地球的表面环境经历屡次思考型(雷普利)机器人大战后被严重破坏(X系列中的战争及Z系列的精灵战争),经过前人的努力终于露出大规模复苏的曙光(时期应为Z4结局,若按此路线,zero系列就此告终)。国家们在魔蛇公司的协助下成功将非正品品(异常者)驱逐在国外,但仍在各国境间出现,世界因此而分成内界和外界。
两位替齐尔威负责运送货物的少年少女:梵(vent)和艾儿(aile),二人为对抗非正规品的边境“守卫军”运送货物时,发现了内藏过去世界战斗纪录、洛克人X年代和Zero年代拯救世界的英雄数据所制造的神秘变身模块──生命金属,并用此和非正规品们战斗。