Question

如何使用 PhyML构建进化树

Answer 1

构建ML树可以使用PHYML，速度最快。

或者使用Tree-puzzle，速度也较快，并且该程序做蛋白质序列的进化树效果比较好。

而PAML则并不适合构建进化树。

ML的模型选择是看构出的树的likelihood值，从参数少，简单的模型试起，到likelihood值最大为止。

ML也可以使用 PAUP或者PHYLIP来构建。

这里作者推荐的工具是BioEdit。

BioEdit集成了一些PHYLIP的程序，用来构建进化树。

Tree- puzzle是另外一个不错的选择，不过该程序是命令行格式的，需要学习DOS命令。

PHYML的不足之处是没有win32的版本，只有适用于64位的版本，因此不推荐使用。

值得注意的是，构建ML树，不需要事先的多序列比对，而直接使用FASTA格式的序列即可。