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大结局还没出呢 网上流传的都是假的
名侦探柯南Boss猜想 我整理的
http://zhishi.baidu.com/zhishi/248283.html
本人原作
本人一直猜测阿笠博士的初恋情人 【木之下 芙纱绘 坎贝尔】才是Boss！
起因就是感到422 银杏色的初恋 那个男的的一句Boss意味深长。
琴酒说贝尔摩德又是BOSS钟爱的人，我想这可能是青山的一个陷阱，把我们的目光引向男性。
又有人说 ：“阿笠这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写就是拉丁 文里面的莫里亚蒂。”
但阿笠博士全名未知，如果全名这样改的话，说不定是“莫里亚蒂的。。。。。。”
而且芙纱绘做为阿笠博士的初恋情人，一定是个重要角色，而迄今只出场一次，青山可能隐含了什么。
看看目前流行的几种猜想，呵呵，如果是真的话，凭组织的实力，故事早该结束了。而芙纱绘对柯南了解较少，看起来更有可能。
名侦探柯南Boss猜想 我整理的
http://zhishi.baidu.com/zhishi/248283.html
本人原作
本人一直猜测阿笠博士的初恋情人 【木之下 芙纱绘 坎贝尔】才是Boss！
起因就是感到422 银杏色的初恋 那个男的的一句Boss意味深长。
琴酒说贝尔摩德又是BOSS钟爱的人，我想这可能是青山的一个陷阱，把我们的目光引向男性。
又有人说 ：“阿笠这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写就是拉丁 文里面的莫里亚蒂。”
但阿笠博士全名未知，如果全名这样改的话，说不定是“莫里亚蒂的。。。。。。”
而且芙纱绘做为阿笠博士的初恋情人，一定是个重要角色，而迄今只出场一次，青山可能隐含了什么。
看看目前流行的几种猜想，呵呵，如果是真的话，凭组织的实力，故事早该结束了。而芙纱绘对柯南了解较少，看起来更有可能。
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据本台消息:<<名侦探柯南>>剧末已拉开续幕，结局真是悲哀，挽惜，但也十分精彩!据青山老师说，柯南(新一)在最后的几集中，因为身份被黑暗组织识破，而遭到追杀，黑暗组织首领下令，柯南(新一)和灰原哀(Sherry)知道了组织的秘密，为了不要让情报传到警方手里，一定要杀了他们，柯南(新一)不敢回毛利家，怕托累他们，阿笠博士的家更不能回，黑暗组织早就派人监视着。柯南(新一)和灰原哀(Sherry)躲在一间废屋里，这样躲着也不是办法，柯南(新一)决定一个人去与黑暗组织了断，灰原哀(Sherry)不同意，眼泪终于流了出来，抱着柯南，劝柯南(新一)不要去，但柯南(新一)却不听，用麻醉手表想让她睡着，不料却被她躲过了。青山老师说，在柯南(新一)决意离开去找黑暗组织了断时，与灰原哀(Sherry)的对话很精彩!另一方面，警方早就秘密调查着黑暗组织的事，目前已经掌握足够的证据!小兰对柯南怀着疑问，偷偷地调查工藤家有没有姓江户川的远房亲戚，结果证实了她的想法，工藤家，只有住在东京的太保家和大板松田家是亲戚，除此之外，还有几户远房亲戚的也都不姓江户川，小兰怀疑是阿笠博士弄了什麽药让新一变小了，于是决定去找阿笠博士，到他家门口却发现有几个穿黑色西装，戴太阳眼镜的可疑人在阿笠博士家附近排徊，便从后墙爬进去，一进屋发现屋里乱七八遭的，地上还摊着片血，小兰知道博士家有地下室，便前去，在地下室里，发现受伤的阿笠博士..
柯南(新一)服下哀刚刚研制的暂时性解药，变回了原样，这个解药的效果可以维持很长一段时间!是灰原哀(Sherry)熬了几天几夜研制的。直到第二天，阿笠博士醒过来了，同时新一也到达黑暗组织的巢穴。博士得知自己也昏睡了一天了，怕新一出现什麽意外，要是落入他们(黑暗组织)手里，就别想活着走出来，在他无奈之际，在小兰苦苦逼问柯南的真实身份之际，博士为了新一，只有向小兰坦白，道出柯南就是新一的事实，并且要求小兰，秘密侦求警方的帮忙，并且通知毛利小五郎，一起去解救新一。小兰在得知柯南就是新一之后，在知道新一并没有离开她，一直都在她身边之后，回想了很多，通知了她父亲毛利小五郎，随后与警方秘密取得联系。
新一见到了琴酒(GIN)，伏特加，贝尔摩多(沙龙)跟基安蒂、科恩，在此得知，除他们之外，还有另一神秘人物，他被琴酒(GIN)称"那位先生"，也是黑暗组织的策划者~~~三只犬!新一逼问黑暗组织到底在研究些什麽?组织有什麽阴谋?琴酒(GIN)透露，让工藤新一死个明白，黑暗组织的目的是完全控制东京，铲除警方跟他们的克星__FBI，新一与黑暗组织展开激战，随后基德也加入了，为了查明父亲惨死的真相，与新一一起大大出手。
其实，基德，也就是黑羽快斗，他父亲原本就是第一代怪盗基德---黑羽盗一，后来在一次偶然的事件中被卷入某件事中而被秘密组织所杀，快斗（基德）为了寻找那个组织，成为下一任怪盗基德，秘密调查那个杀害父亲的组织，那个组织，就是黑暗组织！为报杀父之仇，化身基德，希望能够引诱黑暗组织出来，不停地作案，得知高中生工藤新一因为看到了某组织的秘密交易而被变成小孩，基德觉得不可思议，记得父亲的档案里也有提过，那个组织也在秘密研究些药物，莫非....于是，开始与工藤新一接触，其实，那几次和工藤新一对决都不是偶然的，都是他刻意的，为的就是等待黑暗组织，工藤新一找出黑按组织，后来，新一与黑暗组织几次磨擦，基德终于见到了父亲档案中提到的黑暗组织人员---琴酒(GIN)，因而开始了他的计划！复仇计划！！！
在最后一集中，基德被琴酒(GIN)打中右手，新一为救基德，最后被逼得走投无路了!琴酒(GIN)本来想结束他和基德的性命的，黑暗组织首脑，想出了一条计谋，利用新一他们做为引诱雪莉的诱耳。
每一个结局都大大出乎意料，黑暗组织的首脑，其实就是铃木财团，铃木史郎的秘书---西野真人，看起来斯斯文文的一个小伙子，没想到竟然是可怕的黑暗组织的首脑，新一怎么也没想到，这下子，不光是小兰，连铃木家都要受到牵连，怎么办，怎么办，到底该怎么办才好呢？....
新一的父亲，工藤优作，在铃木财团的一次酒会中其实早就对西野真人表示怀疑，只是没有证据，于是开始调查....但结果青山老师没有透漏，据说，大大出乎意料，阿笠博士的真面目，毛利小五郎隐藏多年的级密档案....种种真相，都特别精彩！另外，灰原哀（Sherry），在最后关头中，非常的勇敢，一心想为父母和姐姐报仇，杀死了贝尔摩得(沙龙)跟基安蒂、科恩，琴酒(GIN)与小兰一对一空手道对决，他也是个高手！结局大大出乎意料，也非常紧张的，西野真人果然利用铃木一家作为人质，就连警视厅最高领导人，地方委员都被囚禁起来....
