朱元璋的陵墓究竟在哪里呢？
据说当年朱元璋建孝陵时，还有人建议迁走附近的孙权陵墓，朱元璋念及孙权乃三国英豪，便下令“留他为我看守墓道”，孙权墓才得以保留。而勘测出的孙权墓正对棂星门，两者相距仅有100米左右，与“守墓”的传说十分吻合。
明孝陵始建于1381年，翌年马皇后去世，9月安葬入陵，定名为“孝陵”。有“以孝治天下”之意，另一说因马皇后谥号“孝慈”故名。1398年，朱元璋去世后遂启用地宫与马皇后合葬。此时，明孝陵并未完全竣工。另外，孙、李两位贵妃分别葬于孝陵东、西两侧。
1402年，燕王朱棣攻陷南京，宫中火起，建文帝不知所终。诸王群臣纷纷上表劝进，朱棣在象征性的推辞两次后，于己巳日，“谒孝陵”，虽然“唏嘘感慕，悲不能止”。1405年，明成祖朱棣亲撰“大明孝陵神功圣德碑”，为父亲歌功颂德，楷书阴刻，全文长达2746字。1413年，此碑立毕，标志着历时30余年的孝陵建成。1421年，朱棣迁都北京，设南京为留都。明孝陵仍具有极高的政治地位。
明孝陵规模宏大，建筑雄伟，形制参照唐宋两代帝王陵墓而有所增益。建成时围墙内享殿巍峨，楼阁壮丽，南朝七十所寺院有一半被围入禁苑之中。其占地面积达170余万平方米，是中国规模最大的帝王陵寝之一。
明孝陵的起点在今天卫岗东侧的下马坊。从下马坊向西北行755米，是大金门。大金门是明孝陵的第一道大门，门朝南，有拱门三券，明代装有朱红漆的大门，门楼顶覆盖黄色琉璃瓦，现在屋顶和大门早已无存。大金门正北70米，就是立有“大明孝陵神功圣德碑”的碑亭，现俗称四方城。
过碑亭折向西北，是御河桥，现在俗称红桥。过桥即进入明孝陵神道。经棂星门、金水桥，顺坡而上才到明孝陵的正门。此门原名文武方门，然后到享殿——孝陵殿。孝陵殿规模很大，毁于咸丰年间战火。依照陵宫“前宫后寝”的格局，入“阴阳门”后是一座大石桥，原名升仙桥。桥后就是方城。从正门到方城，共长375米。方城正中是一个高大的拱门，拱门内是一条深长的隧道，由54级石阶组成。出隧道分左右二石阶，折而向上，向南登上方城，即明楼所在。明楼俗称马娘娘梳妆台。
方城和明楼是明代的创新，明以前的帝王陵墓都没有这样的建筑。在宝顶前面建造一座高大的方城和明楼，其中夹以深邃的隧道，更增加了庄严肃穆的气氛，显示出帝王的无比威严。
方城之后就是宝顶，也叫宝城，正面的石壁上横刻“此山明太祖之墓”七个楷书大字。据说这七字刻于民国初年，用以回答游人的讯问。宝城是一座近似圆形的小丘，直径从325米到400米不等，四周有砖墙，墙以条石作基础，依山就势而筑，高度约7米，墙顶厚度约2.1米。宝顶之上，树木参天，地宫位于宝顶之下。
朱元璋作为大明开国之君，择金陵“龙脉”以为葬地，这完全符合风水要义。在钟山的南面建造自己的帝陵，在钟山的背面陪葬功臣，让自己的臣子在死后也护卫着自己，南北对应，尊卑昭然。
朱元璋是否葬于明孝陵？南京民间也有传说：“明太祖死后十三个城门同时出棺材，明孝陵是疑冢，真墓葬在朝天宫土山下。”生性多疑的朱元璋有没有真葬在明孝陵？他的真身葬于何处？
1999年初，专家采用精密磁测技术并结合地面调查，对明孝陵后山两万多平方米地域进行了一次缜密的勘查，证实朱元璋的地宫就在独龙阜玩珠峰下数十米深处，且保存完好，未被盗掘过。地下宫殿规模很大，仅甬道长度就超过了一百二十米，地宫的构造十分复杂，尚需作进一步的调查。朱元璋应葬于明孝陵。
无论朱元璋是否真葬于此，明孝陵自明清至民国初期，已被赋予了特殊的政治意义。
