如何用jabref引用中文文献
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忽然萌发翻译和编写JabRef中文手册的想法，因为自己感觉这软件非常不错而目前又找不到详细的中文手册，而且远在异国他乡，杂事少闲暇多。但是能不能坚持写完就得看以后工作的安排了。
JafRef是开源软件，完全免费。但这不是它的主要优点。免费的东西很多，不见得每件免费的东西都有人要。实用性才是最重要的。
我用文献管理软件只有两个需求，一是管理或者说整理自己电脑上保存的文献（主要是pdf格式文件），另外一个是写文章插入引用文献和编写参考文献列表。其他的需求，比如查新、阅读和做笔记，都可以归到这两个里面。
很多文献管理软件都可以很好满足第二个需求，这个不用再说。也有一些软件吹嘘能很好的管理本机保存的文献，比如Reference Manager，Endnote，医学文献王。Reference Manager是我使用的第一款文献管理软件，很快放弃，原因已经记不得。Endnote使用时间最长，但在半年前放弃了，因为一件事让我大费脑筋：由于更换了电脑而把原来的参考文献库连同文献一起转移到新机，盘符和文件夹设置都完全照搬，但还是发现多数全文连接打不开了。我一个个试着找出哪些链接已经作废，然后找到放置全文的地方，再一个个拖拽到文献条目上让它重新建立链接。很快我就吃不消了，我有一千多个pdf文件！！（Reference Manager和Endnote是同一个公司的产品，是不是也有这个问题？）当初看中Endnote的原因是它关联文献的简单方法--鼠标拖拽，没想到最后让我没法再使用它的也是这个拖拽。OK，没办法了，迁移到其他软件吧。（不是我见异思迁，简单重复而又没有尽头的工作，你来试试？）
JafRef有这么一个功能：全文文献自动关联。这个“自动”当然不可能自动到你什么都不用干。给文件改一个规则的名字，这是你需要做的。JafRef中有一个域名叫BibTexkey，每篇文献可以自动生成唯一的BibTexkey，生成规则可以根据个人喜好来定义，只要这个定好，把所有文件名改成BibTexkey加文件扩展名的形式，JabRef就能自动找到它。
我把BibTexkey定为“[year]-[auth]-p[firstpage]-[lastpage]“，所有文献不出现重复BibTexkey。然后着手所有文献的批量重命名工作：
1、在Endnote里面编写一个”Output Style“，在Bibliography下的Templates里面加入”Year-Author-pPages=Link to PDF“（文献类型Journal Article）
2、把所有带全文的文献用此”Output Style“导出一份文本文件
3、按顺序完成替换：先把”=internal-pdf://"替换成制表符，再把“/”号替换成制表符
4、拷贝、粘贴到Excel里面，保留第一列（将来的文件名）和最后一列（原来的pdf文件名），其他删除
5、按原文件名排序（为了符合文件批量命名软件的需要）
6、拷贝第一列的内容到文本文件，命名保存
7、有一个文件批量命名软件，叫“拖把文件更名器”。把你所有要从命名的文件放到一个文件夹中，用这个软件“调用文本文件命名”功能（用的就是第6部中的文本文件），几秒钟内它会帮你全部重命名。（软件很简单，具体使用方法自己看看就明白了，在这不详细介绍）
Ok，从Endnote迁走的工作完成一大半了。接下来只需要把参考文献题录搬出来。其实这一步我没有做，原因很简单：现在网络这么方便，直接使用JabRef内置的搜索功能重新查文献题录就行了，何苦去折腾那个导出功能？再说从Endnote导出的格式又不是100%兼容。实在要导出也可以，下载一个Endnote用的output styleftp://support.isiresearchsoft.com/pub/pc/styles/endnote4/BibTeX%20Export.ens
放到Styles文件夹中，就可以使用（需要稍微编辑）。
