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第1话
罗伊大佐受大总统之命抓捕冰冻之炼金术师，爱德与艾尔开始了他们踏上国家炼金术师的第一场战斗
第2话
爱德与艾尔为了让温柔的妈妈复活，挑战被视为最大禁忌的「人体鍊成」。不过他们将要面对的是要付出极大的代价。某一天，有一位军人在已陷入绝望深渊的艾力克兄弟而前出现。他向兄弟们提示指他们可以踏上国家鍊金术师之路。为了取回失去的东西，他们展开了漫长的路途！
第3话
爱德与艾尔听到懂得使用「奇迹之术」的教主的传闻，於是来到称为利奥尔的城市。原来那个雷特教教主．哥尼罗，正在进行违反等价交换的鍊金术。为了查明真相，爱德和艾尔在偶然认识的少女．罗莎的引路下，终於来到哥尼罗的身处的地方，但他们竟然被教团员用枪指吓，到底雷特教背后的真面目是甚麼？
第4话
莱向爱德和艾尔介绍了一名「缀命之鍊金术师」修．塔加。塔加在两年前成功鍊成了懂人话的合成兽，成为生体鍊成的权威。爱德等人在塔加的住宅寻找资料的期间，与他的女儿妮娜变得很友好。另一方面，每年进行一次的国家鍊金术师的「审查」日子快将来临，塔加为此显得很焦躁。
第5集
轰动亚美斯特利斯全大陆，只杀害国家鍊金术师的神秘人物「伤疤人（斯卡）」，神出鬼没地在东城出现。爱德和艾尔在城里偶然遇上这位斯卡。由於他们在毫无先兆之下受到斯卡的袭击，所以唯有应战，但面对著超凡的身体技巧和不可思议的「破坏的右手」，被压倒的爱德和艾尔生命危在旦夕…
第6集
为了修理好机械铠，爱德和艾尔与阿姆士唐一起前往故乡利正布尔。
在中途休息的车站里，阿姆士唐偶然看见一名男子。这男子的名字叫马尔哥医生。
他曾在军队研究所里进行把鍊金术应用在医疗上的研究，伊修巴尔内乱后，他突然消声匿迹。
爱德等人到马尔哥的家探访，他们在那里知道了一个惊人的真相，原来在军队的命令下，马尔哥曾经进行关於「贤者之石」的研究。
第7集
爱德和艾尔为了寻找马尔哥的研究资料而来到国立中央图书馆第一分馆。但他们看见的是完全烧毁的分馆遗迹。为了确认马厌哥的资料是否真的在分馆里，爱德等人在玛利亚．罗斯少尉的安排下，前往精通分馆资料的少女．谢西嘉的地方。可是他们确认的是资料在分馆被烧光的事实。虽然爱德等人很沮丧，但谢西嘉看见他们的样子，於是提出一个意想不到的奇策。
第8集
爱德为了探索贤者之石的真相，於是潜入前第五研究所，他在那里的地板上发现为鍊成贤者之石而画上的鍊成阵。那时候，他被穿上铠甲，名叫48号的男人袭击。另一方面，在研究所外面等候爱德的艾尔也受到名叫66号的穿铠甲男人袭击。在连番激战之后，居然发现意想不到的真相。原来48号和66号也和艾尔一样，是只有灵魂被固定在铠甲里的人。
第9集
爱德在第五研究所的战斗中，不单止令机械铠受到破损，而且他还受了重伤。於是他马上召云尼由利正布尔到来替他修理机械铠。那时候，艾尔正为巴利的一句话令心情很混乱。「我是个灵魂和记忆，一切都是哥哥制造的虚假的人？」这句话一直在脑海中未能消除，而且还渐渐广大，令从未崩溃过的兄弟之情出现裂痕…。
第10集
爱德与艾尔在病房和修兹及阿姆士唐等人谈论第五研究所的事。人柱、贤者之石的鍊成阵，以及拥有锁定灵魂的血印的人…不过，这些都是令谜团变得更深奥的东西。后来大总统肯格．布拉多莱突然出现。他向爱德等人表示，军队内部有连大总统本人也掌握不到的不安情况，并忠告所有人在了解事态之前不要轻举妄动。不过这忠告后不久，原来敌人已经向意想不到的人伸出魔掌…。
第11集
由於云尼提出请求，於是她便和爱德与艾尔一起前往机械铠技师的圣地「拉修山谷」，但他们到达不久，作为国家鍊金术师的证明的银怀表竟然被叫为帕妮娜的少女偷了。不过爱德等人藉著这次事件，遇上了替帕妮娜的双脚装上机械铠的技师多米尼克，后来更与多米尼克的家人有意想不到的接触。由於多米尼克是个出色的机械铠技师，所以云尼提出希望成为他的徒弟。就在这个时候，正在怀孕的多米尼克的儿子的妻子．莎特拉却突然要早产。
第12集
爱德与艾尔到达了达布里斯之后，成功地与很久不见的师父．泉重逢。他们重逢不久，爱德便从泉的口中知道父亲．贺恩汉的消息。当晚爱德回忆起初次遇上泉的事。虽然母亲死后不久，他便为了磨练鍊金术的技巧而强行提出当泉的徒弟，但他们两将要面对的是在无人岛居住一个月的求生生活。泉对他们说「要找出”一即是全，全即是一”的答案」。到底他们两的修行结果如何？
第13集
