Question

There is a pen and two balls.和Where are the mother and her babies?这两句话请判断一下对错，谢谢！

Answer 1

楼主的两个句子均为正确表达。楼主的问题实为英语句子中的“主谓一致”问题。
第一句符合“就近原则”。当there be后面跟着两个以上的主语时，be的形式要与最靠近它的主语的单复数保持一致。据此，楼主的这个句子，后面有a pen and two balls，而最前面的那个主语是a pen。故要用is。
此外，neither。。。nor。。。，either。。。or。。。做主语时也有相同的用法。

第二句
句子的谓语形式取决于主语。楼主的这个句子的主语是the mother and her babies，复数，谓语动词自然要用are。

最后，祝你进步！

Answer 2

两个句子都对
there be 结构遵循就近原则

There is a pen and two balls.
Where are the mother and her babies?