Question

生物信息学在分离克隆基因中有哪些应用？

Answer 1

生物信息学（bioinformatics）是生物学、计算机科学以及应用数学等学科相互交叉而形成的一门新兴学科，它以计算机为主要工具，开发各种软件，对日益增长的DNA和蛋白质的序列和结构等相关信息进行收集、储存、发行、提取、加工、分析和研究，同时建立理论模型，指导实验研究。基因组信息学的首要任务之一就是发现新的基因。

如利用EST数据库发现新基因（电脑克隆），寻找到与克隆有关的EST后，用电子cDNA文库进行筛选；通过生物信息学软件进行分析和查询，最终获得一个基因的全长cDNA；通过保守区发现和克隆基因，即利用同源蛋白质的保守序列或同源基因区段进行电子筛选，再进一步拼接、延伸从而获得全长的cDNA；从大规模cDNA文库测序的序列中确定新基因，首先确定获得的cDNA是否为基因全长cDNA，确定是否有典型的阅读框（ORF）及3′端及5′端。而后可以通过网上搜索确定是否为新的基因，若通过检验则为新基因。

除上述几种基本的方法外，随着生物技术的发展和传统技术的改良，基因克隆的方法又有许多新的技术出现，如基因表达序类标记分析（SAGE）；由DDRT-PCR演变而来的代表性差异分析（RDA），包括基因组DNA（gDNA）的RDA和cDNA的RDA；转录活动的DNA差减杂交技术（TADSH）、利用限制性片段多态性的cDNA-AFLP等等，这些技术作为基因分离克隆的方法，较以前的技术都具有一定的优点，又有各自的不尽相同的用途。