（1）打捞菌核。
纹枯病主要靠菌核在稻田里越冬，越冬的菌核经过冬春到早稻插秧时，一般有60%～70%的菌核能发芽。落在田里的菌核数量和发病有一定的关系，上年或上季发病重的田块，落在田里的菌核都比水轻，在长时间内能随水漂浮，稻田灌水后，捞除浮在水面上的菌核，能减少初次浸染的菌源，有效地减轻水稻前期发病率。捞除的方法是在田面耙平以后，适当加深水层，然后用簸箕等工具把浮在水面上的浪渣和菌核捞起，挑离稻田，深埋或晒干烧毁。
（2）肥水管理。
加强肥水管理，提高秧苗抗病能力。偏迟、偏重施用氮肥、长期灌深水都易造成秧苗茎叶柔软嫩绿，郁闭严重而降低抗病能力，加重纹枯病发生。因此，在施肥策略上要掌握以下3条原则：一是重视基肥，多施农家肥和有机肥，一般基肥用量应占总施肥量的60%。二是氮、磷、钾三要素合理搭配，特别是氮肥施用量不能过量。三是追肥要早、要适量，要按“前重、中控、后补”的方法追施。氮肥不能追施过迟，以免引起禾苗贪青而导致纹枯病的大发生。在水分管理上，实行浅、露、搁、活的灌溉方法，解决土壤中的水、气矛盾。在水稻分蘖阶段要实行浅水勤灌，适当露田，以利排毒增气，促根壮蘖；分蘖末期适时适度搁田，控制无效分蘖，抑制茎叶徒长；进入孕穗期后，应实行活水灌溉；到灌浆结实期则要坚持干干湿湿，促进秧苗生长清秀，无病到老。
（3）毒土预防。
采用甲基砷酸锌毒土预防，能抑制纹枯病菌丝的生长和萌发，而且药效稳定，残效期长，施用后能被稻根吸收，也能渗入叶片，具有保护和防治作用。要求在水稻插后15～20天以内施完，备用20%甲基砷酸锌250克拌细土25千克，均匀撒入水稻田内，预防效果显著。据对比调查，用甲基砷酸锌撒毒土的秧苗田病穴率为10%左右，未撒毒土的田块，病穴率在50%以上。但使用甲基砷酸锌时，一定要在孕穗期以前，禁止在孕穗期或生育后期使用，因为甲基砷酸锌有杀雄功能，在孕穗期使用，轻者出现空穗秕谷，重者不能抽穗。尤其是在高温缺氮和缺钾时，对水稻产量影响更大。
（4）药剂防治。
水稻纹枯病的发生一般前期发展较慢，后期上升较快。因此，在早稻分蘖盛期应加强田间调查，当遇到高温高湿天气，田间病穴率在30%左右时就应立即用药防治。药剂可选用5%井冈霉素水剂每亩0.2千克对水50千克，并根据发病程度和天气情况，连喷2～3次。晚稻生育期短，纹枯病从始发到爆发相距时间一般在半月左右。因此，宜用药2次，一般在拔节孕穗期用药1次，隔7天后再用药1次。鉴于纹枯病都是从病株下部向上延伸，喷药应着重喷在稻株的中下部，才能收到良好的效果。
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