Question

大家谁知道怎样用perl解决生物问题

Answer 1

Perl 是一种自由且功能强大的编程语言。它被用作 Web 编程、数据库处理、XML 处理以及系统管理等等。
Perl在生物方面的应用主要集中于生物信息学中的基因/蛋白序列分析上。它既善于文本分析，在遗传算法上也有优异表现。现在已经出现了以Perl的模块和脚本为基础开发的生物信息工具Bioperl。
Bioperl的优点主要有三。首先，Perl操作简单，在扭转，切割，总结文字方面十分优秀，而生物信息如物种属名称，DNA蛋白质序列及其注释等都是文字或类文字。
第二，Perl能容错。生物资料多是不完全的，Perl在对资料的处理上有很好的弹性。
第三。Perl是组件导向的语言。人们可以利用Perl各自开发编写程序，然后进行交流和组合，从而使智慧成果得到聚集。
此外，Perl是很好的原型语言，且在网页制作方面有突出表现。

但是Perl在生物信息学中的应用也有其不足。比如很少有人用perl写一个BLAST，因为太慢了。并且，Perl在建立大型平台方面没有优势。对于Bioperl的应用，扬长避短才是正道。
以上
PS 《Beginning Perl for Bioinformatics》是很流行的一本书，感兴趣的化可以看看。