Question

Separated for years, father and son found each...

Separated for years, father and son found each other greatly changed.

还原成定语从句是这样吗？

Father and son who have separated for years found each other greatly changed.

Answer 1

Father and son, who have been separated for years, found each other greatly changed.
原句用separated是包含被动含义的，所以定语从句中对被动应有所体现。另外，最好用非限制性定语从句，除了形式不一样，与限制性定语从句的区别还有如下几点（主要从语意角度讲）：
一、功能不同

限定性定语从句用于对先行词的意义进行修饰、限制和识别，如果去掉，就会造成句意不完整或概念不清；而非限定性定语从句用于对先行词起补充说明作用，如果省略，句意仍然清楚、完整。如：
People who take physical exercise live longer. 进行体育锻炼的人活得长些。(若把从句去掉句子就失去意义)
His daughter, who is in Boston now, is coming home next week. 他女儿现在在波士顿，下星期回来。(若把从句去句子意义仍然完整)
二、翻译不同
在翻译定语从句时，一般把限定性定语从句翻译在它所修饰的先行词之前，而把非限定性定语从句与主句分开。如：
He is the man whose car was stolen. 他就是汽车被窃的那个人。
I've invited Jane, who lives across the street. 我邀请了简，他就住在街对面。
三、含义不同
比较下面的两个句子：
I have a sister who is a doctor. 我有一个医生的姐姐。(姐姐不止一个)
I have a sister, who is a doctor. 我有一个姐姐，她是当医生的。(只有一个姐姐)

Answer 2

你的句子在时态上出了一点错，have应该改成had。
正确的句子应该是：
Father and son who had separated for years found each other greatly changed.
分开多年的父子发现彼此都有了很大的变化。