据说有方法能把Endnote的文献题录连同全文链接一起到出来的方法。但是我不倾向于使用这些方法：既然使用了管理手段，就要用全新的思维来做事，婆婆妈妈的想换又不换还不如保持现状。
好了，新的开始，新的征程，希望JafRef能带给你惊喜。
2、入门
了解和使用一个软件的最好的方法是看它的帮助文档，这也将是我后面翻译和编写JabRef中文手册的主要工作。但是我性子急，看到某本书或某个帮助文档不厌其烦的一条条解释术语和罗列菜单就觉得烦。相信不少人跟我一样。那好，先撇开这些套套，直接看一些实用的操作。
1、打开软件。新安装的软件，应该只有软件菜单和工具栏，其他空白（下图）：
2、点一下紧挨菜单“File”下面的像白纸一样工具栏图标，工具栏下面区域马上出现带表头的区域，这个操作叫做“新建数据库”。注意左下脚有文字“Status： New database created”：
你的软件出现的表头可能跟上面的不一样，没关系，因为我的软件不是第一次使用，调整过。
3、点击“Web Search”菜单，选择最后一个“Search Medline”。注意左边出现有搜索功能区。在光标闪烁的地方输入你的关键词。这里演示输入的是“arabidopsis proteomics 2009”
鼠标点击“Fetch”后跳出一个吓人的窗口，等待一会就会出现搜索结果：
先不管其他，结果出来后按底下的“OK”。查到的结果全部转移到了刚才新建的“数据库”中：
现在可以看看整个窗口的布局了。
先看些熟悉的东西：左上角，JabRef程序图标，有上角，红叉，关闭程序用；红叉的下面有个黑叉，是关闭当前数据库（database）的，先别着急按它（Sorry，我用的是windows，Mac和Linux这三个图标的地方会很不一样）；菜单，不用说都认识，还有工具栏。
出现两个新分隔区（其实不新，你要是用过其他文献管理软件，这都大同小异）：表格状的是文献题录显示区，显示的是整个文献数据库，每行是一条文献（专用术语是“题录”，英文称为entry）；它下面的分隔区域是文献预览区（entry preview），显示的是当前选中的文献的信息。你可以用“View”菜单下的“Toggle entry preview”显示或隐藏文献预览区。
再看一下数据库的表头（栏标题）。#号表示文献排序号。Author是作者，它左边的图标表示该文献有网址链接，单击一下就可以打开浏览器。Title、year、journal等，都很熟悉。有三个可能是新的：Owner、Timestamp和Bibtexkey。
4、修改Bibtexkey设置：
撇下Owner和Timestamp不管。先修改一下Bibtexkey，因为Bibtexkey太重要了，全文管理和写文章引入参考文献都靠它。这个Bibtexkey就是文献条目的标识，相当于一个人的名字，在一个文献库里面Bibtexkey不会重复，如果重复了JabRef会自动在后面加a，b，c来区别（这种情况不利于全文文件自动关联，最好避免）。
打开“Options”（选项）菜单的“Preferences”（偏好设置），点一下弹出窗口左边“BibTex key generator”切换到该标签页：
看到窗口里面有一个还算比较显眼的红色问好没？点一下你就能得到相关的帮助，跟当前窗口的内容绝对对口！
想一下，什么样的命名方式得到的Bibtexkey既简洁、美观又不会重复？你应该有好办法。我比较笨，用的是[year]-[auth]-p[firstpage]-[lastpage] （表示：“年”-“第一作者姓”-p“文章首页”-“文章末页”，你在帮助页里面能了解到每个词表示的意思），把它放到右边第一行内（Default pattern）。
5、顺便做一件事，美化文献题录显示：
点一下左边的“Entry table columns”：
选中右边的owner，再点一下它右边上的红色减号，去掉这一项；把Timestamp和Year也去掉。按“OK”回到JabRef主界面，你会发现数据库表格简洁了许多，因为刚才的操作去掉了Owner、Timestamp和Year这三栏。
