1、数据链的问题
即便现在最现代化的数据链控制战机，也可能存在被干扰失效，或者数据传输的拥堵问题。自然，如果只是作为侦察机或者攻击机，遥控中断还不要紧，飞机可以处于自动巡航状态。但如果作为战斗机，空战中传输中断，最直接的就是飞机被敌人击落。空战的胜负在双方战机性能接近的情况下，往往决定于几秒钟内。
至于遥控被干扰失控问题，这就是最可怕的。一旦敌人获得你的遥控密码，可能直接使得你的无人机失效甚至反咬一口。目前现有技术是无法根除这个隐患的。
2、无人机的战场感受问题
无人机其实有着很多天生的优势，比如不用考虑飞行员伤亡，不要考虑飞行员身体无法承受剧烈机动等等。但是，无人机的战场感知能力，还不如有人机。一个飞行员在机舱中，可以轻松得到复杂的战场数据，比如天气、地形、燃料水平、驾驶情绪、交战规则、对方飞行器种类判定、武器及防御装配、环境温度等等，然后迅速做出决定。这是无人机目前无法办到的，操作员获得数据较少。
3、无人机的人工智能问题
通过一些算法，让无人机能够迅速进行各种数据分析，让操作者进行迅速决策。或者干脆让无人机直接处于算法的控制下，操作者只是辅助。然而，这些都是理想，目前是实现不了的。打个比方，让一架无人机同一架F16近距离战斗，无人机根本不可能获胜。
4、针对的目标有限
无人战斗机适用于打击固定的战略设施，或是对于地面部队进行打击。因为无人战斗机的作战水平远远低于由飞行员进行操控的常规战机，无法与敌方的常规战斗机进行缠斗，否则付出的代价较大还不一定能够取得预期的成果。若是与实力较为雄厚的大国进行空中作战，用无人机作战群取代有人作战飞机还是不太合适。
5、对定位系统的依赖
想要实现全面采用无人机作战的设想，就必须要解决在定位系统方面受到的限制问题。目前只有中美俄以及欧盟拥有自主研发的全球卫星定位系统，且这些系统的水平高低不一，其中还是美国的GPS系统的性能独占鳌头。
除此之外，其他国家并没有自己研发出来的全球卫星定位系统，那么一旦这些国家利用无人机对拥有定位系统的国家作战，定位系统拥有国只要关闭系统，这些无人机就会变成无头苍蝇，寻找不到目标，只能被动挨打了。虽说有人作战飞机在此方面也会受到限制，但无人飞机对定位系统的依赖性还是要强得多。
