1、控制权不同
事业单位接受政府领导,是表现形式为组织或机构的法人实体。
国有企业由国家对其资本拥有所有权或者控制权,政府的意志和利益决定了国有企业的行为。

2、特征不同
事业单位提供公共服务,属于非公共权力机构和知识密集型组织;经费来源的国产化;范围的广泛性。
国企从事生产经营活动,由多数人组成的组织体;依法设立,法律确认其一定权利义务。
3、性质不同
事业单位是以政府职能、公益服务为主要宗旨的一些公益性单位、非公益性职能部门等。它参与社会事务管理,履行管理和服务职能,宗旨是为社会服务,主要从事教育、科技、文化、卫生等活动。
国企是全民所有制企业的性质,实质就是企业生产资料归全体人民共同所有。