注意，刚才设置的Bibtexkey还没有起作用。需要手动更新：点中其中一条文献，然后用Ctrl+A（同时按下Ctrl键和A键）全选，再点“Tools”菜单下的“Autogenerate BibTex keys”，全部Bibtexkey得到更新
6、下载和关联全文
先建立一个你专门用于放文献的文件夹（我用的是 e:\A_JabRef\pdf）。同样点击“Options”下的“Preferences”，选中“External programs”，把“Main file directory”设置成刚才建立的文件夹位置，并且选中“Main file directory”下面第一个选项，如图：
设置完毕点“OK”回到主窗口。
你可能刚才就注意到了文献预览区第一行的括号里面的内容就是Bibtexkey。选中，Ctrl+C拷贝它。点击作者左边的网址图标，跟踪到它的全文pdf网址，打开pdf文件以后另存到刚才建立的目录，文件名用刚才拷贝到的Bibtexkey，扩展名不变。现在可以关联文件了。“Tools”-“Scan database...”-“Synchronize file links”，适当看看弹出的窗口，然后点“OK”，很显然，有全文的文献多了一个图标。
保存文件吧，用axx作文件名，默认扩展名是bib。在工具栏的下面你会看到文件名。
现在，你已经跨进JabRef的门槛了 ：）
3、一般常识
关于帮助窗口
帮助窗口
点击帮助按钮或者按下F1。
现在，帮助窗口已经准备好了向你提供有关使用JabRef的信息。
在帮助文件内导航
帮助窗口事实上是一个轻量级的HTML浏览器，帮助文件是标准的HTML文件。
从程序的不同窗口打开帮助窗口，默认打开的帮助文件是不一样的。如果你不能从这个文件得到你感兴趣的内容，工具栏的“内容”按钮会把你带到现有的帮助文件列表。
此外，工具栏还包含有显示下一文件或前一文件的导航按钮。它们跟标准浏览器中的“前进”和“后退”按钮一样。键盘快捷键是左右箭头键，分别表示后退和前进。
可以按下ESCAPE（ESC）键关闭帮助窗口
JafRef是开源软件，完全免费。但这不是它的主要优点。免费的东西很多，不见得每件免费的东西都有人要。实用性才是最重要的。
我用文献管理软件只有两个需求，一是管理或者说整理自己电脑上保存的文献（主要是pdf格式文件），另外一个是写文章插入引用文献和编写参考文献列表。其他的需求，比如查新、阅读和做笔记，都可以归到这两个里面。
很多文献管理软件都可以很好满足第二个需求，这个不用再说。也有一些软件吹嘘能很好的管理本机保存的文献，比如Reference Manager，Endnote，医学文献王。Reference Manager是我使用的第一款文献管理软件，很快放弃，原因已经记不得。Endnote使用时间最长，但在半年前放弃了，因为一件事让我大费脑筋：由于更换了电脑而把原来的参考文献库连同文献一起转移到新机，盘符和文件夹设置都完全照搬，但还是发现多数全文连接打不开了。我一个个试着找出哪些链接已经作废，然后找到放置全文的地方，再一个个拖拽到文献条目上让它重新建立链接。很快我就吃不消了，我有一千多个pdf文件！！（Reference Manager和Endnote是同一个公司的产品，是不是也有这个问题？）当初看中Endnote的原因是它关联文献的简单方法--鼠标拖拽，没想到最后让我没法再使用它的也是这个拖拽。OK，没办法了，迁移到其他软件吧。（不是我见异思迁，简单重复而又没有尽头的工作，你来试试？）
JafRef有这么一个功能：全文文献自动关联。这个“自动”当然不可能自动到你什么都不用干。给文件改一个规则的名字，这是你需要做的。JafRef中有一个域名叫BibTexkey，每篇文献可以自动生成唯一的BibTexkey，生成规则可以根据个人喜好来定义，只要这个定好，把所有文件名改成BibTexkey加文件扩展名的形式，JabRef就能自动找到它。
