达芬奇密码里的秘密到底是什么呀？
根据小说，由郇山隐修会保守的圣杯的秘密有以下几个：
* 圣杯不是一个真正的餐杯，而是个名叫抹大拉的玛丽亚的女人，她承载着基督的血脉。
* 在古法语中表示圣杯的词汇San gréal实际来自被故意修改了的、字面原意为“王室血统”的Sang réal一词。
* 圣杯的遗迹是由用来证实血统的文件和抹大拉的玛丽亚的尸骨组成。
* 教会将有关抹大拉的玛丽亚和耶稣的血脉的真相隐瞒了2000年。这主要是由于他们害怕被他们描述得如恶魔般的女性崇拜（sacred feminine，对女性繁殖能力的宗教崇拜）的力量。
* 抹大拉的玛丽亚有着王室血统（追溯至犹太人的便雅悯王），而且是有着大卫王王室血统的耶稣的妻子。她是妓女的说法是教会为隐匿他们之间的真实关系而编造的谎言。在基督受难时她怀着身孕。基督受难后她逃到高卢，在那里受到马赛的犹太人的保护。她生下一个女儿名叫莎拉。耶稣和抹大拉马利亚的血统后来演变为法国的墨洛温王朝。
* 索菲·纳芙和她的兄弟是耶稣和抹大拉的玛丽亚最初血统的后裔（他们的姓改为纳芙，英文里和nephew一词相近，以隐瞒他们的真实出身）。
* 血缘的存在是在十字军于1099年占领耶路撒冷后发现的文件中包含的秘密（参看耶路撒冷王国）。郇山隐修会和圣殿骑士团都是为保守这个秘密而成立的。
圣杯的秘密和列奥纳多·达·芬奇的作品有如下的关联：
* 达芬奇是郇山隐修会的成员，并且了解圣杯的秘密。事实上在《最后的晚餐》中揭示了这个秘密，画中桌子上没有出现真正的餐杯。挨着基督就座的人的画像不是男人，而是一个女人，即耶稣的妻子抹大拉的玛丽亚。该作品的大部分复制品都是在后来一次隐匿了她明显的女性特征的改变后复制的。
* 《蒙娜丽莎》其实是达芬奇将自己作为一个女人来画的自画像。这种双性性格反映了耶稣和抹大拉的玛丽亚神圣结合所蕴意的男性和女性的庄严的结合。这种阴阳的宇宙力量之间存在的对等在很长一段时期里是教会的力量的一个深刻威胁。蒙娜丽莎（Mona Lisa）的名字其实是由“Amon L'Isa”变换字母顺序而来，说的是古埃及的父神和母神（名为阿蒙和艾西斯，Amon和Isis）。
最终结果证实：
索菲其实正是耶稣的后人，即圣杯。“守护者”的首领索尼埃在车祸后将这个耶稣后裔当亲生孙女一样抚养。索菲由于偶然看到索尼埃和同伴进行的宗教的性仪式才与索尼埃断绝了来往。两人出来密室，发现教堂里已经站满了人。一个老太太告诉索菲，他们都是圣杯的守护者，她本人正是索菲的祖母。
