1271年蒙古大汗忽必烈定国号为元,乌思藏(今西藏中部、西部及其迤西地区)、朵甘等地成为统一的多民族的大元帝国的一部分,西藏地方从此正式纳入中国中央政府的直接管辖之下。
12世纪中叶南宋将澎湖划归福建路晋江县(今福建晋江)管辖,并派兵戌守。
元朝进一步加强对台湾的管理。元世祖曾派员到台湾宣抚,并在澎湖设澎湖巡检司【设立政府机构是在元朝,正式纳入统治是在清朝】,隶属福建泉州路同安县(今福建厦门)
1683年7月8日,清政府派福建水师提督施琅率水陆官兵2万余人、战船200余艘,从铜山(今属福建漳州)向澎湖、台湾进发。清军向澎湖守军发起攻击,郑军溃败。郑克塽率众归顺清政府。至此台湾在清政府直接统治之下。