Question

there was a boy and his little sister 为何有was？

there (be) a boy and his little sister living in a village 空上填什么

Answer 1

填is，因为就近一致原则。
在there be句型中，如果"be"后的主语是由and连接的两个或两个以上的名词，那么be的形式要遵循“就近一致原则”。也就是说，"be”的形式是由与它最近的那个名词来确定的。若那个名词是单数或不可数名词要用is , 是复数就用are. 
这里最近的是a boy，所以用is。

Answer 2

你好，这里的there be句式是一个强调句式，和插入语差不多，也就是说在这里把它去掉其他的单词也可以组成一个句子。

Answer 3

there was a boy and his little sister 为何有was？
there (be) a boy and his little sister living in a village 空上填什么