尔摩德初登场，事后息影并在日本定居下来。
170-171
柯南解决新出智明的父亲被杀一案。
- 长大的茱蒂加入了FBI，追查贝尔摩德来到日本，以帝丹高中英语老师的身份潜伏下来。
-
贝尔摩德制造车祸企图害死新出智明一家，但新出被FBI暗中保护下来。贝尔摩德开始假冒新出的身份。
226-227
茱蒂首次登场并与柯南相识，并发现他非同一般。
230-231
少年侦探团和博士一行在公车上遇到一起去美术馆的茱蒂和新出，这时哀感到车上有组织的成员变得非常害怕，后来公车被强盗劫持，虽然最后在众人的努力下强盗被抓，但是哀留在快爆炸的车上想一死了之，最后被柯南所救。赤井秀一打电话表示正在监视某人。
253-254
假新出医生可能发现了柯南分析案情并利用变声器。
258-259
柯南等人结识詹姆斯·布莱克，后来他被赤井接走，詹姆斯也发现柯南的不一般。
269-270
高木提到与毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回。赤井监视毛利侦探事务所。
271-272
茱蒂在谈话中提到了FBI；贝尔摩德发邮件给琴酒，提到了雪莉酒，并且向打了叉的志保照片投飞镖，旁边还有柯南和兰的照片。
277-278
案卷的丢失让柯南很不安，他基本肯定了克丽丝是组织的成员，并进一步怀疑茱蒂=克里斯，刚巧赶来的服部对此很感兴趣，于是鼓动柯南去茱蒂的公寓试探，在双方接触过程中发生命案，案子虽然解决，但是对茱蒂的试探未果。最后茱蒂浴室的镜子后面出现柯南和兰的照片，并且照片上的字迹和贝尔摩德的一模一样。后续剧情表明，这是茱蒂曾潜入新出（即贝尔摩德）的房间，发现相关的照片后复制的，同时茱蒂也借此知道了贝尔摩德的目标是哀，另外柯南最后说的除茱蒂外的另两个可疑人物应该是赤井和新出。
284-288
毛利兰回忆起她和新一去纽约玩发生的事，记起赤井和FBI同行。
289-290
灰原哀提到沼渊己一郎是组织成员一事。
307-311
小五郎受托寻找失踪的电脑工程师板仓卓，从委托人的谈话中柯南了解到他就是当年在电玩公司杀人事件中被炸死的组织成员龙舌兰接触的对象。最后通过追查案件，柯南获得了组织的线索——板仓的日记（提到组织的庞大计划甚至可能“影响到人类的前途，要使时光倒流”），了解到组织的行踪，并试图冒充板仓与伏特加接头，但是被琴酒识破而失败，险些被琴酒抓到。
329-330
阿笠博士提到哀的父亲宫野厚司是一个很有名的疯狂科学家，而母亲艾莲娜是一个英国留学生，并且黑衣组织可能正在从事让死人复活的计划。
335-336
柯南和哀都被赤井秀一跟踪。由于哀与照片中的人物相似，因此FBI猜测她就是贝尔摩德的目标。另外最后赤井对着哀的照片说了一句“真是太像了”，暗示他和哀以前就曾相识。
338-339
340-341
哀患感冒，送医途中遇到命案，遇到兰、园子和茱蒂，赤井也跟踪而来。结局案件后，博士借茱蒂的车将哀送回了家，并找来新出医生给哀看病。之后贝尔摩德将哀的照片烧毁，表明发现哀下落，并在博士家安了窃听器。博士带柯南和哀去拜访哀父亲的生前好友、设计师出岛壮平，试图了解更多关于哀父亲的事。出岛被人谋杀，柯南在破案的同时，也找到了由哀的姐姐设法藏在设计所的、哀的母亲留给哀的录音带，其中提到了某件惊人的事情。之后贝尔摩德打电话找组织成员卡尔瓦多斯来帮忙，正策划着某项行动。
343-344
茱蒂辞去了帝丹高中老师的职务。兰和园子到茱蒂家中开聚会时，兰意外发现了镜子背后的照片。
345
贝尔摩德利用幽灵船活动，邀请了小五郎、新一和琴酒，试图调开柯南而刺杀哀；茱蒂了解到了这个计划，抢先一步接走哀并试图将贝尔摩德引入陷阱，但贝尔摩德将计就计作了安排；另一方面，柯南邀请服部平次化妆成自己赴会，而自己在母亲有希子的帮助下化妆成哀试图和黑衣组织接触；哀不放心柯南去，跟踪前往；兰因想了解茱蒂的真正身份躲在了茱蒂汽车的后备箱里并在最后关头救了哀。贝尔摩德不让向兰开枪并叫她angel，逃脱了赤井的追捕，并且向琴酒隐瞒了柯南和哀的事，而茱蒂设法瞒过了兰，同时柯南听到了贝尔摩德给那位先生发邮件时的按键音。
