Question

如何用perl中的hash给我的序列文件名称和序列一一赋值

我有一个序列的文件，里面有很多序列，我想用hash给序列的名字和整个序列一一赋值，序列名字是以>开始的，然后跟着序列，综合网友的答案和我自己写的程序，求大神指教





Answer 1

#!/usr/bin/perl -w

use strict;

my $filename="seq.txt";

my %id_GC_content; #id=>GC_content

open IN,$filename || die $!;

$/=">";<IN>; # 设置输入记录分隔符为”>”，并去除第一个”>”

while (<IN>){ # $_=<IN>，把序列ID行和序列赋值给$_，$_= 可以省略不写

my $id = $1 if(/^(\S+)/);# 获取序列ID

chomp; # 去掉末尾的”>”

s/^.+?\n//;# 删除第一行

s/\s//g; # 删除序列中的空白字符

my $GC = (tr/GC/GC/);#计算G或C碱基个数

my $AT = (tr/AT/AT/);#计算A或T碱基个数

my $len = $GC + $AT;# 计算序列非N长度

my $gc_cont = $len ? $GC / $len : 0; #计算GC含量，如果长度为0，GC含量算0

$id_GC_content{$id}=$gc_cont; #id=>GC_content

}

$/="\n";# 把输入记录分隔符改为默认值

close IN; # 关闭输入文件句柄

my @sort = sort{$id_GC_content{$b} <=> $id_GC_content{$a}} keys(%id_GC_content);

print $sort[0];

追问

您好，谢谢您的回答，但我还有个疑问想咨询
>bac_165
AAAAAACAACCTCTCTACCTGTTC
>bac_173
AAAAAACAGACTGCAGTTGACGAT
如何编写一个perl程序，用&key来存序列的名称，然后用&value来存序列本身，然后放在hash里面。如何装在hash里面，让key和value对应。我不是太会，头都大了。谢谢您~~如果您有空的话

Answer 2

那你即是想看到甚麼 ? 请举例!

追问

我想写一个程序，读取这个seq.txt的序列文件，然后用hash把序列名称和序列一一对应起来，计算gc值含量最高的一条，然后输出这条序列的名称

追答

哈! 我只是个懂 perl 的人, 你那一堆东西对我来说都是字串! 所以我既不懂甚麼为之 "gc 值", 也不知从那到那为之一个 "序列", 又从那到那为之 "名称", 你能不能举个例, 例如你想 $seq{???} 里装的是 "...." ? 或者你可否像这个人的方式提问 : http://zhidao.baidu.com/question/1701200634915153740

追问

嗯，谢谢你了，比如我有三个序列：
>bac_165
AAAAAACAACCTCTCTACCTGTTC
>bac_173
AAAAAACAGACTGCAGTTGACGAT
>act_333
AAAAAACAATTAACTGTGGACGGA
如何编写一个perl程序，用&key来存序列的名称，然后用&value来存序列本身，然后放在hash里面。如何装在hash里面，让key和value对应。麻烦了~~~