医院设有风湿病科、内分泌科、心血管科、肾内科、呼吸科、脾胃病科、外科、妇科、儿科、肛肠科、肿瘤科、眼科、骨科、皮肤性病科、泌尿男科、针灸科、耳鼻喉科、心理科、心身医学科、口腔科、手术麻醉科、急诊科、感染疾病科、肝炎门诊、肠道门诊和艾滋病门诊等临床科室26个；有药剂、放射、核医学、检验、超声、病理、功能检查、营养科等医技科室8个；有基础研究室（分子生物学研究室、免疫学研究室、中药药理研究室）3个，临床药学研究室及肿瘤、糖尿病、肛肠、眼科、皮肤、泌尿、骨科、艾滋病、护理、老中医经验继承等临床研究室11个，标准清洁级实验动物中心1个。