346-347 灰原哀拒绝证人保护计划。
361-362
真正的新出医生回归。
374-375
385-387
394-396
山村操给他奶奶发信息，开头按键音和Boss的邮件地址很像，是鸟取县，后来柯南等人去一音乐世家后，得知那个的按键声的旋律为《七个孩子》，还因此推理出Boss的邮箱地址。
425
柯南发现水无怜奈为组织成员，并与FBI阻止了组织的暗杀计划。行动中水无受伤，昏迷不醒。
429
本堂瑛祐登场。
462-465
贝尔摩德去水无怜奈出事目击者家，得到柯南注意；瑛祐在到毛利侦探事务所做客时有意无意的把话题引向水无怜奈，并希望柯南等人前去调查，引起了柯南的警觉。目击水无出事的小孩被贝尔摩德询问。黑衣组织加紧搜寻水无，琴酒初次提到了卧底于组织的人物（即后来的本堂姐弟二人的父亲伊森·本堂）。
484-485
柯南和灰原哀进行调查，得到一张瑛祐父亲的照片，瑛祐及水无的身份越来越清晰了。
491-504
瑛祐总给柯南不好的感觉，他四处寻找自己的姐姐、与水无长相完全相同的本堂瑛海，但两人血型不同。同时黑衣组织四处寻找水无。得到FBI帮助的水无假装昏迷不醒，被瑛祐袭击后不得不说出真实身份，原来水无为CIA的卧底也正是瑛祐的姐姐瑛海，姐弟二人的父亲也是CIA的卧底，已经身亡。水无答应赤井秀一重新返回组织，但是接到任务，并疑似杀死赤井秀一。
507-508
本堂瑛祐得知柯南身份，打算离开日本。
509
水无急报，组织派出了厉害的侦探波本。
工藤新一的房子里搬来名为冲矢昴的新房客。灰原哀对其产生反应。
511
柯南发现冲矢昴的推理能力很强，而且是左撇子，爱喝波本酒。
563-564
疑似赤井秀一的伤疤男出现，开枪救了柯南。FBI提及赤井秀一很喜欢喝波本酒。
578-581
伤疤秀一再次出现，将在商场发生的案件的推理用别人的手机发给了毛利小五郎。同时，在商场的茱蒂老师收到了“这里很危险，快逃”的字条。琴酒等人赶到，伤疤秀一在被瞄准时露出诡异的笑容，贝尔摩德带来boss撤退的命令。
616-621
工藤新一来到伦敦，并第四次恢复身体，并且第一次向毛利兰正面表白；同时工藤夫妇知道灰原哀是APTX4869的研发者。
646-651
自称侦探的世良真纯登场，并转入帝丹高中；之后在柯南平次侦探对决中，茱蒂、卡迈尔在看到世良的照片后表示世良“很像某个人”，而詹姆斯则一眼看出世良是女孩子。
656-657
世良在第一眼看到博士上传的视频时就发现了博士眼镜片中印出来的灰原哀的影子，并向光彦、元太打听了“博士家的小女孩”（即灰原哀）、邻居（即冲矢昴）的情况，可见她对灰原有很大兴趣。并对着冲矢昴的窗户说：“我还以为是谁随随便便地住进来了呢，不过现在看起来真是杞人忧天了啊……”最后世良将视频中意外拍到的灰原影像在电脑中删除。
667-668
自称侦探的安室透登场，事件解决后自愿成为小五郎的弟子。
671-674
冲矢昴脱口而出的一句“不要露出那种表情”，似乎让灰原感到相当在意。
贝尔摩得给波本打了电话，同一时间冲矢、世良和安室正在接听电话，波本似乎就是这三人其中之一。
675-676
世良似乎对新一早就有了解的样子，并对灰原也表现出兴趣。世良表示自己认识一个“从来不笑的人”，在注意到伤疤秀一的存在后对其相当关注。
灰原回想起冲矢的那句“不要露出那种表情”，和曾在组织卧底的诸星大（即赤井秀一）的用语十分相似。
681-683 安室透为高木的指导警官伊达航扫墓，暗示两人曾是朋友。
684-685 灰原的举动和二人对话表明，冲矢的颈部隐藏着某个秘密。
690-691
冲矢昴举止可疑，虽然证实脖子上无异样，但却没有说话，并众人离开后左手拿出之前藏起的梳子。世良在房间中发现了女性线索，冲矢因此被怀疑真实身份，后根据柯南的叙述得知“女性线索”很可能为工藤有希子所留。冲矢昴得知柯南真实身份。最后世良含泪回望柯南和兰，说：“果然我是个坏孩子呢。”
699-700
