南京大学最好的专业主要有天文学、地质学和图书情报与档案管理、哲学、社会学、中国语言文学、外国语言文学、中国史、物理学、生物学、计算机科学与技术。
在最新公布的全国第四轮学科评估中,南京大学共有41个学科参评,A类学科获得数共21个,A类学科总数位居全国第6。
其中天文学、地质学和图书情报与档案管理三个学科获得A+,哲学、社会学、中国语言文学、外国语言文学、中国史、物理学、生物学、计算机科学与技术、环境科学与工程、软件工程、工商管理11个学科获得A,理论经济学、地理学、生态学、电子科学与技术等7个学科获得A-。