我认为“真怀念武天老师还是天下第一的时代。”
——by 三代目 猿飞日斩
一直到火影的版本更新到鸣人返乡甚至说更新到佩恩之战后，我们都可以摸着良心、带着脑子回答你：三代老头儿年轻那会儿应该就是最强的——毕竟一把年纪了，雷达图都这么吓人，年轻时搞不好是八边形战士。
可是更新到四战之后，嘿嘿嘿，岸本老师公式书里都直接不放雷达图了。你们懂的！毕竟再这样鬼扯，自己都看不下去，还是打个马虎眼过去吧。
题主想问的应当是战斗力方面，大后期才“真正”登场的千手柱间必然远远强于猿飞日斩。当然一定要从“政绩”出发，那就看你们想怎么吹了。
或者可以说是，
没法比
因为压根就不是一个量级的
从初代最早登场的时候 岸本就已经告诉我们答
案了
即使对付转生精度并不高的初代和二代
三代也已经放弃了全身而退的想法
用命来封印 同归于尽
初代和二代再次出场 转生精度更高了
单单释放气势 三代和四代就吓出汗了
对付个准木人的圈圈脸 从鸣人佐助双双濒死到无限月读发动
三代都没有搞定
要是对上货真价实的真数千手 画面太美不敢想象
以上种种都是岸本在告诉我们 这两人压根不在一条水平线上
最开始疾风传前 岸本设定是三代是最强火影
但是后面超出他原本的计划了 所以变成初代最
强（说白了就是画崩了 超出预计太多了）
按初设定三代更强，按挂逼设定天渊之别没得比。
所以按最初设定来看吧。
初代是体术续航持续爆发型。
查克拉量是忍者史上数一数二的，加上仙术加持，战斗风格以持续的防御性输出，即完全不考虑战术和查克拉管理，战斗中不以精确打击为主，而是通过大范围高伤害的忍术和体术仙术迫使对方防御和消耗，擅长的是消耗战，防御战。这种风格侵略性强但并不真正致命，缺乏最后一击的战术和手段，但是大伤害对持续优势和主动权夺取几乎是一流的。
总而言之，攻击力强攻击性弱，决胜手段依
赖仙术，属于打法稳健而强硬，但同实力水平下真的打起来不足为惧的类型。战斗是大循环，节奏感差，以不变应万变，树界——仙术——轰杀一套打法猛如虎而且吃遍天下无敌手，没有决定性的打击。静态实力吃定一切，战斗流程以快速碾压为主，容易被反杀。
对大多数忍者来说，无论天赋还是血统都是非主流的类型。然而在大部队作战上获取全局主导和优势是顶尖高手。
三代属于体忍术战术生存型。
这个类型的优势在于，面板没有短板，五属性变化广泛，战场适应性强，战术多变可攻可守。而缺陷也在于没有优势属性，战场控制力和主动权夺取水平低下，即使对手水平很低也常常需要靠劣势逆转的方式获胜。同时，见多识广，善于根据对手弱点制订对策，但也意味着相对冗长的战斗和缓慢的节奏。
这个类型是看上去最弱，而其实是最难缠的，典型代表就是猿飞日斩和旗木卡卡西。他们在战斗之前往往做得最多的，就是查克拉管理——行动，遇敌，试探，对策，反击，击杀，预防敌人增援，每个环节都需要精确考虑查克拉消耗和预留一部分查克拉保命。生存能力一流，战斗风格极为朴实，节奏感极强，易学难精，善于破解对手的秘术。
与此同时，猿魔也是超强的战术型通灵，和三代相性一流。
总的来说，三代是玩家，看着很弱，但靠对策妥妥以弱胜强，比如灰烬大人和猎人大人；初代是大型boss，特别吓人但掌握套路就不难打，比如格拉汉琼斯，伪神像或者霸王沃尼尔。反过来看，三代是act里最难打的那类boss，就是人形boss，比如尤里乌斯，维吉尔，幻心；而初代就属于欧美act的主角，招式技能华丽，范围大，但只有那三板斧而且操作很不灵活，比如暗黑血统的战争和死神
以上分析，初代和三代的战斗大概是——初代先攻，改变战场局势招出通灵，三代连续躲闪替身并分析初代技能特性制定针对策略:卡地形和视角。三代召唤猿魔，如意棒招架初代攻击被击飞，初代持续放出大范围攻击技能并开启仙术捕捉三代。三代谨慎采用防御性忍术并开始以火遁消除地形束缚。
初代再攻，场地完全进入木遁范围，初代开始以仙术感知对手。（以三代的设定，应该对仙术有所了解），躲避中的三代发觉初代的攻击开始精确，了解到对方的仙术使用，开始利用仙术的回气bug，致力于防御和替身瞬身的同时逐渐等待机会。(这里作何解释，仙术修炼者除了天秤之外所有人都应该有回气bug，而自来也和鸣人通过老蛤蟆克服了一部分，假设初代在掌握仙术后，通过木遁本身的生命力摄入自然查克拉，但是和鸣人以及自来也一样只能抵消一部分bug。)
初代出现回气间隙的征兆，三代A了上去，而实际上初代摆了对手一道，残留了少量仙术查克拉，木分身+仙术重创三代并迅速回气。没想到三代抓住的并非回气间隔，而正是初代在获胜瞬间放下的仙术感知，之前被重创的是通灵的猿魔。以猿魔重创为代价的三代最终抓住了转瞬即逝的机会，以火遁和封印术结合击败初代。