莱马斯丹终於被调派到中央。另一方面，被人造人的攻击而受了重伤的斯卡也去到中央再开始行动。这时候，艾尔为了回复真理之门的记忆而留在泉的身边，但居然有一班人声称「我知道你的秘密」而前来与他接触。原来这班人全部也是合成兽……
第14集
由於泉的介入，令爱德与格利特的战斗出现转机。但就在此时，肯格．布拉多莱率领国家军队闯入，开始歼灭格利特一派等人。虽然格利特企图抱著艾尔逃走，但布拉多莱居然亲自站在他面前阻挡去路，并且向身为人造人的格利特发动猛烈的攻击。后来在战斗中途，格利特从布拉多莱的眼中找到难以置信的东西。
第15集
一名神秘的少女．张梅在正前往中央的斯卡和尤基面前出现。懂得使用名为「鍊丹术」这不可思议之术的她，自称是由东方的大国新国而来，她是为了学成长生不老之法而来到亚美斯特利斯。另一方面，爱德和艾尔为了修理机械铠而前往拉修山谷，他们在那里认识了一度倒在地上，名为姚林的少年。原来他也是新国的人，他的目的是要得到贤者之石。姚林向爱德问及关於石的事，但爱德向他说谎，说自己甚麼也不知道，但后来两名隐藏在姚林背后的人拿出刀他们袭击。
第16集
透过与巴利接触，莱马斯丹开始掌握到修兹被杀害的真相。他的动向不久就被人造人知道了。这时候，云尼为了与修兹见面，於是与爱德和艾尔一起来到中央，他们在军部里遇上玛利亚．罗斯少尉时知道了令人震惊的事实。不过全不知情的云尼却先一步前往修兹宅……
第17集
罗斯涉嫌是杀害修兹的犯人而被拘留。在她一直处於不利状况的期间，巴利居然袭击拘留所，并带著刚巧在那里的姚林和罗斯一起逃亡。在军方发出可以射杀的捕获命令之下，爱德和艾尔为打探事件的真相而前往中央司令部。不过在他们采取行动之前，马斯坦大佐已先一步阻挡罗斯的去路，并向她发放了火焰的闪光。
第18集
渺小的人类的傲慢手掌
在马斯坦大佐的命令下，艾尔留在中央市，而爱德则和阿姆士唐前往利正布尔。他们到达后马上便向秘密的传说王都．克塞尔克塞斯遗迹进发。他们越过大砂漠到达遗迹后，居然与付爷爷重逢，爱德等人在他的引路下前往遗迹的深处，后来他们在那里遇上了意想不到的人。
第19集
不可能死的人之死
马斯坦大佐安排的对人造人的战略进入最后阶段。马斯坦大佐等人追著寻找自己的肉体的巴利，后来与夏卜和艾尔等人一起潜入第三研究所的地下。他们兵分两路，夏卜与马斯坦大佐遇上前来收拾他们的赖斯黛。人造人的真正身分和秘密首次被揭露。在处於下锋的情况下，马斯坦大佐发动了反败为胜的大爆炸，把赖斯黛炸成粉碎。不过贤者之石的力量相当强劲，不过赖斯黛在一瞬间的空隙下复活，并用矛贯穿了夏卜和莱马斯丹的身体。
第20集
墓前的父亲
爱德与艾尔的父亲贺恩汉相隔很久后回到利正布尔。可是，爱德面对著令母亲杜丽莎吃了不少苦头的他，无法隐藏憎恨的情绪。贺恩汉知道爱德他们进行过人体鍊成之后提出一个疑问，那就是「那个东西真的是杜丽莎吗？」。第二天，贺恩汉离开村庄之后，爱德与皮纳高一起前往以前的居所的遗迹，目的是掘出自己藉著人体鍊成而制造出来的母亲的遗体。
第21集
愚者的前进
爱德与艾尔去探望因为赖斯黛的事而留院的马斯丹和夏卜。他们知道了在推测是人造人的大本营中，有部分范围是包大总统官邸在内。大家都为与自己的对手是巨大的人物而感到震惊。不久，在艾力克兄弟寻找人造人的秘密途中，他们收到斯卡在中央市出现的消息。
第22集
遥远的背影
兰芳被布拉多莱斩伤。虽然姚林马上来拯救，但他也被布拉多莱和桂杜尼赶入绝境。另一方面，云尼与格蕾沙一起去拜祭修兹，她在回程时知道爱德和艾尔正与斯卡战斗，於是马上赶去现场，但她在那里偶然听到一个真相，原来斯卡就是曾杀死自己父母的犯人。
第23集
战场的少女
为了捕捉人造人，爱德和艾尔把伤心的云尼交托给军队，然后再次与斯卡战斗。后来爱德等人和共同进退的莱．马斯丹及福艾赶到现场。那时候，背著兰芳的姚林为逃走而与布拉多莱展开激烈的战斗。不过，虽然他逃过了眼前的危机，但由於布拉多莱的命令桂杜尼采取行动，后来把姚林追赶至无路可逃。兰芳觉得自己会成为姚林的拖累，她居然拿起刀向自己刺去……
24集
腹之中
被捕捉的马尔哥就在人造人的大本营里。他推测人造人的目的，是要构筑一个会令亚美斯特利斯所有国民都受到牵连的「国土鍊成阵」。另一方面，虽然爱德和艾尔企图制止失控的桂杜尼，但面对著可以把眼前任何东西「吞噬」的他，实在束手无策。而且在这场战斗当中，姚林还察觉到一些不寻常的气息。
第25集
黑暗之门
爱德被桂杜尼吞噬了。当他醒觉的时候，他已身处於一个不可思议的空间，那里只有无止境的血海和黑暗。虽然他后来总算与姚林相遇，但始终找不到逃脱的方法。不久，他们遇上一起被吞噬的安比。安比对爱德等人说，这里是桂杜尼的肚里，他是「父亲大人」制造的真理之门的失败作，一旦入了来就没可能离开这里。
