Question

怎么用python fastq文件转换成fasta文件

最好有解释 谢谢了

Answer 1

def fastaq_2_fasta(fastaq):
	fasta_dict = {}
	fasta_q_split = fastaq.split('\n+\n')[:-1]
	for fastaq in fasta_q_split:
		fasta = fastaq.split('\n')[-2:]
		fasta_dict['>'+fasta[0]] = fasta[1] 
	return fasta_dict

file_read_name = './data/Data-set-1/fastaq_file.fastq'

with open(file_read_name) as fastafile:
	fileRead = fastafile.read()

fasta = fastaq_2_fasta(fileRead)

file_save_name = './fastaq_to_fasta.fasta'

with open(file_save_name,'w') as save_file:
	for name in fasta:
		string = name+'\n'+fasta[name]+'\n'
		save_file.write(string)