Question

质粒DNA酶切不完全是什么现象

Answer 1

质粒DNA酶切不完全，可能是你使用的试剂盒的原因也可能还有酶切的原因。
第一、抽的质粒溶在什么溶液里？如果TE中EDTA的浓度高，会影响酶切
第二、，酶切时有几个关键因素，比如酶切体系，DNA的量，酶切时间等，酶量有时过高也不好，里面的甘油会影响酶切反应。另外，你可以先切一到两个小时，再补加一点酶，这样效果比你一次加进很多酶都好。
你可以用自己配的试剂抽提看看，我们最近用自己配的试剂抽提质粒，效果很好，杂质很少，而且浓度还挺高，又经济实惠。

Answer 2

楼主你好，我的回答是建立在双酶切的基础上的。
现象的话你通过跑一个琼脂糖凝胶电泳就能看出来，空载质粒完全切割的话应该只有一条带，没切开的话会有2-3条带，而且位置比较高。 如果是连入了目的片段的载体，那么完全切割只有两条带。未完全切割的话会有3-4条带左右。
产生原因很多：
1.可能是酶切的时间不够。
2.可能是你用双酶切的时候buffer的体系两种酶不能发挥最大功效。
3.可能是用的酶量过高导致甘油量高，一般加酶的总量不超过总体系的10%。
4.可能是两个酶切位点离的非常近。两个酶空间上冲突相互干扰。
5.可能是质粒纯化的时候里面残留的乙醇等有机物降低了酶的活性。
6.本身酶的切割效率不高，这个和生产酶的公司也有关系，你可以用一些效率比较高的酶，比如EcoRI，BamHI，SacI，BgI I等，有意识的用好一点公司的酶，比如fermentas，NEB等，国产的就算了。

这都是实验里面总结的经验，希望对你有帮助~