第26集
再会
为了去见「父亲大人」艾尔和小梅与桂杜尼一起前往人造人的大本营。途中，正在寻找小梅的张梅和斯卡也从后追来潜入地下。另一方面，在桂杜尼的肚里露出真面目的安比，原本是与爱德和姚林战斗，但当爱德看见构成安比的身体的各个人的样子后，在攻击时显得很犹豫，於是被打倒了。这样下去的话，爱德就会被吞噬。不过在中途，爱德在蒙胧的意识下想起克塞尔克塞斯遗迹的鍊成阵，后来他想出从桂杜尼的肚子里逃出来的方法……
第27集
夹缝的宴会
贺恩汉在凝望著某个村庄的祭典。这时有一位年青的少女拿著酒靠近他。她的名字叫皮纳高．诺贝尔。皮纳高和贺恩汉一边喝酒，一边谈论这个国家应走的路和爱德等人的旅途。在祭典的中途，有一位少女在贺恩汉面前出现。后来还有一名样貌与贺恩汉一模一样的男人出现。他将会把他们卷入一个扭曲的世界里…。
第28集
父亲大人
艾尔和小梅在桂杜尼的引导下，到达了「父亲大人」身处的地方。那时候桂杜尼的肚子突然裂开，爱德、姚林和安比从肚里出现。爱德和艾尔为重聚而高兴，但不久因为在他们面前出现的父亲大人而感到惊讶。他的样子居然与两兄弟的父亲．贺恩汉一模一样。虽然父亲大人握著兄弟们的手，但却向人造人下令杀死姚林。爱德等人曾一度反抗，但父亲大人拥有不可思议的力量，令他们不能使用鍊金术，并与姚林一起被压制著。后来父亲大人说「有一个格利特的空缺」，於是他从体内取出贤者之石，然后接近姚林。
第29集
愚者的挣扎
安比等人捕捉到爱德和艾尔之后，依照父亲大人的指示把他们带去见中央司令部的布拉多莱。爱德等人从早已在那房间马斯丹的口知道，福艾以下的马斯丹部下调职的事，还有军方高层已陷入敌方手中的事。爱德为了不想再成为父亲大人的计划中的棋子，於是对布拉多莱说把国家鍊金术师的资格还给他，不过……
第30集
伊修巴尔歼灭战
爱德为了把枪归还而去到福艾的公寓探访。他对福艾说在战斗之中无法向敌人开枪，并且提及手持著枪的沉重感觉，以及令福艾愿意拿起枪的原因，那就是伊修巴尔歼灭战。同一时间，在中央司令部的地下，马尔哥正向伤疤人说出，军部在伊修巴尔所干的恐怖行为。
第31集
520的约定
爱德离开福艾的家之后，在街上遇上艾尔。他向艾尔提及莱马斯丹和福艾等人，正为达到的目标之后的事而行动，令他们重新下定决心要恢复身体。此外，爱德还对艾尔说，在与父亲大人战斗时，连地面也不能使用鍊金术的事。他们因为看见当时仍能发挥力量的鍊丹术而感到有一线曙光。到了第二天，他们马上为了理解鍊丹术而寻找张梅的行踪…。
第32集
大总统的儿子
莱马斯丹在修兹的墓前，秘密地与古拉曼见面。他把以往的事全部告诉古拉曼，企图得到他的协助。另一方面，正在寻找张梅的行踪的爱德，却遇上阿姆士唐，他告诉爱德，张梅等人正向北方进法。於是爱德马上采取行动，阿姆士唐把亲笔写的介绍信交给爱德，指示他到达北方之后，马上去与称为「布里古兹的北壁」的布里古兹要塞的将军见面。正在这时候，有一名意想不到的人也在艾尔面前出现…。
第38集
巴兹库尔的激斗
爱德、艾尔、云尼和金布里，以及迈尔兹等人，为了捕捉伤疤人而来到名为巴兹库尔的城市。在他们分头寻找的期间，爱德和艾尔避开军方的耳目，企图独自寻找伤疤人，以及与他一起的张梅。他们意想不到地遇上张梅、马尔哥和尤基等人。当他们听尤基谈及他过去的故事时，与张梅等人分头行动的伤疤人却遇上金布里的部下。
第40集
奥莉维亚在布拉多莱的命令下被召唤到中央司令部。她为了打开突破口，主动投向布拉多莱的怀抱，取得军方高层的席位。另一方面，莱马斯丹在中央司令部的食堂遇上福艾，并从她发出的暗号中，知道大总统的儿子赛利姆的真正身份。那时候，在中央司令部的地下里，父亲大人正梦见过去某天的往事。在曾经非常繁荣的王国．克塞尔克塞斯里，他凭著被称为「23号」的奴隶少年的血而诞生，於是他向这位少年给予名字作为谢礼，其名字就是「班．贺恩汉」。
第41集
迈尔兹等布里古兹要塞的人企图铲除金布里和他的部下。但爱德居然提出要活捉他，不过迈尔兹向对他说，「你这种天真的想法也许会令你没命」。后来迈尔兹等人企图让金布里孤独一人后进行袭击，可是由於金布里已察觉他们的计划，令他们在施行袭击之前遇到反击。而且爱德还遇到化成合成兽的金布里部下，达利奥斯和凯基尔的袭击…
第42集
云尼等人抱著失去意识的艾尔，前往城中的山区小屋。在那里休息的期间，张梅和马尔哥尝试解读伤疤人的哥哥的书。张梅从途中回复意识的艾尔和马可的对话中得到指引，伤疤人的哥哥的书上花了一点工夫，隐藏著一个鍊成阵。不过这个鍊成阵居然是…。另一方面，金布里进入了斯洛司所掘的隧道里遇上派拉特。派拉特命令金布里把布里古兹兵当是岩石般利用，在布里古兹的地上刻上血之纹章。
