阿姆河所在的中亚细亚位于大陆内部,离大洋很远,其北面的山峦并没有对它起到屏障作用,这些都决定着它的强烈的大陆性气候:夏季干燥而酷热,冬季凛冽寒冷;7月的平均气温26-30℃,冬季1月的气温有时会下降到-30℃或-30℃以下。该流域的山脉几乎是由东向西延伸,并顺着这个方向逐渐降低。山脉的这种位置使西面的潮湿气团能深入山区。近于饱和的气团与高的横断山脉相遇,引起水分的凝结和高地上的大量降水,而紧邻的平原和山麓降水却很少。山地的年降水量有的地方超过1000毫米甚至达2000毫米,而平原降水量却只有100毫米。