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Nature | 海军军医大学王红阳院士团队揭示肝癌基因组变异景观

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原创 想退休的老小孩 图灵基因2024-02-27 12:02 江苏

海军军医大学王红阳院士/陈磊研究员团队与北京大学、杜克-新加坡国立大学医学院和福建和瑞基因合作，在Nature上发表题为“Deep whole-genome analysis of 494 hepatocellular carcinomas”的文章，揭示了中国人群肝细胞癌全基因组变异景观。

研究团队对中国不同地区的494例肝细胞癌患者肿瘤组织进行了高深度全基因组测序，深入分析了编码区和非编码区的基因变异，包括驱动基因、突变印记、拷贝数变异、聚集式变异事件、染色体外环状DNA以及突变演进规律等特征。研究发现，以HBV相关肝细胞癌为主的全基因组变异景观，为深入理解中国人群肝细胞癌的演进机理提供了重要的线索。

研究结果包括对494个肝细胞癌肿瘤的深度全基因组测序，确定了6个编码和28个非编码的先前未描述的驱动基因候选者。研究发现了5个未描述的突变特征，包括与马兜铃酸相关的独立和双碱基特征以及一个名为SBS_H8的单碱基取代特征。研究还揭示了亚克隆聚集性改变、染色体碎裂、染色体重排和基因组区域发生的多个突变簇，以及非编码突变与肝脏代谢失调的联系。FGA被确定为候选编码和非编码驱动因素，调节HCC的进展和转移。

研究数据揭示了中国人HCC的详细基因组景观和进化史，提供了重要的临床意义。研究团队还对494个肿瘤进行了RNA测序分析，确定了23个候选编码驱动程序，包括TP53、CTNNB1和ALB。研究还鉴定了28个候选非编码驱动因子，包括6个启动子、8个长非编码RNA（lncRNA）、4个lncRNA启动子、5个5′非翻译区（UTR）和8个3′UTR。研究发现SBS_H8特征、HBV整合和不同的病因相关进化史在HCC中广泛报道，提供了丰富的资源来研究非编码突变在肝癌发生过程中的作用。

研究数据还揭示了HBV整合可以作为ecDNA环化，导致癌基因转录水平更高，其特征是染色质可及性增强。研究团队对494个HCC肿瘤的克隆组成进行了准确的确定，识别出一系列亚克隆事件，发现八分之五的非编码驱动因素显示出亚克隆突变的显著富集。研究结果重建了HCC的高分辨率进化史，揭示了中国HCC患者肿瘤中富集的基因组变化和过程。

研究结论强调了中国人HCC的全面基因组景观，涵盖了多种类型的体细胞改变。研究发现的不同基因改变如何与肿瘤微环境中不同的免疫和基质细胞类型协同作用值得深入研究。研究团队提供了宝贵的资源，为HCC的致癌作用以及对HCC诊断和治疗的临床意义提供了重要的生物学见解。

该研究是一项宝贵的资源，为HCC的致癌作用以及对HCC诊断和治疗的临床意义提供了重要的生物学见解。研究团队使用高深度全基因组测序技术，对中国人群肝细胞癌的基因组变异景观进行了深入分析，揭示了中国HCC患者肿瘤中独特的基因组变化和过程，为理解中国人群肝细胞癌的演进机理提供了重要的线索。

通过对中国不同地区的494例肝细胞癌患者肿瘤组织进行高深度全基因组测序，研究团队确定了6个编码和28个非编码的先前未描述的驱动基因候选者。研究发现了5个未描述的突变特征，包括与马兜铃酸相关的独立和双碱基特征以及一个名为SBS_H8的单碱基取代特征。研究还揭示了亚克隆聚集性改变、染色体碎裂、染色体重排和基因组区域发生的多个突变簇，以及非编码突变与肝脏代谢失调的联系。FGA被确定为候选编码和非编码驱动因素，调节HCC的进展和转移。

研究数据还揭示了HBV整合可以作为ecDNA环化，导致癌基因转录水平更高，其特征是染色质可及性增强。研究团队对494个HCC肿瘤的克隆组成进行了准确的确定，识别出一系列亚克隆事件，发现八分之五的非编码驱动因素显示出亚克隆突变的显著富集。研究结果重建了HCC的高分辨率进化史，揭示了中国HCC患者肿瘤中富集的基因组变化和过程。

研究团队还分析了HBV在ecDNA中的整合，发现HBV片段在ecDNA中的整合导致了癌基因拷贝数增加和表达水平增加。此外，研究团队还研究了SBS_H8特征、HBV整合和不同的病因相关进化史在HCC中的作用，揭示了非编码事件在HCC进化过程中的普遍贡献。

研究结论强调了中国人HCC的全面基因组景观，涵盖了多种类型的体细胞改变。研究发现的不同基因改变如何与肿瘤微环境中不同的免疫和基质细胞类型协同作用值得深入研究。研究团队提供的资源对于理解中国人群肝细胞癌的演进机理、致癌作用以及对HCC诊断和治疗的临床意义具有重要意义。

研究团队使用高深度全基因组测序技术，对中国人群肝细胞癌的基因组变异景观进行了深入分析，揭示了中国HCC患者肿瘤中独特的基因组变化和过程，为理解中国人群肝细胞癌的演进机理提供了重要的线索。研究结果不仅提供了对HCC的全面理解，还为开发更有效的诊断和治疗方法提供了潜在的靶点和策略。