第43集
马可等人隐藏在名为艾斯贝克的伊修巴尔人贫民区，安比收到赞巴洛的通知后来到他们的藏身之所。虽然马尔哥和杰尔索应战，但巨大化的安比捕捉到马可。马可为自己犯的罪而感到痛苦，而且还受到安比的折磨。就在这时候，安比说出以前马可的部下，全部已化成贤者之石。马可知道这事后显得十分愤怒……
第44集
艾尔等人在利奥尔与贺恩汉重逢。艾尔向贺恩汉讲述至今发生的事和爱德现在失踪的事。在这时候，达利奥斯出现在东城的银行里，从爱德的户口中取得金钱。虽然他拿著钱回到城镇的医院，但军方却偷偷地从后方跟踪…。另一方面，比多为了寻找格利特而潜入中央军司令部地下，他就在那里遇上现在的外表是姚林的格利特。
第45集
张梅为了回去新国而经过东部城市．尤斯威尔，受到当地居民热情的招待。不过这样却令她的内心犹豫是否舍弃阿美斯特利斯人而回国…。另一方面，爱德和达利奥斯为了与艾尔重逢，於是前往中央市的马斯坦大佐的匿藏地点，他们在那里遇上暂时取回身体的主导权的姚林。后来姚林对爱德说，父亲大人企图「约定之日」开真理之门。
剧情进入高潮， 马斯坦大佐接到了来自北方的信件，了解到了一个反攻的大计划
第46集
约定之日就差一天了，北方军按原定的计划与东方军会合，并开始演习。但大总统也到来了，并在无意之间了解到了反攻的计划。为了反攻计划不流产，古拉曼中将在大总统回去之际命令东方军摧毁了大总统专列。
第47集
爱得与阿尔在森林中找到了霍因海姆，但在这时，傲慢也来了，双方开始一场恶战
第47—49集大致相同，不多说了
第50集
马斯坦大佐在中央区发动“政变”，中途遭到中央军伏击，由于东方军的到来而死里逃生。北方军也赶来增援，重创中央军。爱得与阿尔骗过守卫后进入第三研究所，但他们听到一个奇怪的声音。
第51集
中央军启动了尚未研究成熟的不死军团。不死军团横扫中央司令部，同时在第三研究所困住了爱得与阿尔。懒惰奉命杀死阿姆斯特朗少将，阿姆斯特朗少佐与中央军士兵一起抵抗懒惰，但在懒惰强悍的攻势下节节败退。
第52集
北方军的坦克向中央司令部开炮。马斯坦大佐赶到第三研究所，顺路解救了爱得一伙。但在这时，马斯坦大佐遇到了嫉妒。马斯坦大佐与嫉妒开始恶战（说欺负更恰当）。阿姆斯特朗少将与阿姆斯特朗少佐在中央司令部又遭到不死军团的攻击，中央军死伤惨重。
第53集
阿姆斯特朗少将与阿姆斯特朗少佐在中央司令部领导剩余的中央军士兵拼死抵抗懒惰与不死军团，使懒惰遭到重伤。第三研究所，马斯坦大佐与嫉妒的战斗升级。在马斯坦大佐的进攻下，嫉妒退却。
第54集
嫉妒自杀
第55集
素泉与丈夫来到中央司令部，与阿姆斯特朗少佐一起杀死懒惰。北方军在装甲部队的掩护下占领了中央司令部，并命令中央军停止抵抗。阿姆斯特朗少将在中央司令部发现了一个通往地下深处的通道。就在这时，原以为已经死亡的大总统出现了。
一部分资料来源于网络，翻译可能对不上号。
罗伊大佐受大总统之命抓捕冰冻之炼金术师，爱德与艾尔开始了他们踏上国家炼金术师的第一场战斗
第2话
爱德与艾尔为了让温柔的妈妈复活，挑战被视为最大禁忌的「人体鍊成」。不过他们将要面对的是要付出极大的代价。某一天，有一位军人在已陷入绝望深渊的艾力克兄弟而前出现。他向兄弟们提示指他们可以踏上国家鍊金术师之路。为了取回失去的东西，他们展开了漫长的路途！
第3话
爱德与艾尔听到懂得使用「奇迹之术」的教主的传闻，於是来到称为利奥尔的城市。原来那个雷特教教主．哥尼罗，正在进行违反等价交换的鍊金术。为了查明真相，爱德和艾尔在偶然认识的少女．罗莎的引路下，终於来到哥尼罗的身处的地方，但他们竟然被教团员用枪指吓，到底雷特教背后的真面目是甚麼？
第4话
莱向爱德和艾尔介绍了一名「缀命之鍊金术师」修．塔加。塔加在两年前成功鍊成了懂人话的合成兽，成为生体鍊成的权威。爱德等人在塔加的住宅寻找资料的期间，与他的女儿妮娜变得很友好。另一方面，每年进行一次的国家鍊金术师的「审查」日子快将来临，塔加为此显得很焦躁。
第5集
轰动亚美斯特利斯全大陆，只杀害国家鍊金术师的神秘人物「伤疤人（斯卡）」，神出鬼没地在东城出现。爱德和艾尔在城里偶然遇上这位斯卡。由於他们在毫无先兆之下受到斯卡的袭击，所以唯有应战，但面对著超凡的身体技巧和不可思议的「破坏的右手」，被压倒的爱德和艾尔生命危在旦夕…
第6集
为了修理好机械铠，爱德和艾尔与阿姆士唐一起前往故乡利正布尔。
