腓力二世的政治统治
腓力二世继续执行其父在西班牙执行的一切强化中央集权的制度。在他统治时期,中央政府真正开始剥夺一些历史上的王国和民族地域(阿拉贡,卡斯蒂利亚,巴伦西亚,特别是加泰罗尼亚)的独立性。
腓力二世扑灭了1590年至1591年阿拉贡为保持其自治地位而发动的暴动。他并且取消一些城市的自治法规,可能是为了更有利于王室获得直接的税收。在腓力二世时代,西班牙的集权程度和官僚体系的臃肿可与东方国家媲美。
腓力二世对低地国家实行毫不妥协的铁腕统治;1567年他任命著名的将领和刽子手阿尔瓦公爵( 费尔南多·阿尔瓦雷斯·德·托莱多)为尼德兰总督。后者严厉镇压尼德兰人民的一切反抗活动,处死了大约8000人。
腓力二世为坚定而狂热的天主教徒,他的很多政策中都能看到宗教信仰的影子。这大大影响了他在一些问题上的判断,并使政府卷入一系列宗教纷争。特别是由于腓力二世希望铲除各种异端或异教的决心,中世纪的宗教审判和迫害异端在他统治时期达到登峰造极的程度。
腓力二世大力支持天主教宗教裁判所,使大批持异端邪说的人(无论是真有其事还是受到陷害)在火刑柱上化为灰烬。他的另一项政策则使1568年—1570年被强制迁徙到西班牙内地的摩尔人受到残酷迫害。
从阿拉贡的斐迪南二世开始的对穆斯林和犹太人的迫害和驱逐最终使西班牙的种族构成趋于“纯化”。