世良问小兰阿笠博士的车子颜色，假装在群马县与柯南偶遇，并试图让柯南通过她的手机与灰原哀联络，而步美等人困在被凶手纵火的小木屋中，灰原为了帮助大家逃生而服下APTX4869解药暂时恢复，世良对光彦拍下的视频中的宫野志保非常惊讶，另外此段视频也被安室透、冲矢昴通过网络看到。
701-704 黑衣组织计划在神秘列车上杀死雪莉，但被柯南委托基德假扮所救。 赤井确认为世良的大哥，安室确认是波本。列车停靠后贝尔摩德发现雪莉未死，但没有告诉其他组织成员。安室对赤井之死产生怀疑，准备重新调查。冲矢昴露出与赤井秀一相同的眼神。
706 安室透发现柯南使用麻醉针的动作。贝尔摩德劝安室离开毛利，安室拒绝并称对“沉睡的小五郎”产生兴趣。
723 安室透救少年侦探团于险境，冲矢昴通过楼上的窗户目送他离开。
724-725 世良重提“神秘列车”上帽子丢失的事情，询问小兰有没有见到“伤疤赤井”。
727-728
兰在看着世良跑远的背影不由自主地说出“波浪”，并说“看着世良跑走的背影，耳边总会响起海浪涟漪的声音”。柯南悄悄问世良：“你和我在哪里见过吗？”但世良未正面回答，并想：“很抱歉，现在还不能告诉你，因为还没到时候……”
734 柯南告诉茱蒂伤疤赤井为波本假扮，请她调查安室未离开波洛咖啡厅的原因。波本窃听柯南和朱蒂的对话，称柯南为“可怕的男人”。
739 柯南通过与高木警官的对话发现神社事件中赏樱游客弁崎桐平和其“妻子”为波本和贝尔摩德假扮。
744-745 世良提到自己的二哥，世良与二哥似乎知晓柯南身份，二哥询问世良是否见到了“魔法师”。
756
759-760
世良有意让柯南看到自己与一位神秘少女的合影。少女身体虚弱，与世良相像，要求世良称其为“领域外的妹妹”。
770-771 波本到杯户中央医院调查楠田陆道之死，获取了其死亡车辆中有手枪血迹的情报，提到自己幼年的外号“零”，回忆中出现长发女性。
779-783 波本在贝尔摩德的帮助下套出楠田在车内开枪自杀的情报，调查后突袭工藤宅，面对冲矢昴说出了赤井假死过程和伪装身份的推理。同时赤井在来叶山路现身，揭晓了波本的真名和公安警察卧底身份。冲矢昴确认为秀一易容，并送出基尔发来的朗姆出动的急报。
307-308 龙舌兰找到板仓卓，命令他开发一种系统软件，但遭到拒绝。黑衣组织之后不断骚扰板仓卓，最终迫使他就犯。
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毛利兰在纽约遇到追捕银发杀人魔的赤井秀一，又在废仓库遇到逃亡中的受伤的银发杀人魔。银发杀人魔想将工藤新一和兰灭口，因栏杆断裂而从高处掉落，被二人所救。事后银发杀人魔被发现自杀，但是可疑的是现场所有的痕迹都被抹去。 （被兰所救的银发杀人魔为贝尔摩德假扮，自杀的银发杀人魔为贝尔摩德所杀）
- 莎朗假造了自己的死亡，以女儿克丽丝的假身份继续生活下去。
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新一在兰去游乐场玩时无意间目睹了神秘的黑衣人地下交易，被伏特加、琴酒发现，强行灌药变小，后将此事告知阿笠博士，并决定隐藏身份，并化名江户川柯南，转入帝丹小学，成为少年侦探团一员。
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漫画中柯南得知了琴酒和伏特加的代号（动画中为雾天狗杀人事件片头）。
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工藤夫妇得知柯南身份。
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服部平次登场，柯南喝下白干暂时恢复。
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柯南偶遇龙舌兰，但龙舌兰随即被炸死。
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服部平次得知柯南身份，二人开始合作。
128-131