柯南(新一)服下哀刚刚研制的暂时性解药，变回了原样，这个解药的效果可以维持很长一段时间!是灰原哀(Sherry)熬了几天几夜研制的。直到第二天，阿笠博士醒过来了，同时新一也到达黑暗组织的巢穴。博士得知自己也昏睡了一天了，怕新一出现什麽意外，要是落入他们(黑暗组织)手里，就别想活着走出来，在他无奈之际，在小兰苦苦逼问柯南的真实身份之际，博士为了新一，只有向小兰坦白，道出柯南就是新一的事实，并且要求小兰，秘密侦求警方的帮忙，并且通知毛利小五郎，一起去解救新一。小兰在得知柯南就是新一之后，在知道新一并没有离开她，一直都在她身边之后，回想了很多，通知了她父亲毛利小五郎，随后与警方秘密取得联系。
新一见到了琴酒(GIN)，伏特加，贝尔摩多(沙龙)跟基安蒂、科恩，在此得知，除他们之外，还有另一神秘人物，他被琴酒(GIN)称"那位先生"，也是黑暗组织的策划者~~~三只犬!新一逼问黑暗组织到底在研究些什麽?组织有什麽阴谋?琴酒(GIN)透露，让工藤新一死个明白，黑暗组织的目的是完全控制东京，铲除警方跟他们的克星__FBI，新一与黑暗组织展开激战，随后基德也加入了，为了查明父亲惨死的真相，与新一一起大大出手。
其实，基德，也就是黑羽快斗，他父亲原本就是第一代怪盗基德---黑羽盗一，后来在一次偶然的事件中被卷入某件事中而被秘密组织所杀，快斗（基德）为了寻找那个组织，成为下一任怪盗基德，秘密调查那个杀害父亲的组织，那个组织，就是黑暗组织！为报杀父之仇，化身基德，希望能够引诱黑暗组织出来，不停地作案，得知高中生工藤新一因为看到了某组织的秘密交易而被变成小孩，基德觉得不可思议，记得父亲的档案里也有提过，那个组织也在秘密研究些药物，莫非....于是，开始与工藤新一接触，其实，那几次和工藤新一对决都不是偶然的，都是他刻意的，为的就是等待黑暗组织，工藤新一找出黑按组织，后来，新一与黑暗组织几次磨擦，基德终于见到了父亲档案中提到的黑暗组织人员---琴酒(GIN)，因而开始了他的计划！复仇计划！！！
在最后一集中，基德被琴酒(GIN)打中右手，新一为救基德，最后被逼得走投无路了!琴酒(GIN)本来想结束他和基德的性命的，黑暗组织首脑，想出了一条计谋，利用新一他们做为引诱雪莉的诱耳。
每一个结局都大大出乎意料，黑暗组织的首脑，其实就是铃木财团，铃木史郎的秘书---西野真人，看起来斯斯文文的一个小伙子，没想到竟然是可怕的黑暗组织的首脑，新一怎么也没想到，这下子，不光是小兰，连铃木家都要受到牵连，怎么办，怎么办，到底该怎么办才好呢？....
新一的父亲，工藤优作，在铃木财团的一次酒会中其实早就对西野真人表示怀疑，只是没有证据，于是开始调查....但结果青山老师没有透漏，据说，大大出乎意料，阿笠博士的真面目，毛利小五郎隐藏多年的级密档案....种种真相，都特别精彩！另外，灰原哀（Sherry），在最后关头中，非常的勇敢，一心想为父母和姐姐报仇，杀死了贝尔摩得(沙龙)跟基安蒂、科恩，琴酒(GIN)与小兰一对一空手道对决，他也是个高手！结局大大出乎意料，也非常紧张的，西野真人果然利用铃木一家作为人质，就连警视厅最高领导人，地方委员都被囚禁起来....
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我先总结一下柯南大结局中可能的配对：
1.新兰，永恒的主线。故事就是围绕这个展开的
2.柯兰（兰不变），这个假设如果是真的，无论对柯南对小兰对哀都是一种伤害
3.柯兰（兰变小），如果真的是这样，也算是一种圆满了
4.柯哀，横生的枝节。刚开始可能是故事一个点缀，没想到青山写的越来越偏
5.新志，这里的意义与柯哀迥然不同，是指柯哀复原后，新一选择了哀而不是兰
再总结一下柯南大结局中可能的BOSS
1.阿笠博士，关于阿笠博士是老大的说法已存在很久很久了，但它也是有一定推理根据的。比如“阿笠”这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写就是拉丁文里面的莫里亚蒂。假设这个结局是成立的，那么就真的很没意思了。你想呀，什么叫大结局，都没有悬念了还有什么看点呢？
2.工藤优作，这类传闻要次于阿笠博士，但也属主流认识。原因如下：1.柯南几陷虎口，均无大恙2.贝尔摩德很可能就是新一的妈妈，从这个角度看，很赏识她的先生必然就是优作3.优作行踪神秘，可谓神龙见首不见尾
3.阿笠与优作的综合型，如果第二个假设是对的那么，我这第三个推论就显得很自然了
4.还有一些非主流的观点，大概把所有人都包括了。其中我认为有一点可能性的是：1.毛利小五郎，大智若愚2.博士的初恋情人，详见二楼
再总结一下我们看电视剧的经验
1.主角是不死的，除了悲剧
2.主线恋情是不能改的，除非作者要展现畸恋
3.黑手一定是已经出场的人，而且一定要有很多戏份
4.正义必胜，奥特曼就是一个很好的例子
综上所述，结局中新兰的可能性最大，不排除柯兰（兰变小）这种可能。幕后BOSS应该是工藤优作，或者说是工藤与阿笠的综合型。因为我认为其他观点的不存在可能性。如果我们把上面几个不定因素确定好，再分析剧情就不会难了。剩余的部分请楼主发挥想像吧。
按现在这种情况发展，我认为柯南在两年之内是不会出大结局。因为很多内容沿未展开，而且近年来剧场版的收益一直很好，一下子把大结局卖出去，接下来就很难有财路了。
今年17，真希望在我20岁时能看到大结局呀
1.新兰，永恒的主线。故事就是围绕这个展开的
2.柯兰（兰不变），这个假设如果是真的，无论对柯南对小兰对哀都是一种伤害
3.柯兰（兰变小），如果真的是这样，也算是一种圆满了
4.柯哀，横生的枝节。刚开始可能是故事一个点缀，没想到青山写的越来越偏
5.新志，这里的意义与柯哀迥然不同，是指柯哀复原后，新一选择了哀而不是兰
再总结一下柯南大结局中可能的BOSS
1.阿笠博士，关于阿笠博士是老大的说法已存在很久很久了，但它也是有一定推理根据的。比如“阿笠”这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写就是拉丁文里面的莫里亚蒂。假设这个结局是成立的，那么就真的很没意思了。你想呀，什么叫大结局，都没有悬念了还有什么看点呢？
2.工藤优作，这类传闻要次于阿笠博士，但也属主流认识。原因如下：1.柯南几陷虎口，均无大恙2.贝尔摩德很可能就是新一的妈妈，从这个角度看，很赏识她的先生必然就是优作3.优作行踪神秘，可谓神龙见首不见尾
3.阿笠与优作的综合型，如果第二个假设是对的那么，我这第三个推论就显得很自然了
4.还有一些非主流的观点，大概把所有人都包括了。其中我认为有一点可能性的是：1.毛利小五郎，大智若愚2.博士的初恋情人，详见二楼
再总结一下我们看电视剧的经验
1.主角是不死的，除了悲剧
2.主线恋情是不能改的，除非作者要展现畸恋
3.黑手一定是已经出场的人，而且一定要有很多戏份
4.正义必胜，奥特曼就是一个很好的例子
综上所述，结局中新兰的可能性最大，不排除柯兰（兰变小）这种可能。幕后BOSS应该是工藤优作，或者说是工藤与阿笠的综合型。因为我认为其他观点的不存在可能性。如果我们把上面几个不定因素确定好，再分析剧情就不会难了。剩余的部分请楼主发挥想像吧。
按现在这种情况发展，我认为柯南在两年之内是不会出大结局。因为很多内容沿未展开，而且近年来剧场版的收益一直很好，一下子把大结局卖出去，接下来就很难有财路了。
今年17，真希望在我20岁时能看到大结局呀
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“近来小学馆方面在接受杂志采访时曾表示，打算预定在今年内结束名侦探柯南”。
“根据小学馆传来的证词，虽然名侦探取得了前所未有的成功，但是考虑到目前剧情已经进入白热化的阶段，再拖延下去只会降低故事的观赏性，因此虽然有些遗憾，也只能保证剧情为优先” 。
“而对于大家最关心的结局问题，作者青山冈昌没有过多透露，只是表示会是出乎所有人预料的，同时动画会先于漫画结束，而最后的全部剧情将在漫画内得到彻底解答，至于在柯南完结之后是否会继续创作基德的故事，青山则表示：‘还没考虑太多，不过如果读者喜欢的话也没什么不可以’
官方消息，关于哀的问题，青山老师给出了最后的答案，哀在最后的几集中，被组织以极隐秘的方式所枪杀，目前青山老师的这部分的漫画已经画完。具青山老师说，在哀生命即将结束的时候，与柯南{工藤新一}的对话很经典，她就这样退出了这段本不属于她的感情。而小兰被组织绑架了，柯南开始跟组织进行最后的对决。至于结局，大家不要想的很乐观，青山老师说会出呼所有人的意料！！
阿笠博士的真面目
黑衣人的真正的首脑，就是一直隐藏在他们身边的阿笠博士DOC。LEE。
事情是这样的，工藤优作原先就怀疑并且侦察黑衣组织。以小说家的身份为掩护，秘密调查。发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家的隔壁住，并且从小培养新一 ，并派新一和阿笠混熟想借此侦察一些情报。当阿笠开始怀疑工藤父子的时候，想出一条毒计，他派GIN和沃克跟踪出去约会的小兰和新一，大家都看过第一集，其实交易是幌子，真正的目的是跟踪，于是新一也就被他们变成了柯南。之后，阿笠顺理成章地成为了新一的同伴与监护人，并且柯南实际上成了阿笠手中的人质，当时新一的父母第一次出现的那一集，实际是和阿笠谈判的，最终的结果是阿笠以 柯南要挟他们两个人流放到瑞士。而优作因为不能和新一说明真相，从而让新一感到受骗，受到伤害。只能同意阿笠的要求，不再回日本 ，所以你们看优作只有103集的时候回过日本，还是变装的，不能让阿笠发现。
其实APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母联合开发的，而成功后哀的父母意外身亡。阿笠留着柯南不死只不过想观察药品还有没 有其他的副作用。但是突然有一天，优作和有纪子突然潜回日本，和柯南（103-104集）秘密接触，让他感受到了威胁，于是安排一个间谍时刻跟随在柯南的身边，那就是灰原哀。哀其实是APTX-4689的第一个实验品，本来药的目的是永葆青春，没想到竟然 适得其反产生副作用，造成了身体变小。而柯南事件发生后，哀就成了在柯南身边卧底的最好人选。为什么柯南从来没有被骚扰过就是因 为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的监视下。毛利小五郎也是因为追查阿笠才从警界退出的，当时枪击非英里事件只是借口，所以后来暮木说毛利总是把他们引向歧途。
青山刚昌已经给大家提示了，不过因为太晦涩所以没几个人看得出来。其实阿笠这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写就是拉丁文里面的莫里亚帝。所以阿笠博士其实应该叫莫里亚帝教授——福尔摩斯里的罪恶的教授.