在中途休息的车站里，阿姆士唐偶然看见一名男子。这男子的名字叫马尔哥医生。
他曾在军队研究所里进行把鍊金术应用在医疗上的研究，伊修巴尔内乱后，他突然消声匿迹。
爱德等人到马尔哥的家探访，他们在那里知道了一个惊人的真相，原来在军队的命令下，马尔哥曾经进行关於「贤者之石」的研究。
第7集
爱德和艾尔为了寻找马尔哥的研究资料而来到国立中央图书馆第一分馆。但他们看见的是完全烧毁的分馆遗迹。为了确认马厌哥的资料是否真的在分馆里，爱德等人在玛利亚．罗斯少尉的安排下，前往精通分馆资料的少女．谢西嘉的地方。可是他们确认的是资料在分馆被烧光的事实。虽然爱德等人很沮丧，但谢西嘉看见他们的样子，於是提出一个意想不到的奇策。
第8集
爱德为了探索贤者之石的真相，於是潜入前第五研究所，他在那里的地板上发现为鍊成贤者之石而画上的鍊成阵。那时候，他被穿上铠甲，名叫48号的男人袭击。另一方面，在研究所外面等候爱德的艾尔也受到名叫66号的穿铠甲男人袭击。在连番激战之后，居然发现意想不到的真相。原来48号和66号也和艾尔一样，是只有灵魂被固定在铠甲里的人。
第9集
爱德在第五研究所的战斗中，不单止令机械铠受到破损，而且他还受了重伤。於是他马上召云尼由利正布尔到来替他修理机械铠。那时候，艾尔正为巴利的一句话令心情很混乱。「我是个灵魂和记忆，一切都是哥哥制造的虚假的人？」这句话一直在脑海中未能消除，而且还渐渐广大，令从未崩溃过的兄弟之情出现裂痕…。
第10集
爱德与艾尔在病房和修兹及阿姆士唐等人谈论第五研究所的事。人柱、贤者之石的鍊成阵，以及拥有锁定灵魂的血印的人…不过，这些都是令谜团变得更深奥的东西。后来大总统肯格．布拉多莱突然出现。他向爱德等人表示，军队内部有连大总统本人也掌握不到的不安情况，并忠告所有人在了解事态之前不要轻举妄动。不过这忠告后不久，原来敌人已经向意想不到的人伸出魔掌…。
第11集
由於云尼提出请求，於是她便和爱德与艾尔一起前往机械铠技师的圣地「拉修山谷」，但他们到达不久，作为国家鍊金术师的证明的银怀表竟然被叫为帕妮娜的少女偷了。不过爱德等人藉著这次事件，遇上了替帕妮娜的双脚装上机械铠的技师多米尼克，后来更与多米尼克的家人有意想不到的接触。由於多米尼克是个出色的机械铠技师，所以云尼提出希望成为他的徒弟。就在这个时候，正在怀孕的多米尼克的儿子的妻子．莎特拉却突然要早产。
第12集
爱德与艾尔到达了达布里斯之后，成功地与很久不见的师父．泉重逢。他们重逢不久，爱德便从泉的口中知道父亲．贺恩汉的消息。当晚爱德回忆起初次遇上泉的事。虽然母亲死后不久，他便为了磨练鍊金术的技巧而强行提出当泉的徒弟，但他们两将要面对的是在无人岛居住一个月的求生生活。泉对他们说「要找出”一即是全，全即是一”的答案」。到底他们两的修行结果如何？
第13集
莱马斯丹终於被调派到中央。另一方面，被人造人的攻击而受了重伤的斯卡也去到中央再开始行动。这时候，艾尔为了回复真理之门的记忆而留在泉的身边，但居然有一班人声称「我知道你的秘密」而前来与他接触。原来这班人全部也是合成兽……
第14集
由於泉的介入，令爱德与格利特的战斗出现转机。但就在此时，肯格．布拉多莱率领国家军队闯入，开始歼灭格利特一派等人。虽然格利特企图抱著艾尔逃走，但布拉多莱居然亲自站在他面前阻挡去路，并且向身为人造人的格利特发动猛烈的攻击。后来在战斗中途，格利特从布拉多莱的眼中找到难以置信的东西。
第15集
一名神秘的少女．张梅在正前往中央的斯卡和尤基面前出现。懂得使用名为「鍊丹术」这不可思议之术的她，自称是由东方的大国新国而来，她是为了学成长生不老之法而来到亚美斯特利斯。另一方面，爱德和艾尔为了修理机械铠而前往拉修山谷，他们在那里认识了一度倒在地上，名为姚林的少年。原来他也是新国的人，他的目的是要得到贤者之石。姚林向爱德问及关於石的事，但爱德向他说谎，说自己甚麼也不知道，但后来两名隐藏在姚林背后的人拿出刀他们袭击。
第16集
透过与巴利接触，莱马斯丹开始掌握到修兹被杀害的真相。他的动向不久就被人造人知道了。这时候，云尼为了与修兹见面，於是与爱德和艾尔一起来到中央，他们在军部里遇上玛利亚．罗斯少尉时知道了令人震惊的事实。不过全不知情的云尼却先一步前往修兹宅……
第17集
罗斯涉嫌是杀害修兹的犯人而被拘留。在她一直处於不利状况的期间，巴利居然袭击拘留所，并带著刚巧在那里的姚林和罗斯一起逃亡。在军方发出可以射杀的捕获命令之下，爱德和艾尔为打探事件的真相而前往中央司令部。不过在他们采取行动之前，马斯坦大佐已先一步阻挡罗斯的去路，并向她发放了火焰的闪光。