宫野志保的姐姐宫野明美被琴酒杀害，宫野志保服药变小并逃离组织寄住阿笠博士家，化名灰原哀，说出药名是APTX4869，转入帝丹小学，之后还透露组织半个世纪前就已经策划某个大计划。
176-178
组织成员皮斯克在杯户饭店发现灰原身份，后被柯南所救，而皮斯克因办事不力被琴酒枪杀。贝尔摩德初登场，事后息影并在日本定居下来。
170-171
柯南解决新出智明的父亲被杀一案。
- 长大的茱蒂加入了FBI，追查贝尔摩德来到日本，以帝丹高中英语老师的身份潜伏下来。
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贝尔摩德制造车祸企图害死新出智明一家，但新出被FBI暗中保护下来。贝尔摩德开始假冒新出的身份。
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茱蒂首次登场并与柯南相识，并发现他非同一般。
230-231
少年侦探团和博士一行在公车上遇到一起去美术馆的茱蒂和新出，这时哀感到车上有组织的成员变得非常害怕，后来公车被强盗劫持，虽然最后在众人的努力下强盗被抓，但是哀留在快爆炸的车上想一死了之，最后被柯南所救。赤井秀一打电话表示正在监视某人。
253-254
假新出医生可能发现了柯南分析案情并利用变声器。
258-259
柯南等人结识詹姆斯·布莱克，后来他被赤井接走，詹姆斯也发现柯南的不一般。
269-270
高木提到与毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回。赤井监视毛利侦探事务所。
271-272
茱蒂在谈话中提到了FBI；贝尔摩德发邮件给琴酒，提到了雪莉酒，并且向打了叉的志保照片投飞镖，旁边还有柯南和兰的照片。
277-278
案卷的丢失让柯南很不安，他基本肯定了克丽丝是组织的成员，并进一步怀疑茱蒂=克里斯，刚巧赶来的服部对此很感兴趣，于是鼓动柯南去茱蒂的公寓试探，在双方接触过程中发生命案，案子虽然解决，但是对茱蒂的试探未果。最后茱蒂浴室的镜子后面出现柯南和兰的照片，并且照片上的字迹和贝尔摩德的一模一样。后续剧情表明，这是茱蒂曾潜入新出（即贝尔摩德）的房间，发现相关的照片后复制的，同时茱蒂也借此知道了贝尔摩德的目标是哀，另外柯南最后说的除茱蒂外的另两个可疑人物应该是赤井和新出。
284-288
毛利兰回忆起她和新一去纽约玩发生的事，记起赤井和FBI同行。
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灰原哀提到沼渊己一郎是组织成员一事。
307-311
小五郎受托寻找失踪的电脑工程师板仓卓，从委托人的谈话中柯南了解到他就是当年在电玩公司杀人事件中被炸死的组织成员龙舌兰接触的对象。最后通过追查案件，柯南获得了组织的线索——板仓的日记（提到组织的庞大计划甚至可能“影响到人类的前途，要使时光倒流”），了解到组织的行踪，并试图冒充板仓与伏特加接头，但是被琴酒识破而失败，险些被琴酒抓到。
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阿笠博士提到哀的父亲宫野厚司是一个很有名的疯狂科学家，而母亲艾莲娜是一个英国留学生，并且黑衣组织可能正在从事让死人复活的计划。
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柯南和哀都被赤井秀一跟踪。由于哀与照片中的人物相似，因此FBI猜测她就是贝尔摩德的目标。另外最后赤井对着哀的照片说了一句“真是太像了”，暗示他和哀以前就曾相识。
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340-341
哀患感冒，送医途中遇到命案，遇到兰、园子和茱蒂，赤井也跟踪而来。结局案件后，博士借茱蒂的车将哀送回了家，并找来新出医生给哀看病。之后贝尔摩德将哀的照片烧毁，表明发现哀下落，并在博士家安了窃听器。博士带柯南和哀去拜访哀父亲的生前好友、设计师出岛壮平，试图了解更多关于哀父亲的事。出岛被人谋杀，柯南在破案的同时，也找到了由哀的姐姐设法藏在设计所的、哀的母亲留给哀的录音带，其中提到了某件惊人的事情。之后贝尔摩德打电话找组织成员卡尔瓦多斯来帮忙，正策划着某项行动。
