顺势疗法的反对声音
反伪科学学者、生物化学博士方舟子曾撰写《“分子顺势疗法”来了》一文，对顺势疗法的历史与现状进行了详细的阐述。
他认为顺势疗法原理荒谬，药物无效，服用高度稀释的药物，实际上已经等同于饮水：“市场上销售的顺势疗法药物常见的有用蒸馏水把药物稀释了10的30次方的。这是什么概念呢？往海洋里滴一滴水，也不过被稀释了10的26次方，也就是说，其有效成分的浓度，比沧海一粟还要低1万倍，事实上是什么都没有。根据阿芙伽德罗定律，1摩尔的任何物质包含有大约10的24次方个分子，也就是说，稀释到10的24次方以后，已不可能含有被稀释的成分的一个分子，全都是水分子了。”而正因为如此，顺势疗法药物的制取成本极低，几乎与水相近。
至于所谓的服药后病情好转，则可能属于“安慰剂效应”。“的确可能有不少人亲身体验过另类医术的有效性，因此对之深信不疑并为之义务宣传。其实原因很简单，许多疾病具有所谓自限性，本来不经任何有效治疗也会自愈或好转，尤其是在心理暗示的作用下会好得更快，出现了安慰剂效应。此外，有些疾病，患者喝水对恢复身体健康也有好处。” 早在1952年，美国著名科普作家马丁·加德纳在其作品《Fads and Fallacies in the Name of Science》(西方伪科学种种)中即对顺势疗法进行了精辟的描述，并记载道：“1900年以后，这一运动(指顺势疗法的热潮)开始衰落、美国的顺势疗法医学院一个接一个地消失了。一些比较兴旺的学院，如曼哈顿的纽约医学院和费城的哈内曼医学院，不断减少顺势疗法的课程之后，渐渐演变成为令人信服的第一流医学院。今天在美国已不存在顺势疗法医学院，虽然有少数几所院校，如上述那两所，开设顺势疗法的研究生课程。”
而伦敦大学学院药理学教授大卫·科克伦在2006年7月27日的《自然》杂志上发表了一篇质疑顺势疗法的论文，他认为，顺势疗法不过是在玩数字游戏。牛津大学一直在进行一些有关顺势疗法的论证实验，但是实验结果也不能令人满意。2003年的牛津大学网站上公布了对顺势疗法的一个论证结果，发现用这种治疗方法治疗一些经常头痛的患者并没有起到很好的效果。6名接受顺势疗法的患者，常年受到头痛的侵扰，但是在接受顺势疗法一段时间后，头痛的毛病并未缓解。而且至今没有任何一个科学家可以为顺势疗法的治疗效果提出完整合理的解释。美国食品药品管理局对顺势疗法的管理也是由松到紧，1978年从非处方药规划到了处方药当中，而且必须在出售之前送到食品药品管理局进行重新检验以保证它的安全性。
另一方面世界卫生组织(WHO)提出警告，顺势疗法不见得是治愈良方；对于一些发展中国家的病患，反而有威胁生命的疑虑。 2009年六月，「年轻科学家网络之声」团体向世界卫生组织发声，表明「不应提倡以顺势疗法治疗肺结核、婴儿腹泻、流感、疟疾、艾滋病等疾病」。 这些来自英国、非洲的医生以他们服务乡村居民的经验出发，认为「顺势疗法并没有使病患幸免于难，反而因为没有对症下药而丧失性命」。
皇家利物浦大学医院 Nick Beeching博士表示，顺势疗法没有任何明确证据证明其对感染有任何疗效。 世界卫生组织控制结核司主任Mario Raviglione博士表示：“我们基于实际证据的世卫组织结核防治方针，也就是《结核防治国际标准》(ISTC)不建议使用顺势疗法。”
世界卫生组织艾滋病毒/艾滋病司署署长Teguest Guerma博士说：“……世界卫生组织向艾滋病毒/艾滋病投入相当多的人力和财力资源，以确保利用实际证据为基础的医疗信息并临床验证有效地、安全地治疗艾滋病......让我以因他们的努力，以确保证据为基础的方法来治疗和护理艾滋病病毒感染者而祝贺Sense of Science组织（注：反对顺势疗法的英国青年科学家组织）中年轻的临床医生和研究人员结束。“
世界卫生组织全球疟疾防治规划副主任Sergio Spinaci博士说：“感谢这些令人惊奇的报告（指Sense of Science组织于2009年作出的报告）及在这一争议方面的密告，……全球疟疾防治规划建议遵从世界卫生组织疟疾治疗方针治疗疟疾。这一方针不包含任何顺势疗法的应用。”
Joe Martines,世界卫生组织儿童和青少年健康与发展部主任Elizabeth Mason博士的代表，表示“我们至今没有发现任何证据，顺势疗法会对治疗小儿腹泻带来任何好处。顺势疗法不关注脱水的治疗与缓解，这与我们的科学原则及我们对腹泻治疗的建议完全矛盾。”
世界卫生组织总干事陈冯富珍办公室于2009年8月14日表示上述反馈“明确表达了世卫组织的立场。”