看看吧!下面是某一种人抄出来的
结局还没有,不过有透漏了.第一部分：江户川文代二度现身
江户川文代又一次来到毛利侦探所，说要带柯南去游乐园。柯南以为她又是美希子所扮，便不加怀疑的跟上了文代的车。但在车上柯南却被江户川文代用手枪控制。原来她是黑衣组织的人，柯南的身份已经被组织完全发现了！
柯南在慌张中还是利用麻醉枪射中了伪装成文代的敌人，在车子冲下大桥前逃脱，往阿笠博士家奔去。
与此同时Gin从学校绑架了少年侦探团，并威胁哀交出她研究APTX4869解毒药的数据资料。哀为了救大家把资料给了组织，并被Gin押上了车。
而Gin在开走前却暗中告诉Vodka在他离开之后就杀死少年侦探团的三人。
在Vodka要枪杀少年侦探团时，柯南终于找到了那里救了大家，但Vodka还是逃走了。并说组织在等着工藤新一。
组织头目是阿笠博士
那是真的，就是一直在他们后面的人，[下面]你们想，为什么柯南每次遇到黑衣人的时候博士给他的工具就没用呢？为什么柯南遇到危险时博士第一个知道呢？为什么小兰或XXX......遇到危险时，有人事先知道呢？不就是博士通风报信么
黑衣人的真正的首脑，就是一直隐藏在他们身边的阿笠博士DOC。LEE。
事情是这样的，工藤优作原先就 怀疑并且侦察黑衣组织。以小说家的身份为掩护，秘密调查。发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家的隔壁住，并且从小培养新一 ，并派新一和阿笠混熟想借此侦察一些情报。当阿笠开始怀疑工藤父子的时候，想出一条毒计，他派GIN和沃克跟踪出去约会的小兰和 新一，大家都看过第一集，其实交易是幌子，真正的目的是跟踪，于是新一也就被他们变成了柯南。之后，阿笠顺理成章地成为了新一的 同伴与监护人，并且柯南实际上成了阿笠手中的人质，当时新一的父母第一次出现的那一集，实际是和阿笠谈判的，最终的结果是阿笠以 柯南要挟他们两个人流放到瑞士。而优作因为不能和新一说明真相，从而让新一感到受骗，受到伤害。只能同意阿笠的要求，不再回日本 ，所以你们看优作只有103集的时候回过日本，还是变装的，不能让阿笠发现。
其实APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母联合开发的，而成功后哀的父母意外身亡。阿笠留着柯南不死只不过想观察药品还有没 有其他的副作用。但是突然有一天，优作和有纪子突然潜回日本，和柯南（103-104集）秘密接触，让他感受到了威胁，于是安排 一个间谍时刻跟随在柯南的身边，那就是灰原哀。哀其实是APTX-4689的第一个实验品，本来药的目的是永葆青春，没想到竟然 适得其反产生副作用，造成了身体变小。而柯南事件发生后，哀就成了在柯南身边卧底的最好人选。为什么柯南从来没有被骚扰过就是因 为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的监视下。毛利小五郎也是因为追查阿笠才从警界退出的，当时枪击非英里事件只是借口，所以 后来暮木说毛利总是把他们引向歧途。
青山刚昌已经给大家提示了，不过因为太晦涩所以没几个人看得出来。其实阿笠这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写就是拉丁 文里面的莫里亚帝。所以阿笠博士其实应该叫莫里亚帝教授——福尔摩斯里的罪恶的教授。
两种可能结局：
《名侦探柯南》结局:498话（2小时半特辑）内容完全披露
《银色子弹的怒吼－赌上侦探之名的决意！》
第一部分：江户川文代二度现身
江户川文代又一次来到毛利侦探所，说要带柯南去游乐园。柯南以为她又是美希子所扮，便不加怀疑的跟上了文代的车。但在车上柯南却被江户川文代用手枪控制。原来她是黑衣组织的人，柯南的身份已经被组织完全发现了！
柯南在慌张中还是利用麻醉枪射中了伪装成文代的敌人，在车子冲下大桥前逃脱，往阿笠博士家奔去。
与此同时Gin从学校绑架了少年侦探团，并威胁哀交出她研究APTX4869解毒药的数据资料。哀为了救大家把资料给了组织，并被Gin押上了车。
而Gin在开走前却暗中告诉Vodka在他离开之后就杀死少年侦探团的三人。
在Vodka要枪杀少年侦探团时，柯南终于找到了那里救了大家，但Vodka还是逃走了。并说组织在等着工藤新一。
第二部份：沉睡的小五郎－觉醒！
柯南来到博士家用追踪眼镜找到了哀的下落。柯南留下了一张写明一切的磁盘让博士转交给兰，决定自己去面对黑色组织。
但磁盘被闯入博士家的英语老师Judy拿走了，原来她是黑衣组织上层安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新发明弹射坐椅欺骗了Judy，逃过一死来到了毛利家。当阿笠博士正想告诉小五郎和兰现在的状况时，却发现坐在侦探所客厅里的毛利呈现出沉睡的小五郎的姿势！而毛利面前的笔记本上写着“工藤新一”“柯南”“黑衣组织”等等。
原来毛利早就怀疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是为了调查出柯南的真实身份和整个事件。毛利在沉睡般的深思中展现出他真正的实力，通过柯南留下的磁盘资料推理出了黑衣组织的所在。
与此同时，FBI特工赤井秀一来到同事Judy家，意外的发现了的柯南的磁盘。他偷偷的把磁盘取回了家。秀一解开密码后阅读了柯南的自述以及对整个事件的推理。他对同事Judy的身份开始怀疑，但却突然被人从后面击昏。
而这时在米花町，放学回家的兰在门口意外的听见了小五郎和阿笠博士的对话，终于确定了柯南就是新一！兰在泪水中决意要以性命为赌注，为救回新一与黑衣组织绝一死战！
第三部份：小说家的意外访客
赤井秀一被Judy带回了组织。Gin威胁秀一加入组织，最后的考虑时间为2小时。
因为有了哀的数据和配合。两小时之后，组织的药物数据计算终于就可以完成。也就是传说中的“同时成为上帝和魔鬼。让时间倒转，死人复活”药物的完成。
在世界的另一边，工藤优作和美希子也收到了博士的消息。优作第一次让美希子进入了他的密室，原来这里就是工藤优作独自对抗黑衣组织的总部。而小说家不过是个用来收集资料的幌子。
工藤优作和有希子明白决战的时刻已经来临。收拾装备之时，前门突然出现了意外的访客——目暮警官。
目暮警官撕下自己脸上的伪装。优作惊讶的发现到来的客人居然是自己从学生时代便结交的死党，自己还当了他儿子的教父！
他就是曾经扬名世界的伟大魔术家——黑羽先生！
优作看见10年前已经被判定为失踪的老朋友非常吃惊。而黑羽开门见山的告诉优作，自己这十年也一直在独自对着抗黑衣组织。方式就是让自己的儿子黑羽快斗在世界范围内寻找一块特殊的宝石。而就在今天快斗却给他发来了代表最后决战的消息：关于宝石、新一、黑色组织以及人类的未来。他这才以黑羽的身份重新回到人间！而他的儿子也被人称为平成的亚森罗宾。优作这才恍然大悟，原来自己的教子就是怪盗基德！
