Question

STR-PCR，微卫星分析及SSR-PCR是一个概念吗

Answer 1

相同。STR=SHORT TANDEM REPEAT，SSR=SIMPLE SEQUENCE REPEAT，STR=SSR=MICROSATELLITE=微卫星。
微卫星DNA的定义
核心序列为1-9（通常认为2-6）个核苷酸，连续重复5次以上，但重复序列总长度一般在500bp之内的DNA序列。
SSR的分类
根据SSR核心序列排列方式的不同，可分为3种类型：
完全型(perfect)。指核心序列以不间断的重复方式首尾相连构成的DNA。如：ATATATATATATATATATATATATATATATATAT
不完全型(imperfect)。指在SSR的核心序列之间有3个以下的非重复碱基,但两端的连续重复核心序列重复数大于3 。如：ATATATATGGATATATATATCGATATATATATATATATGGATATATATAT
复合型(compound) 。指2个或2个以上的串联核心序列由3个或3个以上的连续的非重复碱基分隔开,但这种连续性的核心序列重复数不少于5 。如：ATATATATATATATGGGATATATATATATA
3种类型中完全型是SSR标记中应用较多的一种类型。
SSR在植物基因组中的分布
SSR广泛分布于各种真核生物的基因组中，大约每隔10～50kb就存在一个SSR。哺乳动物中的SSR的数量大约为植物中的5～6倍。在植物中，平均23.3kb就有一个SSR；双子叶植物中的SSR数量大于单子叶植物，前者两个SSR之间的平均间距为21.2kb，后者为64.6kb；核DNA中的SSR数量多于细胞质DNA中的SSR，绝大多数单碱基重复型及2碱基重复型SSR存在于非编码区，3碱基重复型多位于编码区。
微卫星的利用价值
由于核心序列重复数的不同，等位的SSR位点可呈现出多态性（SSLP，simple sequence length polymorphism）。大多表现为共显性遗传，有的表现为显性遗传。由于SSR DNA两侧序列（离开20bp以上）表现出保守特征，所以可设计出上下游PCR引物，扩增出包含SSR的DNA序列。
微卫星分析常用于：遗传图谱构建；种质鉴定；遗传多样性分析；标记辅助选择（MAS，marker- assistant seletion，marker- aided seletion）；基因定位；数量性状基因座（QTL）分析；系谱分析；亲源关系鉴定等。
SSR引物的来源
借鉴其他近缘种序列。
通过筛选文库、测序开发自己的SSR引物。
通过核酸数据库查询，从已有序列中搜寻包括SSR的序列并设计引物。
SSR分析实验的主要技术环节
提取DNA；PCR扩增；电泳及显色；电泳胶板带型的照相、记录；数据分析处理。
其中，PCR产物分离的电泳方法主要有：高浓度琼脂糖电泳（4%胶只能分辨4-6bp差异）；变性聚丙烯酰胺序列胶电泳；非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳。
由于扩增的片段短(一般小于300bp)，基因间的差异小(一般为几个bp)，故通常使用分辨率高的聚丙烯酰胺凝胶电泳。在程序上，变性胶虽然比非变性胶麻烦些，但考虑到在非变性胶上会出现人为假象—异源双链分子，比如导致SSR杂合子中出现3-4条带，而不是正常的2条带，从而干扰等位位点统计，因此我们建议在SSR分析中均采用变性胶电泳。
PCR扩增产物显色方法有：同位素放射性自显影法；荧光染料标记法；溴化乙锭（EB)显色法；银染法（目前多用此法）。
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