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茱蒂辞去了帝丹高中老师的职务。兰和园子到茱蒂家中开聚会时，兰意外发现了镜子背后的照片。
345
贝尔摩德利用幽灵船活动，邀请了小五郎、新一和琴酒，试图调开柯南而刺杀哀；茱蒂了解到了这个计划，抢先一步接走哀并试图将贝尔摩德引入陷阱，但贝尔摩德将计就计作了安排；另一方面，柯南邀请服部平次化妆成自己赴会，而自己在母亲有希子的帮助下化妆成哀试图和黑衣组织接触；哀不放心柯南去，跟踪前往；兰因想了解茱蒂的真正身份躲在了茱蒂汽车的后备箱里并在最后关头救了哀。贝尔摩德不让向兰开枪并叫她angel，逃脱了赤井的追捕，并且向琴酒隐瞒了柯南和哀的事，而茱蒂设法瞒过了兰，同时柯南听到了贝尔摩德给那位先生发邮件时的按键音。
346-347 灰原哀拒绝证人保护计划。
361-362
真正的新出医生回归。
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山村操给他奶奶发信息，开头按键音和Boss的邮件地址很像，是鸟取县，后来柯南等人去一音乐世家后，得知那个的按键声的旋律为《七个孩子》，还因此推理出Boss的邮箱地址。
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柯南发现水无怜奈为组织成员，并与FBI阻止了组织的暗杀计划。行动中水无受伤，昏迷不醒。
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本堂瑛祐登场。
462-465
贝尔摩德去水无怜奈出事目击者家，得到柯南注意；瑛祐在到毛利侦探事务所做客时有意无意的把话题引向水无怜奈，并希望柯南等人前去调查，引起了柯南的警觉。目击水无出事的小孩被贝尔摩德询问。黑衣组织加紧搜寻水无，琴酒初次提到了卧底于组织的人物（即后来的本堂姐弟二人的父亲伊森·本堂）。
484-485
柯南和灰原哀进行调查，得到一张瑛祐父亲的照片，瑛祐及水无的身份越来越清晰了。
491-504
瑛祐总给柯南不好的感觉，他四处寻找自己的姐姐、与水无长相完全相同的本堂瑛海，但两人血型不同。同时黑衣组织四处寻找水无。得到FBI帮助的水无假装昏迷不醒，被瑛祐袭击后不得不说出真实身份，原来水无为CIA的卧底也正是瑛祐的姐姐瑛海，姐弟二人的父亲也是CIA的卧底，已经身亡。水无答应赤井秀一重新返回组织，但是接到任务，并疑似杀死赤井秀一。
507-508
本堂瑛祐得知柯南身份，打算离开日本。
509
水无急报，组织派出了厉害的侦探波本。
工藤新一的房子里搬来名为冲矢昴的新房客。灰原哀对其产生反应。
511
柯南发现冲矢昴的推理能力很强，而且是左撇子，爱喝波本酒。
563-564
疑似赤井秀一的伤疤男出现，开枪救了柯南。FBI提及赤井秀一很喜欢喝波本酒。
578-581
伤疤秀一再次出现，将在商场发生的案件的推理用别人的手机发给了毛利小五郎。同时，在商场的茱蒂老师收到了“这里很危险，快逃”的字条。琴酒等人赶到，伤疤秀一在被瞄准时露出诡异的笑容，贝尔摩德带来boss撤退的命令。
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工藤新一来到伦敦，并第四次恢复身体，并且第一次向毛利兰正面表白；同时工藤夫妇知道灰原哀是APTX4869的研发者。
646-651
自称侦探的世良真纯登场，并转入帝丹高中；之后在柯南平次侦探对决中，茱蒂、卡迈尔在看到世良的照片后表示世良“很像某个人”，而詹姆斯则一眼看出世良是女孩子。
656-657
世良在第一眼看到博士上传的视频时就发现了博士眼镜片中印出来的灰原哀的影子，并向光彦、元太打听了“博士家的小女孩”（即灰原哀）、邻居（即冲矢昴）的情况，可见她对灰原有很大兴趣。并对着冲矢昴的窗户说：“我还以为是谁随随便便地住进来了呢，不过现在看起来真是杞人忧天了啊……”最后世良将视频中意外拍到的灰原影像在电脑中删除。