第四部份：最黑的黑色
柯南在傍晚来到了东京塔下，东京世界博览会正在这里召开。原来黑衣组织的本部就是东京的中心！柯南骗过了警卫进入了地下室的暗门。
这里是另外一个地下王国。柯南利用阿笠博士交给他的电脑在警卫房间里侵入了黑衣组织的电脑中枢，正在向外传播加密数据时，柯南意外的被人从后面击昏，那个人居然又是Gin。
得到部份数据的阿笠博士将大家所拥有的信息整理到了一起，由优作和小五郎一起推理出了惊天的结论：黑衣组织的老板可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣组织的的支持者！组织的一部分重要功能就是以非法手段达到日本的扩张！
而美国政府也早有察觉了这一点，并且指使FBI特工暗中介入。事实上美国也想通过操作组织来控制日本。
当分析出这一结论之时，毛利租来的车子已经开到了东京塔下。
关押赤井秀一的房门突然打开，走进来的是——“Sherry”。
第五部份：接近
画面在赤井秀一的回忆中展开。他居然是宫野志保的童年最珍贵的伙伴，是唯一愿意和宫野志保玩的孩子。也正是因为这样，赤井秀一才在第一眼就解开了哀身份的迷题。
哀并不承认自己的身份，她说可以放走秀一，条件是要他永远不要再回到这里。两个人在争吵的时候Judy出现了，秀一为救哀而死，留下遗言：“无论在那个世界，你叫什么名字，我都能找到我的天使。”Judy黑色的枪口指向了哀。
这时毛利小五郎也闯入了组织内部，在组织训练杀手的道场用空手道打败了一群职业杀手。就在他洋洋得意之时，总教练出现了，居然是日本空手道冠军风间仁。小五郎被打败了，但跟踪而至的兰却跳了出来，兰在被风间的实力打入绝望之时耳边传来新一的呼唤，兰终于爆发奥义，一击之下击倒了号称不败的风间。
Judy正要枪杀哀时，Gin突然出现了，把枪口对准Judy。他命令Judy放下枪，并说哀对组织还有用。Judy奇怪的问：“不是你要我到这里来杀死她的吗？”Gin突然扣动扳机，一张扑克牌打中了Judy的手。原来这个Gin是基德扮成的。基德让哀先去救柯南，自己在这里看着Judy。
哀跌跌撞撞的跑向控制牢房，而这一切都被组织内部的摄像机拍摄到了。
这时优作也已经赶到了东京，越来越多的信息汇集起来，在他的特殊计算机分析下显示出了一个结论。优作看着屏幕目瞪口呆。
第六部份：真相只有一个
Gin和Vodka不知去向，哀顺利的找到了柯南。原来在地下还有组织的列车，两人乘着封闭的列车来到了组织的“圣殿”。
圣殿的正前方是一块巨型液晶墙，上面出现的居然是前首相吉田的脸，他神色狰狞的说出一切。
秘密被完全的解开：基德和他的父亲黑羽之所以以宝石为目标，并不是因为宝石值钱的原因，而是因为其中的一块宝石并非出于地球，而是来自银河系之外！它特殊的物质可以放出特殊的射线，改变细胞的分裂成长方向，从而让细胞获得永恒的生命！
为了在黑暗组织之前找到宝石，黑羽本人假装葬身雪地，让自己的儿子扮演怪盗来寻找宝石。但基德却也一直没能找到它。因为宝石很早就已经落入了黑衣组织之手，也正是在宝石射线的启发下，黑衣组织才开始了“不死药”的计划。
但又因为想要合理的释放出宝石的能量必须解开特殊的方程，需要设计出高级的程序来计算射线的不同状态，组织于是才在世界范围内招募最一流的电脑程序员。
屏幕上吉田所有的话被阿笠博士用无线电传给了外面的毛利等人，大家都非常惊讶。哀说：“不要再躲躲藏藏了，快出来和我们一决胜负吧。”
“恐怕他是不会出来的。”柯南低下头，眼镜闪着银色的光芒说出了令人震惊的话：“因为他早就死了。”
第七部份：人的战斗
柯南完美无暇的推理出了不可思议的结果：吉田首相早在5年前就死去了，杀手正是这个地方的安全保卫系统。也就是说，现在黑衣组织的最高头脑，就是这台具有人工智能的电脑而已，它以利益时间比最大化的程序来发布组织的命令。
屏幕上的吉田哈哈大笑承认自己的身体的确因为心脏病而失去功能，但自己的脑组织结构和DNA数据被完整的保存在的超级计算机中。只要方程能够被解开，自己就能获得重生。这时电脑突然显示射线的方程被解开了，重塑吉田的工程开始。
吉田哈哈大笑，但相关的机器突然爆炸。还是胚胎条件的新的躯体毁灭了。原来是电脑AI自己下了这个命令，并将吉田的所有数据都删除了。AI认为自己完全统治黑衣组织才是最大化的利益。
这时大殿的顶棚突然打开，地面升了起来。柯南发现他们居然到了在停K在东京湾的巨轮甲板上。原来这艘作为黑衣组织大脑的巨轮长期飘荡在太平洋中央，用通讯卫星来操纵世界各地的成员。
站在甲板上迎接他们的是持枪而立的Gin。
Gin向柯南扣动了扳机。
第八部份：江户川柯南VS工藤新一
哀挡住了射向柯南的子弹，倒在柯南的面前，Gin步步逼近。巨轮的自动排外系统启动。目标是一切生命体，Gin被桅杆的狙击枪射中，一发又一发直到确认心脏停止。
柯南死死的挡在哀的身上，万幸的是他们的因为目标过小不予判定。
天空渐渐就要亮了，哀微笑着拿出粘血的药丸，世界上唯一的一颗APTX4869解药。
“柯南，好想永远和你在一起。但我们没有机会了吧。”哀握着解药的手伸向柯南的脸：“吃下去吧。”
“笨蛋！这颗解药只要得救之后分析成分就能复制了啊！”柯南抱紧了哀。
“不要。”哀突然大声的咳嗽起来，在一瞬间把药塞进柯南的嘴里。“你还不明白吗？”哀看着柯南意外的吞下药丸，缓缓露出笑脸：“这是科学和推理无法解释的问题呢！”哀在闭上眼睛的时候用只有柯南听得见的声音说：“不是工藤新一。我爱的人，是江户川柯南。”
“哀——”药物和心意一起让柯南感觉无比疼痛，他昏了过去。
优作和小五郎在突然之间灵光一闪。优作终于找到了破解这个由科学与逻辑组成的巨大机器的银色子弹。
第九部份：银色弹丸，我们的约定
人类击溃一切邪恶与魔鬼的银色弹丸就是无可代替的“爱”。“爱”就是科学与逻辑永远无法解释的程序。
工藤优作发送的银色弹丸在以瞬间传导到了电脑中枢。超级计算机由于溢出的计算以及以及无法模拟程序方式而最终崩溃。巨轮倒数五分钟的自爆装置开始启动。新一在迷迷糊糊中听见了熟悉的呼唤：“新一！新一！”还有直升机的声音。
一切都结束了：巨轮在太阳升起的时候爆炸了。
新一坐在了海边见那种比太阳还要耀眼的光芒，暗想：“江户川柯南已经不存在在这个世界了。他已经和哀一起去了属于他们的幸福花园。而我……”他转过头看见立在身后泪水莹莹的兰。
“终于实现了，我们的约定！”新一把兰紧紧的抱在怀里，很久很久。
新一突然看见站在远处朝霞里的少年侦探团，他习惯性的想跑过去和大家一起，但脚步又突然停住。新一缓缓的转过身去，用只有自己能听见的声音说：“大家，再见了。”
他慢慢的往另一边的人群中走去，没有回头，咬紧牙齿，泪水居然都忍不住模糊了眼睛。一颗很大的泪珠突然滑落，之后更多的泪水紧随其后落下。
新一听见步美的声音：
“再见了，柯南同学。”
柯南大结局＿第987集 黑暗组织的秘密