第18集
渺小的人类的傲慢手掌
在马斯坦大佐的命令下，艾尔留在中央市，而爱德则和阿姆士唐前往利正布尔。他们到达后马上便向秘密的传说王都．克塞尔克塞斯遗迹进发。他们越过大砂漠到达遗迹后，居然与付爷爷重逢，爱德等人在他的引路下前往遗迹的深处，后来他们在那里遇上了意想不到的人。
第19集
不可能死的人之死
马斯坦大佐安排的对人造人的战略进入最后阶段。马斯坦大佐等人追著寻找自己的肉体的巴利，后来与夏卜和艾尔等人一起潜入第三研究所的地下。他们兵分两路，夏卜与马斯坦大佐遇上前来收拾他们的赖斯黛。人造人的真正身分和秘密首次被揭露。在处於下锋的情况下，马斯坦大佐发动了反败为胜的大爆炸，把赖斯黛炸成粉碎。不过贤者之石的力量相当强劲，不过赖斯黛在一瞬间的空隙下复活，并用矛贯穿了夏卜和莱马斯丹的身体。
第20集
墓前的父亲
爱德与艾尔的父亲贺恩汉相隔很久后回到利正布尔。可是，爱德面对著令母亲杜丽莎吃了不少苦头的他，无法隐藏憎恨的情绪。贺恩汉知道爱德他们进行过人体鍊成之后提出一个疑问，那就是「那个东西真的是杜丽莎吗？」。第二天，贺恩汉离开村庄之后，爱德与皮纳高一起前往以前的居所的遗迹，目的是掘出自己藉著人体鍊成而制造出来的母亲的遗体。
第21集
愚者的前进
爱德与艾尔去探望因为赖斯黛的事而留院的马斯丹和夏卜。他们知道了在推测是人造人的大本营中，有部分范围是包大总统官邸在内。大家都为与自己的对手是巨大的人物而感到震惊。不久，在艾力克兄弟寻找人造人的秘密途中，他们收到斯卡在中央市出现的消息。
第22集
遥远的背影
兰芳被布拉多莱斩伤。虽然姚林马上来拯救，但他也被布拉多莱和桂杜尼赶入绝境。另一方面，云尼与格蕾沙一起去拜祭修兹，她在回程时知道爱德和艾尔正与斯卡战斗，於是马上赶去现场，但她在那里偶然听到一个真相，原来斯卡就是曾杀死自己父母的犯人。
第23集
战场的少女
为了捕捉人造人，爱德和艾尔把伤心的云尼交托给军队，然后再次与斯卡战斗。后来爱德等人和共同进退的莱．马斯丹及福艾赶到现场。那时候，背著兰芳的姚林为逃走而与布拉多莱展开激烈的战斗。不过，虽然他逃过了眼前的危机，但由於布拉多莱的命令桂杜尼采取行动，后来把姚林追赶至无路可逃。兰芳觉得自己会成为姚林的拖累，她居然拿起刀向自己刺去……
24集
腹之中
被捕捉的马尔哥就在人造人的大本营里。他推测人造人的目的，是要构筑一个会令亚美斯特利斯所有国民都受到牵连的「国土鍊成阵」。另一方面，虽然爱德和艾尔企图制止失控的桂杜尼，但面对著可以把眼前任何东西「吞噬」的他，实在束手无策。而且在这场战斗当中，姚林还察觉到一些不寻常的气息。
第25集
黑暗之门
爱德被桂杜尼吞噬了。当他醒觉的时候，他已身处於一个不可思议的空间，那里只有无止境的血海和黑暗。虽然他后来总算与姚林相遇，但始终找不到逃脱的方法。不久，他们遇上一起被吞噬的安比。安比对爱德等人说，这里是桂杜尼的肚里，他是「父亲大人」制造的真理之门的失败作，一旦入了来就没可能离开这里。
第26集
再会
为了去见「父亲大人」艾尔和小梅与桂杜尼一起前往人造人的大本营。途中，正在寻找小梅的张梅和斯卡也从后追来潜入地下。另一方面，在桂杜尼的肚里露出真面目的安比，原本是与爱德和姚林战斗，但当爱德看见构成安比的身体的各个人的样子后，在攻击时显得很犹豫，於是被打倒了。这样下去的话，爱德就会被吞噬。不过在中途，爱德在蒙胧的意识下想起克塞尔克塞斯遗迹的鍊成阵，后来他想出从桂杜尼的肚子里逃出来的方法……
第27集
夹缝的宴会
贺恩汉在凝望著某个村庄的祭典。这时有一位年青的少女拿著酒靠近他。她的名字叫皮纳高．诺贝尔。皮纳高和贺恩汉一边喝酒，一边谈论这个国家应走的路和爱德等人的旅途。在祭典的中途，有一位少女在贺恩汉面前出现。后来还有一名样貌与贺恩汉一模一样的男人出现。他将会把他们卷入一个扭曲的世界里…。
第28集
父亲大人
艾尔和小梅在桂杜尼的引导下，到达了「父亲大人」身处的地方。那时候桂杜尼的肚子突然裂开，爱德、姚林和安比从肚里出现。爱德和艾尔为重聚而高兴，但不久因为在他们面前出现的父亲大人而感到惊讶。他的样子居然与两兄弟的父亲．贺恩汉一模一样。虽然父亲大人握著兄弟们的手，但却向人造人下令杀死姚林。爱德等人曾一度反抗，但父亲大人拥有不可思议的力量，令他们不能使用鍊金术，并与姚林一起被压制著。后来父亲大人说「有一个格利特的空缺」，於是他从体内取出贤者之石，然后接近姚林。
第29集
愚者的挣扎
