16S测序分析（二）菌群多样性分析
Alpha多样性、beta多样性和gamma多样性的概念由美国杰出的生态学家Robert Harding Whittaker提出。Whittaker将一个环境中总的物种多样性命名为gamma多样性。Gamma多样性由alpha多样性和beta多样性共同决定。Alpha多样性指在环境中的一个区域内的平均物种多样性。Beta多样性指环境中不同区域之间的差异。
Shannon指数最初是由Claude Shannon提出用来计算字符串文本信息熵的指标，后来逐渐发展成生态学研究中最常用的多样性指数。Shannon指数不只考虑物种丰富度（Richness，样本中物种数），而且同时考虑物种的均匀度（Evenness，平均程度），所以它是反应群落结构的综合指标。
计算方法：
Pi：第i个物种的个体数占样本中总个体数的比例
R：样本中的总物种数
样本的Shannon指数越高，则其物种多样性也越高。
Simpson指数是由Edward H. Simpson在1949年提出评价生物多样性的另一种常用指标。它也是既考虑样本中的物种丰富度，又考虑物种均匀度的综合指标。
计算方法：
Pi：第i个物种的个体数占样本中总个体数的比例
R：样本中的总物种数
Simpson指数的取值范围在0和1之间。样本的Simpson指数越高，则其物种多样性也越高。
Beta多样性专用于不同样本间的比较，它不能直接通过某一个样本的物种丰富度和均匀度计算出该样本的多样性度量值。Beta多样性是利用不同样本间的丰度变化或进化关系来计算样本间距离，从而反映样本间是否具有显著的微生物群落差异。
计算beta多样性的方法有很多：有最为常用的bray curtis距离、Jaccard距离还有欧式距离，他们考虑的是样本间物种丰度（有无）和均度（相对丰度）；另外还有Unifrac距离法，它是根据系统发生树进行比较。
1. R
地址： https://www.r-project.org/
版本：3.4.1
2. R包：openxlsx
功能：打开Excel文件
版本：4.1
3. R包：vegan
功能：包内含有多种生态学分析必备的函数
版本：2.4
4. Excel
功能：数据处理
标准化菌属相对丰度表。获取方法请参考 16S测序分析系列（一）菌属丰度表获取 。
由图可见，A组的多样性明显高于B组。
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