《柯南》第987集 黑暗组织的秘密 （大结局）
内容:
背景：随着调查的深入，黑暗组织逐渐现形，工藤优作因发现组织的庞大而拜托国际刑警插手。在日本警方及科南的协助下几次阻止了其活动，黑暗组织决定报复。
黑暗组织偷袭了阿笠博士的家，捉住了少年侦探团，并留下了要工藤新一独自前往营救的暗示。
在黑暗组织的总部，Gin发现了哀的真实身份并以少年侦探团的生命要挟其制作缩小药的解药。早已深思熟虑的哀在一天内制作出解药和假死丸，并巧妙的将胖子的毒药换成假死丸。Gin果然在得到解 药后命胖子杀死阿笠及少年侦探团。。。。
科南迅速揭开暗示之谜，并赶往黑暗组织的总部，而一切被兰看到。在兰的要求下，小五郎和警方对暗示苦思不解，小五郎在睡梦
中突发灵感而揭开谜题。
在黑暗总部，组织boss大犬出现，其竟是日本内阁大臣。大犬道出黑暗组织的秘密：裕仁天皇临终前留下一份血书，写有黑暗云云。内阁以为是天皇要建立黑暗组织的遗愿。因而黑暗组织一直得到政府暗中支持而屹立不倒。而时隔数十年组织仍无法真正揭开血书的含义。
Gin给哀服下解药后告诉胖子释放哀。对大哥唯命是从子放
了哀，突然Gin被枪击倒。真正的Gin出现并揭穿之前的他是基德假扮的。大犬此时说出基德之父其实是组织的特工，从事盗窃工作，而后来因组织的行动得罪外国而被迫杀其顶罪。Cris（女教师）道出柯南是新一的秘密，交给柯南一份血书，要求其揭开血书之谜并以缩小药的解药诱惑。科南解开血书之谜，原来是天皇死前写下的忏悔和对日本未来的担忧。大犬立时呆在当场。。。。。
兰赶到现场，正碰到Gin要柯南留遗言。科南对兰道出真相并表白后Gin开枪，兰替柯南挡下子弹。哀对此震惊不已。。。。。。。 科南终于在紧要关头用麻醉枪射中Gin，而哀与胖子在搏斗中一同从楼上跌下。
对药物有强烈抗性的Gin居然转醒，射杀大犬后欲杀柯南。而对coolguy十分欣赏的Cris出手阻拦，两人都受了重伤。
工藤优作、小五郎和目暮等人赶到，小五郎对组织的小喽罗大打出手，十分英勇。
在众人的围攻下，Gin道出自己的野心和自己身为天皇与美国女政治家Gino的私生子的秘密后自杀。Cris此时说出自己是美国安插在组织里的间谍，原来美国也想控制组织。
基德离去之后众人急忙将兰和哀送往医院，并惊讶的发现哀又变回小孩。
黑暗组织被侦破，而解药只剩下一颗。哀被诊断为脑震荡，醒来后只记得众人名字而对其他忘的一干二净。兰仍昏迷不醒，大夫说若长期昏迷可能变植物人。服部建议柯南变回新一来唤醒兰，柯南只好如此。而柯南变身时被布美看到。
深夜，布美来到病房偷吻了新一后离去，并与光彦，元太约定保守新一的秘密。
兰终于在新一的悉心照料下康复。
由于这件案子，众人都变成名人，兰很不适应。优作则要求新一及兰一起前往美国读大学。妃回到毛利身边并要兰去美国。而毛利因英勇表现而被聘回警局当重案组组长，此时毛利道出早已知道柯南是新一而故意不说破的真相。
夕阳中，新一看到哀和少年侦探团开心的玩耍而颇感欣慰。
在机场，众人欢送新一和兰离去，只有哀偷偷转过身去对着自己和柯南的照片垂泪。。。。。。
实在忍不住了,告诉你们黑衣人的主谋是谁吧.
其实早就已经有太多提示了,你们竟然视而不见.你们都被坏人的伪装欺骗了. 其实黑衣人的真正首脑,就是一直隐藏在柯南他们身边的---------------------阿立博士.DOC,LEE
不明白了吧,其实我一直以为是毛利叔叔的(虽然我很崇拜他)但是那天和柯南赌气,细心分析后我突然发现,原来真正的凶手竟然是憨厚的阿里博士,
可能有人早有怀疑,为什么黑衣组织一直没有找毛利家的麻烦?
为什么新一的父母不关心儿子的情况
为什么工滕优作那么有天赋也没发现黑衣组织的下落?
为什么阿立的发明很强但是不卖.且从来不工作也不缺钱花?
为什么他想要什么资料都能够找到?
为什么他给新一的设备只有在抓一般蟊贼的时候有用?
为什么只要柯南他们和阿立出去野营就会遇到危险?
包括灰原哀（以下简称哀）的出现都很可疑,记得吗当时只说哀晕倒在阿笠家门口!
其实事情是这样的,优作原先就怀疑并且侦察黑衣组织.以小说家的身份为掩护,秘密调查,发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑啊立家隔壁住,并且从小培养新一开车打枪,和推理能力,并派新一和阿立混熟想借此侦察一些情报,于是新一在不知情的情况下被利用了,当阿立开始怀疑公滕父子的时候,想出一条毒计,他派琴久和沃克跟踪出去约会的小兰和新一,大家都看过第一集,其实交易是幌子,真正的目的是跟踪,要不然难道琴久他们是因为喜欢才去坐过山车的吗?在吸引新一注意以后,他们假装交易,阿立扮演的就是那个交易的商人,一切不露痕迹于是新一也就被他们变成了柯南.
于是阿立顺理成章的成为了新一的同伴与监护人.并且柯难实际上成为了阿立手中的人质,当时新一的父母第一次出现的那集,实际是和阿立谈判的,最终的结果是阿立用柯南要挟他们两个人流放到瑞士.
而优作因为不能和新一说明真相,从而让新一感觉受骗,受到伤害,只能同意阿立的要求,不再回到日本,所以你们看优作只有在103集的时候回过日本,还是变装的,就为了不能让阿立发现.
明白了吧，为什么阿立认识哀的父母?
其实APTX-4689就是阿立和哀的父母联合开发的,而成功以后哀的父母意外身亡.
他留着柯南不死只不过想观察药品还有没有其他副作用.但是突然一天,优作和美希子（柯南的妈妈）突然潜回日本,和柯南(103```104集)秘密接触,让他感觉受到了威胁,于是安排一个间谍时刻跟随在柯南身边,那就是哀
哀其实是APTX4689的第一个实验品,本来药的目的是永保青春,没想到竟然适得其反产生副作用,造成了身体变小,而柯南事件发生以后,哀就成了在柯南身边卧底的最好的人选,为什么柯南从来没有被骚扰过就是因为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的监视下.根本没必要监视
其实警界奇才特别行动人员.毛利小五郎也是因为追查阿立才从警界退出的,当时枪击非英里事件只是借口,所以后来目暮说毛利总把他们引向歧途,.其实毛利才掌握了案件的真相,只不过目暮不理解罢了!
毛利和优作两个年富力强的超人侦探一直和阿立和黑衣组织周旋,可怜新一和服部这几个高中生什么都不知道,还以为自己是什么明星侦探
青山刚昌已经给大家提示了,不过因为太为晦涩所以没几个人看出来.其实阿笠这两个字,如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写是拉丁文里面的,莫里亚蒂（了解福尔摩斯一书的人都应该知道是谁）.所以阿立博士其实应该叫莫里亚蒂教授
结局的说法有很多种，我是比较倾向于阿立博士是黑衣组织的最大头目啦，而且小五郎才是最聪明的这种说法。
你看看吧，你相信哪种结局呢？
如果你要人物的话,我也可以给你哦!
