R语言_一个矩阵除以向量会发生什么

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正香教育
2022-07-13 · TA获得超过5570个赞
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在用 featureCounts 做完表达矩阵的counts值后进行TPM需要注意这个细节问题,在计算TPM时每个基因需要除以各自的基因长度来校正基因长度,每一个样本又要除以它各自的文库大小校正测序深度
因此,我们的表达矩阵,其实是需要除以两个长度不一的向量,而且方向不一样,一个是按照行来除以(基因长度),一个是按照列来除以(测序深度),在我之前的文章 https://www.jianshu.com/p/cd1c7b4ec6a2 RNA-seq数据分析一:(HISAT2+featureCounts) 中有提到

count 是表达矩阵,kb是不同基因长度向量,而 colSums(count) 是不同样本的长度向量。

矩阵除以向量,是按行的顺序来的,如果需要按列的顺序来(不同样本,一列一列),就得先转置,再转回来

我们可以看到,一个矩阵除以向量是将向量按照行(第一行第一个,第二行第一个...)的顺序与矩阵中的数据相除。

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