安比等人捕捉到爱德和艾尔之后，依照父亲大人的指示把他们带去见中央司令部的布拉多莱。爱德等人从早已在那房间马斯丹的口知道，福艾以下的马斯丹部下调职的事，还有军方高层已陷入敌方手中的事。爱德为了不想再成为父亲大人的计划中的棋子，於是对布拉多莱说把国家鍊金术师的资格还给他，不过……
第30集
伊修巴尔歼灭战
爱德为了把枪归还而去到福艾的公寓探访。他对福艾说在战斗之中无法向敌人开枪，并且提及手持著枪的沉重感觉，以及令福艾愿意拿起枪的原因，那就是伊修巴尔歼灭战。同一时间，在中央司令部的地下，马尔哥正向伤疤人说出，军部在伊修巴尔所干的恐怖行为。
第31集
520的约定
爱德离开福艾的家之后，在街上遇上艾尔。他向艾尔提及莱马斯丹和福艾等人，正为达到的目标之后的事而行动，令他们重新下定决心要恢复身体。此外，爱德还对艾尔说，在与父亲大人战斗时，连地面也不能使用鍊金术的事。他们因为看见当时仍能发挥力量的鍊丹术而感到有一线曙光。到了第二天，他们马上为了理解鍊丹术而寻找张梅的行踪…。
第32集
大总统的儿子
莱马斯丹在修兹的墓前，秘密地与古拉曼见面。他把以往的事全部告诉古拉曼，企图得到他的协助。另一方面，正在寻找张梅的行踪的爱德，却遇上阿姆士唐，他告诉爱德，张梅等人正向北方进法。於是爱德马上采取行动，阿姆士唐把亲笔写的介绍信交给爱德，指示他到达北方之后，马上去与称为「布里古兹的北壁」的布里古兹要塞的将军见面。正在这时候，有一名意想不到的人也在艾尔面前出现…。
第38集
巴兹库尔的激斗
爱德、艾尔、云尼和金布里，以及迈尔兹等人，为了捕捉伤疤人而来到名为巴兹库尔的城市。在他们分头寻找的期间，爱德和艾尔避开军方的耳目，企图独自寻找伤疤人，以及与他一起的张梅。他们意想不到地遇上张梅、马尔哥和尤基等人。当他们听尤基谈及他过去的故事时，与张梅等人分头行动的伤疤人却遇上金布里的部下。
第40集
奥莉维亚在布拉多莱的命令下被召唤到中央司令部。她为了打开突破口，主动投向布拉多莱的怀抱，取得军方高层的席位。另一方面，莱马斯丹在中央司令部的食堂遇上福艾，并从她发出的暗号中，知道大总统的儿子赛利姆的真正身份。那时候，在中央司令部的地下里，父亲大人正梦见过去某天的往事。在曾经非常繁荣的王国．克塞尔克塞斯里，他凭著被称为「23号」的奴隶少年的血而诞生，於是他向这位少年给予名字作为谢礼，其名字就是「班．贺恩汉」。
第41集
迈尔兹等布里古兹要塞的人企图铲除金布里和他的部下。但爱德居然提出要活捉他，不过迈尔兹向对他说，「你这种天真的想法也许会令你没命」。后来迈尔兹等人企图让金布里孤独一人后进行袭击，可是由於金布里已察觉他们的计划，令他们在施行袭击之前遇到反击。而且爱德还遇到化成合成兽的金布里部下，达利奥斯和凯基尔的袭击…
第42集
云尼等人抱著失去意识的艾尔，前往城中的山区小屋。在那里休息的期间，张梅和马尔哥尝试解读伤疤人的哥哥的书。张梅从途中回复意识的艾尔和马可的对话中得到指引，伤疤人的哥哥的书上花了一点工夫，隐藏著一个鍊成阵。不过这个鍊成阵居然是…。另一方面，金布里进入了斯洛司所掘的隧道里遇上派拉特。派拉特命令金布里把布里古兹兵当是岩石般利用，在布里古兹的地上刻上血之纹章。
第43集
马可等人隐藏在名为艾斯贝克的伊修巴尔人贫民区，安比收到赞巴洛的通知后来到他们的藏身之所。虽然马尔哥和杰尔索应战，但巨大化的安比捕捉到马可。马可为自己犯的罪而感到痛苦，而且还受到安比的折磨。就在这时候，安比说出以前马可的部下，全部已化成贤者之石。马可知道这事后显得十分愤怒……
第44集
艾尔等人在利奥尔与贺恩汉重逢。艾尔向贺恩汉讲述至今发生的事和爱德现在失踪的事。在这时候，达利奥斯出现在东城的银行里，从爱德的户口中取得金钱。虽然他拿著钱回到城镇的医院，但军方却偷偷地从后方跟踪…。另一方面，比多为了寻找格利特而潜入中央军司令部地下，他就在那里遇上现在的外表是姚林的格利特。
第45集
张梅为了回去新国而经过东部城市．尤斯威尔，受到当地居民热情的招待。不过这样却令她的内心犹豫是否舍弃阿美斯特利斯人而回国…。另一方面，爱德和达利奥斯为了与艾尔重逢，於是前往中央市的马斯坦大佐的匿藏地点，他们在那里遇上暂时取回身体的主导权的姚林。后来姚林对爱德说，父亲大人企图「约定之日」开真理之门。
剧情进入高潮， 马斯坦大佐接到了来自北方的信件，了解到了一个反攻的大计划
第46集
约定之日就差一天了，北方军按原定的计划与东方军会合，并开始演习。但大总统也到来了，并在无意之间了解到了反攻的计划。为了反攻计划不流产，古拉曼中将在大总统回去之际命令东方军摧毁了大总统专列。