江户川柯南 工藤新一 铃木园子 远山和叶
左藤美和子 目暮十三 怪盗基德 阿笠博士
工藤有希子 铃木园子 服不平次 工藤优作
毛利小五郎 丹谷光彦 小岛元太 吉田布美
毛利兰 黑暗组织 赤井秀一 新出智明
白鸟
茱蒂
“根据小学馆传来的证词，虽然名侦探取得了前所未有的成功，但是考虑到目前剧情已经进入白热化的阶段，再拖延下去只会降低故事的观赏性，因此虽然有些遗憾，也只能保证剧情为优先” 。
“而对于大家最关心的结局问题，作者青山冈昌没有过多透露，只是表示会是出乎所有人预料的，同时动画会先于漫画结束，而最后的全部剧情将在漫画内得到彻底解答，至于在柯南完结之后是否会继续创作基德的故事，青山则表示：‘还没考虑太多，不过如果读者喜欢的话也没什么不可以’
官方消息，关于哀的问题，青山老师给出了最后的答案，哀在最后的几集中，被组织以极隐秘的方式所枪杀，目前青山老师的这部分的漫画已经画完。具青山老师说，在哀生命即将结束的时候，与柯南{工藤新一}的对话很经典，她就这样退出了这段本不属于她的感情。而小兰被组织绑架了，柯南开始跟组织进行最后的对决。至于结局，大家不要想的很乐观，青山老师说会出呼所有人的意料！！
阿笠博士的真面目
黑衣人的真正的首脑，就是一直隐藏在他们身边的阿笠博士DOC。LEE。
事情是这样的，工藤优作原先就怀疑并且侦察黑衣组织。以小说家的身份为掩护，秘密调查。发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家的隔壁住，并且从小培养新一 ，并派新一和阿笠混熟想借此侦察一些情报。当阿笠开始怀疑工藤父子的时候，想出一条毒计，他派GIN和沃克跟踪出去约会的小兰和新一，大家都看过第一集，其实交易是幌子，真正的目的是跟踪，于是新一也就被他们变成了柯南。之后，阿笠顺理成章地成为了新一的同伴与监护人，并且柯南实际上成了阿笠手中的人质，当时新一的父母第一次出现的那一集，实际是和阿笠谈判的，最终的结果是阿笠以 柯南要挟他们两个人流放到瑞士。而优作因为不能和新一说明真相，从而让新一感到受骗，受到伤害。只能同意阿笠的要求，不再回日本 ，所以你们看优作只有103集的时候回过日本，还是变装的，不能让阿笠发现。
其实APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母联合开发的，而成功后哀的父母意外身亡。阿笠留着柯南不死只不过想观察药品还有没 有其他的副作用。但是突然有一天，优作和有纪子突然潜回日本，和柯南（103-104集）秘密接触，让他感受到了威胁，于是安排一个间谍时刻跟随在柯南的身边，那就是灰原哀。哀其实是APTX-4689的第一个实验品，本来药的目的是永葆青春，没想到竟然 适得其反产生副作用，造成了身体变小。而柯南事件发生后，哀就成了在柯南身边卧底的最好人选。为什么柯南从来没有被骚扰过就是因 为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的监视下。毛利小五郎也是因为追查阿笠才从警界退出的，当时枪击非英里事件只是借口，所以后来暮木说毛利总是把他们引向歧途。
青山刚昌已经给大家提示了，不过因为太晦涩所以没几个人看得出来。其实阿笠这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写就是拉丁文里面的莫里亚帝。所以阿笠博士其实应该叫莫里亚帝教授——福尔摩斯里的罪恶的教授.
看看吧!下面是某一种人抄出来的
结局还没有,不过有透漏了.第一部分：江户川文代二度现身
江户川文代又一次来到毛利侦探所，说要带柯南去游乐园。柯南以为她又是美希子所扮，便不加怀疑的跟上了文代的车。但在车上柯南却被江户川文代用手枪控制。原来她是黑衣组织的人，柯南的身份已经被组织完全发现了！
柯南在慌张中还是利用麻醉枪射中了伪装成文代的敌人，在车子冲下大桥前逃脱，往阿笠博士家奔去。
与此同时Gin从学校绑架了少年侦探团，并威胁哀交出她研究APTX4869解毒药的数据资料。哀为了救大家把资料给了组织，并被Gin押上了车。
而Gin在开走前却暗中告诉Vodka在他离开之后就杀死少年侦探团的三人。
在Vodka要枪杀少年侦探团时，柯南终于找到了那里救了大家，但Vodka还是逃走了。并说组织在等着工藤新一。
组织头目是阿笠博士
那是真的，就是一直在他们后面的人，[下面]你们想，为什么柯南每次遇到黑衣人的时候博士给他的工具就没用呢？为什么柯南遇到危险时博士第一个知道呢？为什么小兰或XXX......遇到危险时，有人事先知道呢？不就是博士通风报信么
黑衣人的真正的首脑，就是一直隐藏在他们身边的阿笠博士DOC。LEE。
事情是这样的，工藤优作原先就 怀疑并且侦察黑衣组织。以小说家的身份为掩护，秘密调查。发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家的隔壁住，并且从小培养新一 ，并派新一和阿笠混熟想借此侦察一些情报。当阿笠开始怀疑工藤父子的时候，想出一条毒计，他派GIN和沃克跟踪出去约会的小兰和 新一，大家都看过第一集，其实交易是幌子，真正的目的是跟踪，于是新一也就被他们变成了柯南。之后，阿笠顺理成章地成为了新一的 同伴与监护人，并且柯南实际上成了阿笠手中的人质，当时新一的父母第一次出现的那一集，实际是和阿笠谈判的，最终的结果是阿笠以 柯南要挟他们两个人流放到瑞士。而优作因为不能和新一说明真相，从而让新一感到受骗，受到伤害。只能同意阿笠的要求，不再回日本 ，所以你们看优作只有103集的时候回过日本，还是变装的，不能让阿笠发现。
其实APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母联合开发的，而成功后哀的父母意外身亡。阿笠留着柯南不死只不过想观察药品还有没 有其他的副作用。但是突然有一天，优作和有纪子突然潜回日本，和柯南（103-104集）秘密接触，让他感受到了威胁，于是安排 一个间谍时刻跟随在柯南的身边，那就是灰原哀。哀其实是APTX-4689的第一个实验品，本来药的目的是永葆青春，没想到竟然 适得其反产生副作用，造成了身体变小。而柯南事件发生后，哀就成了在柯南身边卧底的最好人选。为什么柯南从来没有被骚扰过就是因 为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的监视下。毛利小五郎也是因为追查阿笠才从警界退出的，当时枪击非英里事件只是借口，所以 后来暮木说毛利总是把他们引向歧途。
青山刚昌已经给大家提示了，不过因为太晦涩所以没几个人看得出来。其实阿笠这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写就是拉丁 文里面的莫里亚帝。所以阿笠博士其实应该叫莫里亚帝教授——福尔摩斯里的罪恶的教授。
两种可能结局：
《名侦探柯南》结局:498话（2小时半特辑）内容完全披露
《银色子弹的怒吼－赌上侦探之名的决意！》
第一部分：江户川文代二度现身
江户川文代又一次来到毛利侦探所，说要带柯南去游乐园。柯南以为她又是美希子所扮，便不加怀疑的跟上了文代的车。但在车上柯南却被江户川文代用手枪控制。原来她是黑衣组织的人，柯南的身份已经被组织完全发现了！
柯南在慌张中还是利用麻醉枪射中了伪装成文代的敌人，在车子冲下大桥前逃脱，往阿笠博士家奔去。
与此同时Gin从学校绑架了少年侦探团，并威胁哀交出她研究APTX4869解毒药的数据资料。哀为了救大家把资料给了组织，并被Gin押上了车。
而Gin在开走前却暗中告诉Vodka在他离开之后就杀死少年侦探团的三人。
在Vodka要枪杀少年侦探团时，柯南终于找到了那里救了大家，但Vodka还是逃走了。并说组织在等着工藤新一。
第二部份：沉睡的小五郎－觉醒！
柯南来到博士家用追踪眼镜找到了哀的下落。柯南留下了一张写明一切的磁盘让博士转交给兰，决定自己去面对黑色组织。
