黑暗组织的成员（黑暗组织成员大曝光）
灰原衰曾说过：“工藤君，也许你不知道，你已经深深地介入到我们组织从半世纪前就开始的秘密计划当中了”
另外需要和大家另外说明的是，青山刚昌已明确表示黑衣组织与其另一部作品《魔术快斗》中暗杀第一代基德黑羽盗一、夺取命运之石“潘多拉”的“神秘组织”不是同一个组织，怪盗基德在“漆黑的特快列车”系列以后也不会再与黑衣组织有交集。
黑暗组织成员
组织头领：乌丸莲耶
黑衣组织的首领隐藏了二十多年，终于现身了，虽然只是一个名字和一个阴影，连长相都没暴露，不过也算给等了这么多年的漫迷们一个交代。此前什么阿笠博士、工藤优作甚至毛利小五郎是幕后boss的传言总算是可以打消了。乌丸莲耶是一位富豪，黄昏别馆的主人，在五十年前神秘离世，实际上是转入地下筹划着什么，具体内容暂时无从知晓，做事非常谨慎，十分忌惮赤井秀一，称他为“银色子弹”。
朗姆（Rum，ラム）
黑衣组织的二号人物，Boss的心腹。性别不明，外貌有多种传闻。 在事故中某只眼睛受伤，所以装的是义眼。
琴酒（Gin，ジン）
黑衣组织重要成员，经常和伏特加一起出现。是最早登场也是最重要的组织成员之一。银色（动画早期为金色）长发，左撇子。冷酷残忍，头脑冷静，似乎可以毫不犹豫地杀死任何人。经常执行各种暗杀和清除组织内奸的任务，自称从不去记杀掉的人的姓名和长相。是给新一灌下APTX4869使其身体变小的罪魁祸首。爱车是黑色的保时捷356A。
伏特加（Vodka，ウォッカ）
黑衣组织重要成员，琴酒的搭档，最早登场的组织成员之一。总是带着墨镜。但头脑简单，做事稍不细密。完全服从琴酒且一起行动，尊称琴酒为“大哥”。
朗姆（Rum，ラム）
黑衣组织的二号人物，Boss的心腹。性别不明，外貌有多种传闻。 在事故中某只眼睛受伤，所以装的是义眼。
琴酒（Gin，ジン）
黑衣组织重要成员，经常和伏特加一起出现。是最早登场也是最重要的组织成员之一。银色（动画早期为金色）长发，左撇子。冷酷残忍，头脑冷静，似乎可以毫不犹豫地杀死任何人。经常执行各种暗杀和清除组织内奸的任务，自称从不去记杀掉的人的姓名和长相。是给新一灌下APTX4869使其身体变小的罪魁祸首。爱车是黑色的保时捷356A。
伏特加（Vodka，ウォッカ）
黑衣组织重要成员，琴酒的搭档，最早登场的组织成员之一。总是带着墨镜。但头脑简单，做事稍不细密。完全服从琴酒且一起行动，尊称琴酒为“大哥”。
贝尔摩得（Vermouth，ベルモット，又译苦艾酒）
黑衣组织重要成员。真实身份为美国大明星莎朗·温亚德，因某种原因恢复年轻或停止衰老（具体不详），而后对外宣称为“莎朗的女儿”克丽丝·温亚德。精通易容与变声。负责收集重要情报，是个“秘密主义者”。在纽约的时候，新一和小兰曾救过她，此后一直保护两人。知道柯南和灰原的真实身份，但却并没有上报组织，原因似乎也与她自身原因有关。与Boss有着特殊关系，具体不明。
雪莉（Sherry，シェリー；已脱离组织）
黑衣组织重要成员。本名宫野志保。组织中的科学家，药物APTX4869的制造者。据琴酒所言是“在组织里算是少数头脑顶尖的人”。但在组织杀害她的姐姐宫野明美后以停止研发以示抗议，被组织囚禁时服下APTX4869自尽，却身体恢复幼年并逃出组织。化名灰原哀，阿笠博士将之收留。
皮斯克（Pisco， ピスコ；死亡）
黑衣组织元老级成员。本名枡山宪三，71岁，汽车公司董事长。与Boss关系密切。与宫野夫妇交情很深，了解到一些开发中的药物情况，并见过幼年志保。在暗杀政治家吞口重彦的行动时失误，在Boss的要求下被琴酒灭口。曾一度认出灰原哀为宫野志保，并暗杀其未遂。
龙舌兰（Tequila，テキーラ；死亡）
黑衣组织成员，操关西口音的大汉。在一次和满天堂公司职员交易时因拿错箱子而被误炸而死。曾与电脑工程师板仓卓接触过。
卡尔瓦多斯（Calvados，カルバドス；死亡）
黑衣组织中的狙击手。持各种武器，最喜欢用霰弹枪。因迷恋贝尔摩得而参与到贝尔摩得与FBI的对决中，被赤井秀一击伤，在被带走调查前自杀身亡。
基安蒂（Chianti，キアンティ）
黑衣组织中的狙击手，与科恩搭档，有效射程为600码左右，实力强劲。左眼有凤尾蝶图案纹身并且常画很重的眼影。性格激进，痛恨对卡尔瓦多斯见死不救的贝尔摩得。
科恩（Korn，コルン）
黑衣组织中的狙击手，与基安蒂搭档，狙击能力在600码左右，技术出众。性格冷酷、沉默寡言。参与过多次暗杀行动。同样讨厌贝尔摩得。
宫野厚司（死亡）
黑衣组织中的科学家，宫野明美、宫野志保的父亲，在科学界以遭驱逐的“疯狂科学家”而闻名。和妻子宫野艾莲娜一起进行“使死者复活的秘密药物”的研究。在志保出生后不久便与妻子一同“意外死亡”。
宫野艾莲娜（死亡）
黑衣组织中的科学家，英国人，宫野明美、宫野志保的母亲。和丈夫宫野厚司一起进行药物研究。沉默寡言，人称“坠入地狱的天使（Hell Angel）”。在志保出生后不久便与丈夫一同“意外死亡”。生前对自己的死亡有所察觉，并且为尚且年幼的女儿志保留下了几盘录音。
