Question

我现在有了一个基因的cDNA序列，现在想找到这个基因的内含子序列，怎么办？

听说有一种方法是找相近物种该基因的全序列，然后做比对然后找到内含子位置，再设计引物将内含子区域测序？有没有用过这种方法的？能不能说一下具体怎么操作？选什么物种？用什么软件比较序列？

Answer 1

为具有与某RNA链呈互补的碱基序列的单链DNA即complementary DNA之缩写，或此DNA链与具有与之互补的碱基序列的DNA链所形成的DNA双链。与RNA链互补的单链DNA，以其RNA为模板，在适当引物的存在下，由依赖RNA的DNA聚合酶（反转录酶）的作用而合成，并且在合成单链cDNA后，在用碱处理除去与其对应的RNA以后，以单链cDNA为模板，由依赖DNA的DNA聚合酶或依赖RNA的DNA聚合酶的作用合成双链cDNA。真核生物的信使RNA或其他RNA的cDNA，在遗传工程方面广为应用。在这种情况下，mRNA的cDNA，与原来基因的DNA（基因组DNA，genomic DNA）不同而无内含子；相反地对应于在原来基因中没有的而在mRNA存在的3′末端的多A序列等的核苷序列上，与exon序列、先导序列以及后续序列等一起反映出mRNA结构。cDNA同样可以被克隆。

Answer 2

先做一个blast 物种选一个接近的 然后找到可能的内含子位置（不止一种） 根据这些位置在原来cdna基础上设计引物测序 来确定内含子序列。
特殊软件不用 在ncbi上的软件就行