Question

如何从基因组的DNA序列中去鉴别基因

Answer 1

如何从基因组的DNA序列中去鉴别基因
1、把EST用BLAT比对到基因组序列上，挑最好的match。2、下载同版本的基因组注释文件。3、 比较1和2中的基因组位置关系，并找出来未被基因组注释的EST。这时候应该还剩下上千条，其中绝大部分都是蛋白编码基因的反义RNA，当然一小部分是基因间区的非编码RNA。4.、将affimetrix的probe sequence用blast比对到这些非编码RNA中。建议先找找关心的事情是否有tiling-array data。另外要注意非编码RNA和它可能有关的基因一起分析，比如附近基因，或者互补的基因。做芯片一般不去找表达或非表达，而往往是在找差异表达。比如某非编码RNA和它附近的基因共同在肿瘤细胞中特异表达。