我把BibTexkey定为“[year]-[auth]-p[firstpage]-[lastpage]“，所有文献不出现重复BibTexkey。然后着手所有文献的批量重命名工作：
1、在Endnote里面编写一个”Output Style“，在Bibliography下的Templates里面加入”Year-Author-pPages=Link to PDF“（文献类型Journal Article）
2、把所有带全文的文献用此”Output Style“导出一份文本文件
3、按顺序完成替换：先把”=internal-pdf://"替换成制表符，再把“/”号替换成制表符
4、拷贝、粘贴到Excel里面，保留第一列（将来的文件名）和最后一列（原来的pdf文件名），其他删除
5、按原文件名排序（为了符合文件批量命名软件的需要）
6、拷贝第一列的内容到文本文件，命名保存
7、有一个文件批量命名软件，叫“拖把文件更名器”。把你所有要从命名的文件放到一个文件夹中，用这个软件“调用文本文件命名”功能（用的就是第6部中的文本文件），几秒钟内它会帮你全部重命名。（软件很简单，具体使用方法自己看看就明白了，在这不详细介绍）
Ok，从Endnote迁走的工作完成一大半了。接下来只需要把参考文献题录搬出来。其实这一步我没有做，原因很简单：现在网络这么方便，直接使用JabRef内置的搜索功能重新查文献题录就行了，何苦去折腾那个导出功能？再说从Endnote导出的格式又不是100%兼容。实在要导出也可以，下载一个Endnote用的output styleftp://support.isiresearchsoft.com/pub/pc/styles/endnote4/BibTeX%20Export.ens
放到Styles文件夹中，就可以使用（需要稍微编辑）。
据说有方法能把Endnote的文献题录连同全文链接一起到出来的方法。但是我不倾向于使用这些方法：既然使用了管理手段，就要用全新的思维来做事，婆婆妈妈的想换又不换还不如保持现状。
好了，新的开始，新的征程，希望JafRef能带给你惊喜。
2、入门
了解和使用一个软件的最好的方法是看它的帮助文档，这也将是我后面翻译和编写JabRef中文手册的主要工作。但是我性子急，看到某本书或某个帮助文档不厌其烦的一条条解释术语和罗列菜单就觉得烦。相信不少人跟我一样。那好，先撇开这些套套，直接看一些实用的操作。
1、打开软件。新安装的软件，应该只有软件菜单和工具栏，其他空白（下图）：
2、点一下紧挨菜单“File”下面的像白纸一样工具栏图标，工具栏下面区域马上出现带表头的区域，这个操作叫做“新建数据库”。注意左下脚有文字“Status： New database created”：
你的软件出现的表头可能跟上面的不一样，没关系，因为我的软件不是第一次使用，调整过。
3、点击“Web Search”菜单，选择最后一个“Search Medline”。注意左边出现有搜索功能区。在光标闪烁的地方输入你的关键词。这里演示输入的是“arabidopsis proteomics 2009”
鼠标点击“Fetch”后跳出一个吓人的窗口，等待一会就会出现搜索结果：
先不管其他，结果出来后按底下的“OK”。查到的结果全部转移到了刚才新建的“数据库”中：
现在可以看看整个窗口的布局了。
先看些熟悉的东西：左上角，JabRef程序图标，有上角，红叉，关闭程序用；红叉的下面有个黑叉，是关闭当前数据库（database）的，先别着急按它（Sorry，我用的是windows，Mac和Linux这三个图标的地方会很不一样）；菜单，不用说都认识，还有工具栏。
出现两个新分隔区（其实不新，你要是用过其他文献管理软件，这都大同小异）：表格状的是文献题录显示区，显示的是整个文献数据库，每行是一条文献（专用术语是“题录”，英文称为entry）；它下面的分隔区域是文献预览区（entry preview），显示的是当前选中的文献的信息。你可以用“View”菜单下的“Toggle entry preview”显示或隐藏文献预览区。
