明朝的锦衣卫经过“咒水之难”后高级官员全部殉国，还有一部分投降了清朝和李自成。
锦衣卫是当年朱元璋登上皇位的时候弄出来的。朱元璋出生底下，自从他当了皇帝以后也许是不自信的因素，他感觉一起和他建立明朝的部下们开始有了不臣的心思。于是他建立了这个特务机构，一方面为了监视他的手下，保证朝纲的稳定，还有可以深入民间，得知民间的消息，看看是否出现了对自己不利的东西。所以锦衣卫一直都应该是皇帝的忠心奴仆。
在明朝持续了将近300年后，锦衣卫也走向了末路。
有的跟如骆养性投降清廷，并在清廷任职。有的被李自成军追赃打死。有的逃走，如北镇抚司掌刑指挥吴邦辅，在北京城破后逃往南京。有的拱卫南明小朝廷，如广东都指挥使马吉翔。他先后拥立隆武帝、永历帝，成为锦衣卫指挥使。1657年转职为大学士，后来更是晋升为内阁首辅。后来随永历帝逃到缅甸，缅甸国王莽白给逃到缅甸境内的南明永历帝朱由榔说明天到咒水河边，同饮咒水盟誓，表示两国的友好。朱由榔及一些大臣皆看出其中有诈，但寄人篱下，又不敢不去。次日上午，锦衣卫指挥使马吉翔与掌卫事任子信等人来到缅军驻地塔下，即被三千缅军团团包围。一众臣子见情况不对便夺刀杀敌，终因寡不敌众，大小官员42人全部被杀。随即缅军赶往朱由榔住处，追杀随从300余人。由此明朝锦衣卫的高级官员没有了。
清廷入关后，收编了锦衣卫，锦衣卫的官名等一律沿用，只是取消了侦缉、监狱的职能，变成了皇帝的仪仗队。一年后，清廷将锦衣卫改名为“銮仪卫”。从此，在明朝存在了近300年的锦衣卫从历史长河里永远消失了。
其实锦衣卫在大明灭亡之后还是存在的，只是改了名字，变成了“銮仪卫”。
当时中央集权为了掌握更多的权力，所以做了一项重大的改革，就是取消了丞相这个职位，因为历史上太多相权和王权之间的斗争，所以在明朝开始中国就进入了封建社会。
当时朱元璋成立锦衣卫的目标就是想要打击那些贪官污吏，在锦衣卫成立之后，制度也慢慢的开始完善，成为了一个独立的机构，有自己的衙门和监狱，这样就可以完成独立审讯和实施刑罚。但是事情慢慢的偏向了朱元璋原本的目的，慢慢的变成了一个国家暴力机器，那个时候的锦衣卫，西厂，东厂，内行厂场简直就是令人闻风丧胆的四大机构，简直就是无恶不作，可以随意诬陷，随意抓取官员。
当时有多少的大臣在锦衣卫东厂西厂的审讯中屈打成招，被逼死的案子更是数不胜数，成为了当时官员们谈之色变的机构，这些虽然被人们害怕的机构，但是对于皇帝来说，却是一个有利的剑，让他杀谁就杀谁。也正是因为如此，在当时的官场上面基本上没有发生过谋反的事情。
而后来随着清军的入侵，明朝的覆灭，清朝就继承了明朝的政治体系同样也对经一位这几个机构进行了改革，让他们变成了完全保护皇宫和皇帝安全的机制。并且收回了他们审理和处罚的权利。
后来明朝的锦衣卫就变成了清王朝的“銮仪卫”。就变成了皇帝的保镖，所以明朝之后的锦衣卫并没有被杀害或者灭亡，而是以另一种形式继续存在着。
锦衣卫的历史最早可以追溯到朱元璋创立明朝初期，当时朱元璋为加强统治，特设立锦衣卫这一部门，主要任务是监察百官、收集情报等任务，由皇帝亲自管理，其他部门以及朝廷官员无权过问；例如洪武年间的郭桓案、蓝玉案等大案，都有锦衣卫的身影。
