医院科系设置齐全,设有急诊科、内科门诊、外科门诊、哮喘科、耳鼻喉科、儿保科、心理科、眼科、口腔科、皮肤科、青春发育门诊、遗尿门诊、输液中心、麻醉科和13个病房(5个内科病房、3个康复科病房、3个外科病房、1个耳鼻喉科病房和ICU重症医学科),以及4个医技科室(试剂科、检验科、电诊科、放射线科)。脑瘫康复科是国家中医药管理局“十二五”重点专科,是辽宁省中西医结合重点专科,沈阳市一级重点学科,沈阳市残疾儿童康复基地,其治疗水平处于国内领先地位。重症医学科是沈阳市二级重点专科,365天24小时承担沈阳地区危重患儿院前急救转运工作。小儿呼吸内科是沈阳市二级重点专科。