游戏王gx漫画结局和动画结局是完全不同的，两者的关系仅仅是使用同一个任务设定而已，在动画完结之后漫画还能继续好几年。
《
游戏王GX》大结局，游城十代VS
武藤游戏以平手结局，没有分出胜负。 十代穿越来到武藤游戏还是十几岁的时代，和持有神之卡的游戏的真正的毕业决斗进行着，那时十代找回了3年来持续的战斗中失去的重要之物。 十代召唤出了“新生侠”，游戏也召唤出了“黑魔术师”，激烈的决斗开始了，最后的结果——平手。
游戏王GX漫画的作者并不是高桥和希老师，而是其徒弟之一的影山直行。于2005-2011年间在
集英社《V-jump》连载。
