Question

primer6.0设计引物-如何应用primerprimer6.0设计引物

Answer 1

如何利用Primer6.0进行引物的设计？

1.首先,选取目的基因序列,对格式没有什么要求,只需要将目的基因序列复制就可以。

2.打开File目录下的New,选择Sequence。这里的另一个Project选项是导入文件的方式,也就是将目的基因以文件形式保存的可以直接导入文件。一般通过复制的方式会更方便。

3.打开Sequence后,会弹出粘贴框,只需要将刚刚复制的基因序列粘贴上即可,然后点击下方的Add。

4.选择上方的红蓝双向箭头的按钮进行引物设计,在设计开始前可以更改设计的参数,包括搜索的碱基范围、引物的长度,碱基数,设计结果显示的引物对数等。

5.设置完参数后,点击下方的Search,软件开始分析设计,完成后,点击OK。设计结果就会在下面显示出来。

6.结果中蓝色为前引物,红色为后引物,Rating是对引物的综合评价分数,在上方也会显示引物的优劣,最好的为Best,中等为Good,最次的为Poor。一般选择引物都为Best或Good,其它显示均是无法使用的。

7.在右边还有两个选项,AllPrimers可以查看可选择的多对不同引物。可以根据需要选择合适位置和适当产物长度的引物。选择后需要点击下方的Replace才能替换。

8.AllStructers则可以查看当前选定引物的结构,如发夹结构,引物二聚体和重复碱基等。

9.引物选定完成后,点击下方的引物序列,再右键会弹出复制信息选项,进而将设计好的引物导出。也可以直接以文件的形式将结果导出。

premierprimer6.0产物长度为9000多的引物怎么设计呀？

引物的设计其实和一般的差不多,这么长的PCR主要还是取决于模板的好坏,不知道楼主你的模板是什么来源,基因组DNA的话,建议多做几组不同来源的模板,当然这里引物如果不好的话失败的概率肯定比同样引物不好的情况下P小片段的要高。引物的话还是尽量得分上85吧我觉得,不行的话就往目的片段两端走走。

这么长的片段建议楼主选择强效高保真的酶,比如KODplus,这是我们这里用过的最好的酶。不过价钱也是偏高的。据报道这种酶的保真度是taq酶的80倍,另外最长能够P出20kb的序列。当然这是在非常好的情况下。

同时也可以在反应体系中添加2-5%的DMSO,这样可以帮助扩增。

如果实在不行的话楼主也可以考虑做overlappingPCR,把片段分为2-3个部分来P,不过这样工作量就会大不少。

希望能够帮到你~有问题一起讨论解决哦~

如何应用primerprimer6.0设计引物

引物设计有3条基本原则:首先引物与模板的序列要紧密互补,其次引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构,再次引物不能在模板的非目的位点引发DNA聚合反应(即错配)。引物设计应注意如下要点:1引物的长度一般为15-30bp,常用的是18-2