我的女神的剧场版
2000年10月21日、松竹西画系的剧场公开。被认为是20世纪最后的大型赛璐璐动画电影。 故事讲的是贝露丹蒂的老师瑟雷斯迪因为犯了大罪，被天界评议会判决剥夺肉体，禁锢在月球表面上，而负责看守的妖精打开天牢封印带走瑟雷斯迪的精神体，前往地球。
这是萤一与贝露丹蒂相遇后的第三个年头 ，瑟雷斯迪的身影出现在贝露丹蒂面前。天上界的系统因为不明原因出现状况，URD在本愿寺接到电话，寻找贝露丹蒂查找原因。贝露丹蒂此刻已经失去知觉，URD攻击瑟雷斯迪，瑟雷斯迪立刻失去踪影，只留下萤一、URD和昏迷的贝露丹蒂。
贝露丹蒂的意识在一片混沌中走着。 两人带着昏迷的贝露丹蒂回到本愿寺，URD召唤出贝露丹蒂的守护天使，出现在众人眼前的是十分恐怖的景象，守护天使身上长满因病毒寄生而出现的紫色结晶。此时天上界系统的混乱已经无法和地上通讯，无计可施的URD和SKULD一筹莫展。贝露丹蒂却在此时醒来，但是她的记忆却回复到刚和萤一见面的时候。
在赛车比赛中，贝露丹蒂的记忆开始回复，她记起一些与萤一在一起的画面，一个在空中闪耀的钻石吸引了贝露丹蒂的注意，她追踪钻石来到一栋建筑物中，在那里等着她的，正是瑟雷斯迪。瑟雷斯迪再度使贝露丹蒂昏睡过去，让贝露丹蒂被封印的记忆解开。
贝露丹蒂回到本愿寺，打算使用疫苗程序除去寄生在体内的病毒，因为疫苗程序必须使贝露丹蒂和天上界联机才能下载，魔法阵启动后，寄生在贝露丹蒂身上的病毒终于现出原形。
疫苗程序正要进入贝露丹蒂体内时，利用妖精的吻将意识转移到萤一身上的瑟雷斯迪接管了萤一的肉体，他冲进法阵，利用连结侵入世界树系统的核心，把程序代码抽出来，本愿寺消失，三根互相缠绕的树干冲天而起。接着瑟雷斯迪叫出巨神，巨神拿出镰刀开始砍向世界树。
瑟雷斯迪的企图终于明朗，他要毁灭掉这个世界，URD和SKULD换上战斗服，URD的雷击法术无法破坏被法术分解程序保护着的巨神。贝露丹蒂醒来发现瑟雷斯迪的企图，也换上战斗服，并取下右耳的封环化成法杖，准备打倒瑟雷斯迪。
天上界的女神察觉事态严重，取得世界树系统认可，准备发射 毁灭光球攻击 瑟雷斯迪。萤一的意识因为被瑟雷斯迪取代，所以萤一也进入瑟雷斯迪的记忆中，在那里他看到了贝露丹蒂的成长经过。天界的门开启了，一颗带着黑暗光线的光球直击出来，为了保护萤一。贝露丹蒂张开力场挡住光球，萤一利用瑟雷斯迪的力量与贝露丹蒂合力挡住光球，但是他俩却一起被光球吸入，来不及离开的妖精也一起被吸入。
三人来到制裁之门前，萤一与贝露丹蒂手牵着手，不顾妖精的阻止跨过了制裁之门。原本四周全是荒凉的景色，没想到门的另一边却是生机盎然，充满绿意的世界，此时三女神齐聚，各自召唤出守护天使，以歌声重建世界树系统，巨神包围在光球中，很快的光球化为有三股尾羽的大鸟冲天飞去，三股尾羽的光在刹那间把世界树还原了。天上界各系统也完全恢复正常。 DVD通常盘和特别版于2001年6月20日发售。
主题歌《Try To Wish ～キミに必要なもの～》
作词：高柳恋 作曲：植松伸夫 编曲：井上日德 歌：西端さおり 插入歌《追忆〜nostalgia〜》
作词：贵三优大 作曲・编曲 浜口史郎 歌：井上喜久子 插入歌《恋のレッスン3》
作词：贵三优大 作曲：植松伸夫 编曲：多田彰文 歌：大谷育江 插入歌《Coro di dea》
原词：合田浩章 拉丁语译词：山下太郎 作曲：浜口史郎 歌：井上喜久子、冬马由美、久川绫 【专辑名】我的女神剧场版 Original Soundtrack
【发售日】2000年11月1日
【收录曲】
01. dea cantat 女神は歌う
02. luna aeterna~眠りを覚ます者~
03. 春,かわらずに
04. magister~懐かしき师~
05. 心の泉
06. 恋のレッスン3(插入曲)
07. 期待しないで…
08. 绊,求めて
09. きっと二人なら
10. 心,信じて
11. invidia~心ゆれて~
12. 追想~nostalgia~(插入曲)
13. crystallus malus~暗い辉き~
14. Celestin-Seditionis auctor
15. 想い,闭じ込めて
16. ventus~暴れる女神~
17. 幸せ,愿って
18. Morgan-amor tristis
19. いのちの嗫き
20. propositum~神に抗う~
21. Thor~破壊の神~
22. 激减轰雷
23. 二人の证
24. coro di dea 女神达の歌声(メインテーマ)(井上喜久子,冬马由美,久川绫)
25. 新世界 序曲
26. Try To Wish~キミに必要なもの~(ED主题歌)(西端さおり)
27. cantilena angeli 天使の歌