再看一下数据库的表头（栏标题）。#号表示文献排序号。Author是作者，它左边的图标表示该文献有网址链接，单击一下就可以打开浏览器。Title、year、journal等，都很熟悉。有三个可能是新的：Owner、Timestamp和Bibtexkey。
4、修改Bibtexkey设置：
撇下Owner和Timestamp不管。先修改一下Bibtexkey，因为Bibtexkey太重要了，全文管理和写文章引入参考文献都靠它。这个Bibtexkey就是文献条目的标识，相当于一个人的名字，在一个文献库里面Bibtexkey不会重复，如果重复了JabRef会自动在后面加a，b，c来区别（这种情况不利于全文文件自动关联，最好避免）。
打开“Options”（选项）菜单的“Preferences”（偏好设置），点一下弹出窗口左边“BibTex key generator”切换到该标签页：
看到窗口里面有一个还算比较显眼的红色问好没？点一下你就能得到相关的帮助，跟当前窗口的内容绝对对口！
想一下，什么样的命名方式得到的Bibtexkey既简洁、美观又不会重复？你应该有好办法。我比较笨，用的是[year]-[auth]-p[firstpage]-[lastpage] （表示：“年”-“第一作者姓”-p“文章首页”-“文章末页”，你在帮助页里面能了解到每个词表示的意思），把它放到右边第一行内（Default pattern）。
5、顺便做一件事，美化文献题录显示：
点一下左边的“Entry table columns”：
选中右边的owner，再点一下它右边上的红色减号，去掉这一项；把Timestamp和Year也去掉。按“OK”回到JabRef主界面，你会发现数据库表格简洁了许多，因为刚才的操作去掉了Owner、Timestamp和Year这三栏。
注意，刚才设置的Bibtexkey还没有起作用。需要手动更新：点中其中一条文献，然后用Ctrl+A（同时按下Ctrl键和A键）全选，再点“Tools”菜单下的“Autogenerate BibTex keys”，全部Bibtexkey得到更新
6、下载和关联全文
先建立一个你专门用于放文献的文件夹（我用的是 e:\A_JabRef\pdf）。同样点击“Options”下的“Preferences”，选中“External programs”，把“Main file directory”设置成刚才建立的文件夹位置，并且选中“Main file directory”下面第一个选项，如图：
设置完毕点“OK”回到主窗口。
你可能刚才就注意到了文献预览区第一行的括号里面的内容就是Bibtexkey。选中，Ctrl+C拷贝它。点击作者左边的网址图标，跟踪到它的全文pdf网址，打开pdf文件以后另存到刚才建立的目录，文件名用刚才拷贝到的Bibtexkey，扩展名不变。现在可以关联文件了。“Tools”-“Scan database...”-“Synchronize file links”，适当看看弹出的窗口，然后点“OK”，很显然，有全文的文献多了一个图标。
保存文件吧，用axx作文件名，默认扩展名是bib。在工具栏的下面你会看到文件名。
现在，你已经跨进JabRef的门槛了 ：）
3、一般常识
关于帮助窗口
帮助窗口
点击帮助按钮或者按下F1。
现在，帮助窗口已经准备好了向你提供有关使用JabRef的信息。
在帮助文件内导航
帮助窗口事实上是一个轻量级的HTML浏览器，帮助文件是标准的HTML文件。
从程序的不同窗口打开帮助窗口，默认打开的帮助文件是不一样的。如果你不能从这个文件得到你感兴趣的内容，工具栏的“内容”按钮会把你带到现有的帮助文件列表。
此外，工具栏还包含有显示下一文件或前一文件的导航按钮。它们跟标准浏览器中的“前进”和“后退”按钮一样。键盘快捷键是左右箭头键，分别表示后退和前进。
可以按下ESCAPE（ESC）键关闭帮助窗口
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