667-668
自称侦探的安室透登场，事件解决后自愿成为小五郎的弟子。
671-674
冲矢昴脱口而出的一句“不要露出那种表情”，似乎让灰原感到相当在意。
贝尔摩得给波本打了电话，同一时间冲矢、世良和安室正在接听电话，波本似乎就是这三人其中之一。
675-676
世良似乎对新一早就有了解的样子，并对灰原也表现出兴趣。世良表示自己认识一个“从来不笑的人”，在注意到伤疤秀一的存在后对其相当关注。
灰原回想起冲矢的那句“不要露出那种表情”，和曾在组织卧底的诸星大（即赤井秀一）的用语十分相似。
681-683 安室透为高木的指导警官伊达航扫墓，暗示两人曾是朋友。
684-685 灰原的举动和二人对话表明，冲矢的颈部隐藏着某个秘密。
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冲矢昴举止可疑，虽然证实脖子上无异样，但却没有说话，并众人离开后左手拿出之前藏起的梳子。世良在房间中发现了女性线索，冲矢因此被怀疑真实身份，后根据柯南的叙述得知“女性线索”很可能为工藤有希子所留。冲矢昴得知柯南真实身份。最后世良含泪回望柯南和兰，说：“果然我是个坏孩子呢。”
699-700
世良问小兰阿笠博士的车子颜色，假装在群马县与柯南偶遇，并试图让柯南通过她的手机与灰原哀联络，而步美等人困在被凶手纵火的小木屋中，灰原为了帮助大家逃生而服下APTX4869解药暂时恢复，世良对光彦拍下的视频中的宫野志保非常惊讶，另外此段视频也被安室透、冲矢昴通过网络看到。
701-704 黑衣组织计划在神秘列车上杀死雪莉，但被柯南委托基德假扮所救。 赤井确认为世良的大哥，安室确认是波本。列车停靠后贝尔摩德发现雪莉未死，但没有告诉其他组织成员。安室对赤井之死产生怀疑，准备重新调查。冲矢昴露出与赤井秀一相同的眼神。
706 安室透发现柯南使用麻醉针的动作。贝尔摩德劝安室离开毛利，安室拒绝并称对“沉睡的小五郎”产生兴趣。
723 安室透救少年侦探团于险境，冲矢昴通过楼上的窗户目送他离开。
724-725 世良重提“神秘列车”上帽子丢失的事情，询问小兰有没有见到“伤疤赤井”。
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兰在看着世良跑远的背影不由自主地说出“波浪”，并说“看着世良跑走的背影，耳边总会响起海浪涟漪的声音”。柯南悄悄问世良：“你和我在哪里见过吗？”但世良未正面回答，并想：“很抱歉，现在还不能告诉你，因为还没到时候……”
734 柯南告诉茱蒂伤疤赤井为波本假扮，请她调查安室未离开波洛咖啡厅的原因。波本窃听柯南和朱蒂的对话，称柯南为“可怕的男人”。
739 柯南通过与高木警官的对话发现神社事件中赏樱游客弁崎桐平和其“妻子”为波本和贝尔摩德假扮。
744-745 世良提到自己的二哥，世良与二哥似乎知晓柯南身份，二哥询问世良是否见到了“魔法师”。
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世良有意让柯南看到自己与一位神秘少女的合影。少女身体虚弱，与世良相像，要求世良称其为“领域外的妹妹”。
770-771 波本到杯户中央医院调查楠田陆道之死，获取了其死亡车辆中有手枪血迹的情报，提到自己幼年的外号“零”，回忆中出现长发女性。
779-783 波本在贝尔摩德的帮助下套出楠田在车内开枪自杀的情报，调查后突袭工藤宅，面对冲矢昴说出了赤井假死过程和伪装身份的推理。同时赤井在来叶山路现身，揭晓了波本的真名和公安警察卧底身份。冲矢昴确认为秀一易容，并送出基尔发来的朗姆出动的急报。
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是49,50。48没有主线剧情
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