但磁盘被闯入博士家的英语老师Judy拿走了，原来她是黑衣组织上层安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新发明弹射坐椅欺骗了Judy，逃过一死来到了毛利家。当阿笠博士正想告诉小五郎和兰现在的状况时，却发现坐在侦探所客厅里的毛利呈现出沉睡的小五郎的姿势！而毛利面前的笔记本上写着“工藤新一”“柯南”“黑衣组织”等等。
原来毛利早就怀疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是为了调查出柯南的真实身份和整个事件。毛利在沉睡般的深思中展现出他真正的实力，通过柯南留下的磁盘资料推理出了黑衣组织的所在。
与此同时，FBI特工赤井秀一来到同事Judy家，意外的发现了的柯南的磁盘。他偷偷的把磁盘取回了家。秀一解开密码后阅读了柯南的自述以及对整个事件的推理。他对同事Judy的身份开始怀疑，但却突然被人从后面击昏。
而这时在米花町，放学回家的兰在门口意外的听见了小五郎和阿笠博士的对话，终于确定了柯南就是新一！兰在泪水中决意要以性命为赌注，为救回新一与黑衣组织绝一死战！
第三部份：小说家的意外访客
赤井秀一被Judy带回了组织。Gin威胁秀一加入组织，最后的考虑时间为2小时。
因为有了哀的数据和配合。两小时之后，组织的药物数据计算终于就可以完成。也就是传说中的“同时成为上帝和魔鬼。让时间倒转，死人复活”药物的完成。
在世界的另一边，工藤优作和美希子也收到了博士的消息。优作第一次让美希子进入了他的密室，原来这里就是工藤优作独自对抗黑衣组织的总部。而小说家不过是个用来收集资料的幌子。
工藤优作和有希子明白决战的时刻已经来临。收拾装备之时，前门突然出现了意外的访客——目暮警官。
目暮警官撕下自己脸上的伪装。优作惊讶的发现到来的客人居然是自己从学生时代便结交的死党，自己还当了他儿子的教父！
他就是曾经扬名世界的伟大魔术家——黑羽先生！
优作看见10年前已经被判定为失踪的老朋友非常吃惊。而黑羽开门见山的告诉优作，自己这十年也一直在独自对着抗黑衣组织。方式就是让自己的儿子黑羽快斗在世界范围内寻找一块特殊的宝石。而就在今天快斗却给他发来了代表最后决战的消息：关于宝石、新一、黑色组织以及人类的未来。他这才以黑羽的身份重新回到人间！而他的儿子也被人称为平成的亚森罗宾。优作这才恍然大悟，原来自己的教子就是怪盗基德！
第四部份：最黑的黑色
柯南在傍晚来到了东京塔下，东京世界博览会正在这里召开。原来黑衣组织的本部就是东京的中心！柯南骗过了警卫进入了地下室的暗门。
这里是另外一个地下王国。柯南利用阿笠博士交给他的电脑在警卫房间里侵入了黑衣组织的电脑中枢，正在向外传播加密数据时，柯南意外的被人从后面击昏，那个人居然又是Gin。
得到部份数据的阿笠博士将大家所拥有的信息整理到了一起，由优作和小五郎一起推理出了惊天的结论：黑衣组织的老板可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣组织的的支持者！组织的一部分重要功能就是以非法手段达到日本的扩张！
而美国政府也早有察觉了这一点，并且指使FBI特工暗中介入。事实上美国也想通过操作组织来控制日本。
当分析出这一结论之时，毛利租来的车子已经开到了东京塔下。
关押赤井秀一的房门突然打开，走进来的是——“Sherry”。
第五部份：接近
画面在赤井秀一的回忆中展开。他居然是宫野志保的童年最珍贵的伙伴，是唯一愿意和宫野志保玩的孩子。也正是因为这样，赤井秀一才在第一眼就解开了哀身份的迷题。
哀并不承认自己的身份，她说可以放走秀一，条件是要他永远不要再回到这里。两个人在争吵的时候Judy出现了，秀一为救哀而死，留下遗言：“无论在那个世界，你叫什么名字，我都能找到我的天使。”Judy黑色的枪口指向了哀。
这时毛利小五郎也闯入了组织内部，在组织训练杀手的道场用空手道打败了一群职业杀手。就在他洋洋得意之时，总教练出现了，居然是日本空手道冠军风间仁。小五郎被打败了，但跟踪而至的兰却跳了出来，兰在被风间的实力打入绝望之时耳边传来新一的呼唤，兰终于爆发奥义，一击之下击倒了号称不败的风间。
Judy正要枪杀哀时，Gin突然出现了，把枪口对准Judy。他命令Judy放下枪，并说哀对组织还有用。Judy奇怪的问：“不是你要我到这里来杀死她的吗？”Gin突然扣动扳机，一张扑克牌打中了Judy的手。原来这个Gin是基德扮成的。基德让哀先去救柯南，自己在这里看着Judy。
哀跌跌撞撞的跑向控制牢房，而这一切都被组织内部的摄像机拍摄到了。
这时优作也已经赶到了东京，越来越多的信息汇集起来，在他的特殊计算机分析下显示出了一个结论。优作看着屏幕目瞪口呆。
第六部份：真相只有一个
Gin和Vodka不知去向，哀顺利的找到了柯南。原来在地下还有组织的列车，两人乘着封闭的列车来到了组织的“圣殿”。
圣殿的正前方是一块巨型液晶墙，上面出现的居然是前首相吉田的脸，他神色狰狞的说出一切。
秘密被完全的解开：基德和他的父亲黑羽之所以以宝石为目标，并不是因为宝石值钱的原因，而是因为其中的一块宝石并非出于地球，而是来自银河系之外！它特殊的物质可以放出特殊的射线，改变细胞的分裂成长方向，从而让细胞获得永恒的生命！
为了在黑暗组织之前找到宝石，黑羽本人假装葬身雪地，让自己的儿子扮演怪盗来寻找宝石。但基德却也一直没能找到它。因为宝石很早就已经落入了黑衣组织之手，也正是在宝石射线的启发下，黑衣组织才开始了“不死药”的计划。
但又因为想要合理的释放出宝石的能量必须解开特殊的方程，需要设计出高级的程序来计算射线的不同状态，组织于是才在世界范围内招募最一流的电脑程序员。
屏幕上吉田所有的话被阿笠博士用无线电传给了外面的毛利等人，大家都非常惊讶。哀说：“不要再躲躲藏藏了，快出来和我们一决胜负吧。”
“恐怕他是不会出来的。”柯南低下头，眼镜闪着银色的光芒说出了令人震惊的话：“因为他早就死了。”
第七部份：人的战斗
柯南完美无暇的推理出了不可思议的结果：吉田首相早在5年前就死去了，杀手正是这个地方的安全保卫系统。也就是说，现在黑衣组织的最高头脑，就是这台具有人工智能的电脑而已，它以利益时间比最大化的程序来发布组织的命令。
屏幕上的吉田哈哈大笑承认自己的身体的确因为心脏病而失去功能，但自己的脑组织结构和DNA数据被完整的保存在的超级计算机中。只要方程能够被解开，自己就能获得重生。这时电脑突然显示射线的方程被解开了，重塑吉田的工程开始。
吉田哈哈大笑，但相关的机器突然爆炸。还是胚胎条件的新的躯体毁灭了。原来是电脑AI自己下了这个命令，并将吉田的所有数据都删除了。AI认为自己完全统治黑衣组织才是最大化的利益。
这时大殿的顶棚突然打开，地面升了起来。柯南发现他们居然到了在停K在东京湾的巨轮甲板上。原来这艘作为黑衣组织大脑的巨轮长期飘荡在太平洋中央，用通讯卫星来操纵世界各地的成员。
站在甲板上迎接他们的是持枪而立的Gin。
Gin向柯南扣动了扳机。
第八部份：江户川柯南VS工藤新一
哀挡住了射向柯南的子弹，倒在柯南的面前，Gin步步逼近。巨轮的自动排外系统启动。目标是一切生命体，Gin被桅杆的狙击枪射中，一发又一发直到确认心脏停止。
柯南死死的挡在哀的身上，万幸的是他们的因为目标过小不予判定。
天空渐渐就要亮了，哀微笑着拿出粘血的药丸，世界上唯一的一颗APTX4869解药。
“柯南，好想永远和你在一起。但我们没有机会了吧。”哀握着解药的手伸向柯南的脸：“吃下去吧。”
“笨蛋！这颗解药只要得救之后分析成分就能复制了啊！”柯南抱紧了哀。
“不要。”哀突然大声的咳嗽起来，在一瞬间把药塞进柯南的嘴里。“你还不明白吗？”哀看着柯南意外的吞下药丸，缓缓露出笑脸：“这是科学和推理无法解释的问题呢！”哀在闭上眼睛的时候用只有柯南听得见的声音说：“不是工藤新一。我爱的人，是江户川柯南。”
“哀——”药物和心意一起让柯南感觉无比疼痛，他昏了过去。
优作和小五郎在突然之间灵光一闪。优作终于找到了破解这个由科学与逻辑组成的巨大机器的银色子弹。
第九部份：银色弹丸，我们的约定
人类击溃一切邪恶与魔鬼的银色弹丸就是无可代替的“爱”。“爱”就是科学与逻辑永远无法解释的程序。
