辣椒不同的生长周期，不同的病状，用的农药不同，要根据实际情况来看。
如花叶病一般用乐果、生物碱等，病毒病一般用氯溴异氰尿酸等，疮痂病一般用代森锰锌、百菌清等。
一、花叶病
由黄瓜花叶病毒、烟草花叶病毒、豇豆花叶病毒等引起的病毒性病害。病株上部叶先现浓绿淡绿相间花叶，严重的邹缩畸形黄花，病株长势弱、节间短、开花畸形稀少。用乐果、生物碱、氰戊菌酯、吡虫啉等杀虫，甾烯醇、葡聚烯糖、吗胍•硫酸锌、苦参·硫磺（病毒克星）杀毒。
二、病毒病
由烟草花叶病毒、黄瓜花叶病毒等引起的病毒性病害。花叶型病部不规则退绿，病果畸形小邹。黄化型病叶变黄（上部全黄），矮化落叶。坏死型斑驳状、条纹状病死，顶枯等。畸形型病叶增厚、变小、邹缩、厥叶，节间缩短矮化、枝叶丝生丛簇状，病果畸形凹凸不平易脱落。
用氯溴异氰尿酸、烷醇•硫酸铜、烯•烃•硫酸铜、混脂·硫酸铜、吗胍·乙酸铜、氨基寡糖素、香菇多糖、宁南霉素、辛菌胺醋酸盐等喷雾。二核苷三氮唑、十三烷胍、松脂酸铜、生物碱杀菌剂与芸苔素。
三、青枯病
由茄科劳尔氏菌引起的细菌性病害。病株细根褐变后腐烂消失，横切近地面病茎可发现维管束微褐变，并分泌出乳白色菌液，后期病株迅速萎蔫、枯死，茎叶仍保持绿色。定植时用农用硫酸链霉素、甲霜恶霉灵浸根，杀菌药（可杀得、中生菌素、络氨铜）灌根。
无病前注入非致病性青枯菌占据生态位防治。用新植霉素、硫酸链霉素、青枯特效灵（中生噻枯唑）、多福锌菌胺、七小福根康、喷灌。
四、软腐病
由胡萝卜软腐欧式杆菌、根霉属真菌引起的细菌性病害。主要危害果实，初期现水渍状暗绿斑，后变褐变黄腐烂，遇外力易脱落，破后流出溃液，不掉则挂干剩白皮。用棉铃虫防治棉铃虫，用多福·福锌、多福·噻菌铜、多福辛·菌胺、根康喷灌。
五、黑斑病
由蔷薇双壳菌、多腔菌等真菌及假单孢属细菌等引起的病害。主害果实，先现不规则淡褐色凹陷病斑（一果一斑），后成大病斑。用百菌清、杀毒矾、甲霜灵·锰锌喷雾。
发病规律：辣椒青枯病是一种细菌性病害，在土温达到20℃-25℃时，气温达到30℃-37℃时，土壤含水量达25%以上时发病严重。当大雨骤晴，气温迅速升高，湿度大，蒸腾量大时，病菌活动旺盛，病株增加，为害严重。病菌在土壤酸碱度为6.6时适宜发育。
防治方法：
1、选用抗病品种；
2、调整土壤酸碱度，亩施石灰50-100公斤；
3、实行轮作，防止重茬或连茬；
4、及时检查，发现病株立即拔除、烧毁；在穴内撒施石灰粉；发病初期可用100-200PPM农用链霉素或春雷霉素一包兑水150市斤淋湿土壤，连续防治3次，灌根每10-15天一次，连续2-3次。
发病特征：在整个生育周期皆可发病，苗期染病，多发生于茎基部，苗期发病，茎基部呈暗绿色水浸状软腐或猝倒，即苗期猝倒病；有的茎基部呈黑褐色，幼苗枯萎而死；叶片染病，病斑圆形或近圆形，直径2-3厘米，边缘黄绿色，中央暗褐色；果实染病始于蒂部，初生暗绿色水浸状斑，迅速变褐软腐，湿度大时表面长出白色霉层，即病菌孢囊梗及孢子囊，干燥后形成暗褐色条斑，病部以上枝叶迅速凋萎。
发病规律：病菌以菌丝体、卵孢子在土壤中或病组织中越冬，卵孢子借助雨水、灌溉水溅射传播，病菌发育最适温为23℃-31℃，高温高湿有利于病菌发生。
防治方法：
1、若辣椒疫病是土壤传染，防治时必须用农药灌根。
2、防治关键时间为6月中、下旬?辣椒开花盛期挂果期，一般为浇完头水后1-2天内进行灌根。
3、有效农药用25%早霜灵或58%早霜灵锰锌，浓度为500倍液灌根，每穴灌0.3-0.4斤效果最好。
白粉病发病特征：辣椒白粉病由子囊菌亚门真菌鞭靼内丝白菌引起，叶片，老叶、嫩叶均可染病。在田间主要靠气流传播蔓延。稍干燥条件下该病容易流行。病叶正面初生褪绿小黄点，后扩展为边缘不明显的褪绿黄色斑驳。病部背面产出白粉状物，严重时病斑密布，致使全叶变黄，大量脱落形成光秆，严重影响产量和品质。
防治方法：
1．种植时选择抗病性较好的品种并用新高脂膜拌种（能驱避地下病虫，隔离病毒感染，不影响萌发吸胀功能，加强呼吸强度，提高种子发芽率）。
2．种植前深翻土壤，喷洒新高脂膜800倍液杀菌消毒、保温保墒。
3．在辣椒的各个生长期要适时喷洒辣椒壮蒂灵，增强体内营养输送，提高辣椒对外界病菌的抵抗力。
4．发病初期喷洒多氧清1000倍液加杜邦福星3000倍液并加施新高脂膜，效果尤好。
