市民中心两个塔楼分别被设计为黄色和红色，取意中华人民共和国国旗的主导色———红色和黄色。
大屋顶设计选择蓝色的原因在于不仅蓝色是中国传统所普遍接受的色彩，同时蓝色也象征着天空。由此，市民中心的红黄两色巨塔，如擎天巨柱，支撑着蓝色大屋顶，意味着人民政权承托着一片蓝天。意味无穷而影响深远。
此外，巨型的屋顶外形突出，体现了深圳展翅飞腾的寓意，也象征中国传统的屋顶飞檐，悠长婉转的挑檐构成十分宏伟的气势。屋顶造型具有强烈的雕塑感，其造型有刚有柔，有放有收，形态极为舒展，令人叹为观止，既显中国建筑结构上的传统特色，又极具通透感的现代建筑气魄。