工藤优作发送的银色弹丸在以瞬间传导到了电脑中枢。超级计算机由于溢出的计算以及以及无法模拟程序方式而最终崩溃。巨轮倒数五分钟的自爆装置开始启动。新一在迷迷糊糊中听见了熟悉的呼唤：“新一！新一！”还有直升机的声音。
一切都结束了：巨轮在太阳升起的时候爆炸了。
新一坐在了海边见那种比太阳还要耀眼的光芒，暗想：“江户川柯南已经不存在在这个世界了。他已经和哀一起去了属于他们的幸福花园。而我……”他转过头看见立在身后泪水莹莹的兰。
“终于实现了，我们的约定！”新一把兰紧紧的抱在怀里，很久很久。
新一突然看见站在远处朝霞里的少年侦探团，他习惯性的想跑过去和大家一起，但脚步又突然停住。新一缓缓的转过身去，用只有自己能听见的声音说：“大家，再见了。”
他慢慢的往另一边的人群中走去，没有回头，咬紧牙齿，泪水居然都忍不住模糊了眼睛。一颗很大的泪珠突然滑落，之后更多的泪水紧随其后落下。
新一听见步美的声音：
“再见了，柯南同学。”
柯南大结局＿第987集 黑暗组织的秘密
《柯南》第987集 黑暗组织的秘密 （大结局）
内容:
背景：随着调查的深入，黑暗组织逐渐现形，工藤优作因发现组织的庞大而拜托国际刑警插手。在日本警方及科南的协助下几次阻止了其活动，黑暗组织决定报复。
黑暗组织偷袭了阿笠博士的家，捉住了少年侦探团，并留下了要工藤新一独自前往营救的暗示。
在黑暗组织的总部，Gin发现了哀的真实身份并以少年侦探团的生命要挟其制作缩小药的解药。早已深思熟虑的哀在一天内制作出解药和假死丸，并巧妙的将胖子的毒药换成假死丸。Gin果然在得到解 药后命胖子杀死阿笠及少年侦探团。。。。
科南迅速揭开暗示之谜，并赶往黑暗组织的总部，而一切被兰看到。在兰的要求下，小五郎和警方对暗示苦思不解，小五郎在睡梦
中突发灵感而揭开谜题。
在黑暗总部，组织boss大犬出现，其竟是日本内阁大臣。大犬道出黑暗组织的秘密：裕仁天皇临终前留下一份血书，写有黑暗云云。内阁以为是天皇要建立黑暗组织的遗愿。因而黑暗组织一直得到政府暗中支持而屹立不倒。而时隔数十年组织仍无法真正揭开血书的含义。
Gin给哀服下解药后告诉胖子释放哀。对大哥唯命是从子放
了哀，突然Gin被枪击倒。真正的Gin出现并揭穿之前的他是基德假扮的。大犬此时说出基德之父其实是组织的特工，从事盗窃工作，而后来因组织的行动得罪外国而被迫杀其顶罪。Cris（女教师）道出柯南是新一的秘密，交给柯南一份血书，要求其揭开血书之谜并以缩小药的解药诱惑。科南解开血书之谜，原来是天皇死前写下的忏悔和对日本未来的担忧。大犬立时呆在当场。。。。。
兰赶到现场，正碰到Gin要柯南留遗言。科南对兰道出真相并表白后Gin开枪，兰替柯南挡下子弹。哀对此震惊不已。。。。。。。 科南终于在紧要关头用麻醉枪射中Gin，而哀与胖子在搏斗中一同从楼上跌下。
对药物有强烈抗性的Gin居然转醒，射杀大犬后欲杀柯南。而对coolguy十分欣赏的Cris出手阻拦，两人都受了重伤。
工藤优作、小五郎和目暮等人赶到，小五郎对组织的小喽罗大打出手，十分英勇。
在众人的围攻下，Gin道出自己的野心和自己身为天皇与美国女政治家Gino的私生子的秘密后自杀。Cris此时说出自己是美国安插在组织里的间谍，原来美国也想控制组织。
基德离去之后众人急忙将兰和哀送往医院，并惊讶的发现哀又变回小孩。
黑暗组织被侦破，而解药只剩下一颗。哀被诊断为脑震荡，醒来后只记得众人名字而对其他忘的一干二净。兰仍昏迷不醒，大夫说若长期昏迷可能变植物人。服部建议柯南变回新一来唤醒兰，柯南只好如此。而柯南变身时被布美看到。
深夜，布美来到病房偷吻了新一后离去，并与光彦，元太约定保守新一的秘密。
兰终于在新一的悉心照料下康复。
由于这件案子，众人都变成名人，兰很不适应。优作则要求新一及兰一起前往美国读大学。妃回到毛利身边并要兰去美国。而毛利因英勇表现而被聘回警局当重案组组长，此时毛利道出早已知道柯南是新一而故意不说破的真相。
夕阳中，新一看到哀和少年侦探团开心的玩耍而颇感欣慰。
在机场，众人欢送新一和兰离去，只有哀偷偷转过身去对着自己和柯南的照片垂泪。。。。。。
实在忍不住了,告诉你们黑衣人的主谋是谁吧.
其实早就已经有太多提示了,你们竟然视而不见.你们都被坏人的伪装欺骗了. 其实黑衣人的真正首脑,就是一直隐藏在柯南他们身边的---------------------阿立博士.DOC,LEE
不明白了吧,其实我一直以为是毛利叔叔的(虽然我很崇拜他)但是那天和柯南赌气,细心分析后我突然发现,原来真正的凶手竟然是憨厚的阿里博士,
可能有人早有怀疑,为什么黑衣组织一直没有找毛利家的麻烦?
为什么新一的父母不关心儿子的情况
为什么工滕优作那么有天赋也没发现黑衣组织的下落?
为什么阿立的发明很强但是不卖.且从来不工作也不缺钱花?
为什么他想要什么资料都能够找到?
为什么他给新一的设备只有在抓一般蟊贼的时候有用?
为什么只要柯南他们和阿立出去野营就会遇到危险?
包括灰原哀（以下简称哀）的出现都很可疑,记得吗当时只说哀晕倒在阿笠家门口!
其实事情是这样的,优作原先就怀疑并且侦察黑衣组织.以小说家的身份为掩护,秘密调查,发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑啊立家隔壁住,并且从小培养新一开车打枪,和推理能力,并派新一和阿立混熟想借此侦察一些情报,于是新一在不知情的情况下被利用了,当阿立开始怀疑公滕父子的时候,想出一条毒计,他派琴久和沃克跟踪出去约会的小兰和新一,大家都看过第一集,其实交易是幌子,真正的目的是跟踪,要不然难道琴久他们是因为喜欢才去坐过山车的吗?在吸引新一注意以后,他们假装交易,阿立扮演的就是那个交易的商人,一切不露痕迹于是新一也就被他们变成了柯南.
于是阿立顺理成章的成为了新一的同伴与监护人.并且柯难实际上成为了阿立手中的人质,当时新一的父母第一次出现的那集,实际是和阿立谈判的,最终的结果是阿立用柯南要挟他们两个人流放到瑞士.
而优作因为不能和新一说明真相,从而让新一感觉受骗,受到伤害,只能同意阿立的要求,不再回到日本,所以你们看优作只有在103集的时候回过日本,还是变装的,就为了不能让阿立发现.
明白了吧，为什么阿立认识哀的父母?
其实APTX-4689就是阿立和哀的父母联合开发的,而成功以后哀的父母意外身亡.
他留着柯南不死只不过想观察药品还有没有其他副作用.但是突然一天,优作和美希子（柯南的妈妈）突然潜回日本,和柯南(103```104集)秘密接触,让他感觉受到了威胁,于是安排一个间谍时刻跟随在柯南身边,那就是哀
哀其实是APTX4689的第一个实验品,本来药的目的是永保青春,没想到竟然适得其反产生副作用,造成了身体变小,而柯南事件发生以后,哀就成了在柯南身边卧底的最好的人选,为什么柯南从来没有被骚扰过就是因为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的监视下.根本没必要监视
其实警界奇才特别行动人员.毛利小五郎也是因为追查阿立才从警界退出的,当时枪击非英里事件只是借口,所以后来目暮说毛利总把他们引向歧途,.其实毛利才掌握了案件的真相,只不过目暮不理解罢了!
毛利和优作两个年富力强的超人侦探一直和阿立和黑衣组织周旋,可怜新一和服部这几个高中生什么都不知道,还以为自己是什么明星侦探
青山刚昌已经给大家提示了,不过因为太为晦涩所以没几个人看出来.其实阿笠这两个字,如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写是拉丁文里面的,莫里亚蒂（了解福尔摩斯一书的人都应该知道是谁）.所以阿立博士其实应该叫莫里亚蒂教授
结局的说法有很多种，我是比较倾向于阿立博士是黑衣组织的最大头目啦，而且小五郎才是最聪明的这种说法。
你看看吧，你相信哪种结局呢？
如果你要人物的话,我也可以给你哦!
江户川柯南 工藤新一 铃木园子 远山和叶
左藤美和子 目暮十三 怪盗基德 阿笠博士
工藤有希子 铃木园子 服不平次 工藤优作
毛利小五郎 丹谷光彦 小岛元太 吉田布美
毛利兰 黑暗组织 赤井秀一 新出智明
白鸟
茱蒂
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