Question

各位大虾，请问在NCBI上怎么找到一个基因的外显子和内含子？

哪位大神，教教我怎么在NCBI上怎么找到一个基因的外显子和内含子？比如帮我查找ABL基因的5号外显子和5号内含子，最好能按步骤截图说明一下

Answer 1

事实上，在NCBI有很多种办法可以确定某个基因的外显子或者内含子，当然还有UTR区域。今天我们来介绍NCBI的其中一个使用软件Splign来在NCBI上找到一个基因的外显子和内含子。操作步骤如下：

1.在Gene数据库，填入基因名HNF-4，我一般的话习惯叫Symbol，每个基因都有个Symbol，即基因名。

2.我们来mouse的HNF4基因来作为今天的例子。Symbol会随着版本的升级而变化，当然，以前使用过的基因名也会保留着。而Symbol会对应一个GeneID，无论Symbol如何改变，GeneID是唯一的。这个ID是非常重要的。在这个页面，我们将看到HNF4基因的结构图，从图中给出的信息可以看出，HNF4基因有10个外显子。蓝色部分是UTR区，显示在5’端有一小段序列和3’端有一大段序列是UTR。

3.在HNF-4基因的RefSeq区域，我们将可以看到这个基因的参考序列，有mRNA和基因组的。这个区域不一定每个基因都有。NM_开头的序列都是参考序列。

4.接下来我们进入Splign的online界面，你可以通过mRNA和基因组的Accession或是它们Fasta格式的序列进行对比，要注意基因组的序列不要太长。推荐直接在下拉框选项里选择，一般常用的生物都在。

5.结果一目了然，10个外显子，而且还显示mRNA以及对应的基因组比对的序列，并且还可以知道某个外显子在mRNA序列上的区域。就连UTR区的序列也知道了。

Answer 2

现到http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene

然后输入ABL[sym] ，代表你是在查找ABL为缩写符号的基因
就会得到
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/?term=ABL[sym]
第一个就是人类ABL基因，再点开，得到

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/25
该基因位于第9号染色体130713881..130887675。

下拉到第三栏灰色条“Genomic regions, transcripts, and products”，点击偏右侧的，Go to nucleotide: 最后那个GenBank

得到
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000009.12?report=genbank&from=130713881&to=130887675

向下拉，你会看到 gene 1..173795就是说该基因全长

然后是mRNA, 你会看到有11段数值，这就是该基因11个外显子的位置。同理，CDs，就是11个外显子的编码区域了。

具体的序列，你在下面根据数值段就可以得到了。

追问

谢谢你的回答，我还想了解如果我想要知道这个基因ABL的2号内含子，请问该怎么找？

追答

同样的，在最后一步找到第二和第三外显子之间的序列就是2号内含子了。

Answer 3

使用NCBI查找基因序列教程