理论上是可以会考考英语而高考报日语的。
题主的问题可以说非常好了，这确实是很多想学日语的孩子会遇到的实际问题。
高考和会考，这是两个不同的考试体系。会考属合格性考试，通过即可；高考属选拔性考试，分数为王道。会考一般各省命题、考试时间也不同，在通过后会记学业水平考试“外语”科目为合格（或ABCD等级）；高考虽也有独立命题的省份，但为全国统一招生考试，“外语”科目记你实考的语种分数。
二者其实是相对独立的，所以在考试报名时并不会产生相关限制。即会考、高考都是自主选择的，不会出现“会考考了英语，高考自动锁定为英语”的情况。
一般省份录取都是“两个依据，一个参考”，依据“会考等级（几个A几个B之类的要求）”和“高考分数”择优录取，二者其实都不会体现出你考的是英语还是日语的，只不过在具体学校、专业填报时对日语语种考生有所限制。
因此，理论上是可以会考考英语、高考考日语的。但在实际录取过程中，高校可能会注意到你的这种情况（其实作为日语考生，你的高考日语成绩够了，谁还会看一个会考英语的成绩呢？），不过不会造成录取困难。
注意！以上分析，建立在现有政策、通知的基础上，如果后续真就来了个不行的通知，那也没办法 -。-
学校、老师面对这种情况，肯定是不愿意自己的学生做第一个吃螃蟹的人的，而网上能摆出可信实例的也比较少，对此的答复也没有定调，在亲眼见过别人这样操作之前，必然都会说“不能改、不可以”。
所以同学如果也不放心，一定要咨询省招办或省教育厅（市教育局估计也不好回答，建议直接省级的），如果没有先例可以参考，那就需要同学自己考虑斟酌了。
附：另外一个类似的问题是“第一次外语考试（部分省市外语两次考试机会）考了英语，第二次（即高考）可以改考日语吗？”，这个应该是不行的，因为两次考试成绩都是为高考服务的，且都发生在高考报名之后，一般都是在高考报名时就确认了这两次考试的语种。