第47集
爱得与阿尔在森林中找到了霍因海姆，但在这时，傲慢也来了，双方开始一场恶战
第47—49集大致相同，不多说了
第50集
马斯坦大佐在中央区发动“政变”，中途遭到中央军伏击，由于东方军的到来而死里逃生。北方军也赶来增援，重创中央军。爱得与阿尔骗过守卫后进入第三研究所，但他们听到一个奇怪的声音。
第51集
中央军启动了尚未研究成熟的不死军团。不死军团横扫中央司令部，同时在第三研究所困住了爱得与阿尔。懒惰奉命杀死阿姆斯特朗少将，阿姆斯特朗少佐与中央军士兵一起抵抗懒惰，但在懒惰强悍的攻势下节节败退。
第52集
北方军的坦克向中央司令部开炮。马斯坦大佐赶到第三研究所，顺路解救了爱得一伙。但在这时，马斯坦大佐遇到了嫉妒。马斯坦大佐与嫉妒开始恶战（说欺负更恰当）。阿姆斯特朗少将与阿姆斯特朗少佐在中央司令部又遭到不死军团的攻击，中央军死伤惨重。
第53集
阿姆斯特朗少将与阿姆斯特朗少佐在中央司令部领导剩余的中央军士兵拼死抵抗懒惰与不死军团，使懒惰遭到重伤。第三研究所，马斯坦大佐与嫉妒的战斗升级。在马斯坦大佐的进攻下，嫉妒退却。
第54集
嫉妒自杀
第55集
素泉与丈夫来到中央司令部，与阿姆斯特朗少佐一起杀死懒惰。北方军在装甲部队的掩护下占领了中央司令部，并命令中央军停止抵抗。阿姆斯特朗少将在中央司令部发现了一个通往地下深处的通道。就在这时，原以为已经死亡的大总统出现了。
一部分资料来源于网络，翻译可能对不上号。
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01 钢之炼金术师
02 开端之日
03 邪教之街
04 炼金术师的苦恼
05 悲伤的雨
06 希望之路
07 隐藏的真相
08 第五研究所
09 被创造的记忆
10 各自的去向
11 拉修巴雷的奇迹
12 一即是全 全即是一
13 达普利斯的野兽们
14 地下潜伏者
15 东方的使者
16 战友的足迹
17 冷静而透彻的火焰
18 矮小之人傲慢的手掌
19 不死之人的死
20 墓前的父亲
21 愚者的前进
22 远去的背影
23 战场上的少女
24 腹中
25 黑暗之门
26 再会
27 夹缝之宴
28 父亲大人
29 愚者的挣扎
30 伊修巴尔歼灭战
31 520元的约定
32 总统之子
33 布利古兹的北壁
34 冰之女王
35 本国的形态
36 家族的肖像
37 起始人造人
38 巴兹库尔的激斗
39 白日之梦
40 烧瓶中的小人
41 奈落
42 反击的征兆
43 蚂蚁的反击
44 完全恢复
45 约定之日
46 迫近之影
47 暗之使者
48 地道中的誓言
49 亲子之情
50 森特拉尔的动乱
51 不死的军团
52 大家的力量
53 复仇之炎
54 烈火的尽头
55 大人们的活法
56 总统归来
外传1：盲目的炼金术师
外传2：单纯的人们
外传3：师匠物语
02 开端之日
03 邪教之街
04 炼金术师的苦恼
05 悲伤的雨
06 希望之路
07 隐藏的真相
08 第五研究所
09 被创造的记忆
10 各自的去向
11 拉修巴雷的奇迹
12 一即是全 全即是一
13 达普利斯的野兽们
14 地下潜伏者
15 东方的使者
16 战友的足迹
17 冷静而透彻的火焰
18 矮小之人傲慢的手掌
19 不死之人的死
20 墓前的父亲
21 愚者的前进
22 远去的背影
23 战场上的少女
24 腹中
25 黑暗之门
26 再会
27 夹缝之宴
28 父亲大人
29 愚者的挣扎
30 伊修巴尔歼灭战
31 520元的约定
32 总统之子
33 布利古兹的北壁
34 冰之女王
35 本国的形态
36 家族的肖像
37 起始人造人
38 巴兹库尔的激斗
39 白日之梦
40 烧瓶中的小人
41 奈落
42 反击的征兆
43 蚂蚁的反击
44 完全恢复
45 约定之日
46 迫近之影
47 暗之使者
48 地道中的誓言
49 亲子之情
50 森特拉尔的动乱
51 不死的军团
52 大家的力量
53 复仇之炎
54 烈火的尽头
55 大人们的活法
56 总统归来
外传1：盲目的炼金术师
外传2：单纯的人们
外传3：师匠物语
参考资料： http://baike.baidu.com
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自己去看吧，很好看的
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