海南省妇幼保健院按照功能标准设置了健康教育科、信息资料科、妇幼卫生项目技术指导办公室、妇女保健科、儿童保健科、新生儿疾病筛查中心、产前筛查技术指导中心、儿童训练室、儿童孤独症、语言障碍等训练中心。临床科室包括:妇科、产科、儿科、新生儿科、小儿外科、乳腺外科、中医科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、麻醉科、手术医疗室、药剂科、检验科、病理科、放射线科、心电图室、脑电图室、超声诊断室等。行政职能科室包括:办公室、医务科、护理部、医保办、财务科、后勤供应科、基建设备科等。另设海南省妇幼保健院党支部、共青团支部、工会委员会。
