Question

如何阅读高斯的计算输出文件

Answer 1

　　高斯输出文件的关键是看 Link,每个 Link 对应不同的部分,以单点计算为例:单点计算的流程 (见附件) 输入行在#后加入 P,不然的话就只会显示 Link 1 和 0,输出文件一般很长。对于单点计算，只 有 300 多行。
　　第一部分： 基本运行信息 输入输出文件名，初始命令 进入 Link 1，显示进程号 首先是版权说明, 然后是作者,利用 guassian 计算所发的文章，参考文献上必须列的 进入 Link 101 读入输入文件， 将控制命令转化为程序能够看得懂的 IOP 占位段的选项和应用设置 Leave Link 101 进入 Link 202： 判断体系对称性，并决定实际计算中对称性应该如何利用
　　判断体系点群 例如 Stoichiometry CH2O Framework group C2V[C2(CO),SGV(H2)] Deg. of freedom 3 Full point group C2V NOp 4 Largest Abelian subgroup C2V NOp 4 Largest concise Abelian subgroup C2 NOp 2 再将输入的分子坐标转换为标准内坐标, 就是 Standard orientation: 这是程序默认， 充分利用分子的对称性来达到方便计算的目的。 就是将体系的质量中心放在 坐标轴的主轴或者原点上。可以用 nosym 来禁止这个操作 Leave Link 202 进入 Link 301 产生基组信息
　　基组函数对称性 计算出核排斥能 Leave Link 301 进入 Link 302，303 ,这部分是计算积分的具体算法,一般不会列出详细过程,一句话带过 leave Link302,303 进入 Link 401 在实际计算之前，必须有初始猜测，这部分的功能就是产生初始猜测，可以从 ch k 文件读入，也可以程序自动产生。这部分可以用 guess 关键字来指定。
　　我这个体系,程序默认是: Projected INDO Guess(请仔细看手册,不同的体系 Guess 是不一样的) Leave Link 401 进入 Link 502 （主角登场！）自恰迭代求解 SCF 方程 设定收敛标准： 除了对包含比 Ar 重的原子的分子全电子（非 ECP）计算外，积分只计算到 10-6 的精度。λ SCF 计算的能量和电子密度都收敛到 10-4，或只有能量收敛到 10-5 为止，无论哪一个先达 到。λ 给出每一步迭代的信息（？）(这只有在程序输入中加入#p 才会显示) 如果成功计算完毕 SCF Done,接下来就是打印计算出来的能量,自旋,维力值和收敛判据了. Leave Link502(一般计算经常会在这一步挂掉,哈哈) 如果你的单点计算只写了这些,输出结束,如果你加入了 population 的内容,那么,基于 scf 计算 的结果,布局分析开始 进入 Link601 Link 601 利用优化后的波函数， 进行 Mulliken population,得到 轨道对称性 电子态 各个轨道的本征值 然后是一些电荷,自旋密度的分析 leav Link601
　　最后是整个计算结果的一个总结,各小节之间用\分开 单点计算看明白之后看几何优化的就比较清楚了 优化计算的第一步必须和以后各步骤分开处理， 因为有几个操作只需做一次。 例如读入最初 的 Z-矩阵和产生初始分子轨道。 必需有一个对分子几何构型做优化计算的循环，用优化程序（本例中使用 Berny 优化模块 L 103）决定是否需要做另一个优化，以及是否获得了最优的分子结构。λ 如果分子结构收敛，则程序计算能量梯度，确认已得到最优的分子结构后，退出。λ 只在第一个和最后一个分子结构进行布居数分析并打印轨道， 不要在不感兴趣的中间结构进 行这些操作。λ 第一个点的处理分成两部分，计算路径各由一系列的积分、猜测、SCF、以及积分求导的计 算组成。第一部分包括模块 L101（读入分子初始结构）和模块 L103（进行本身的初始化）， 并有选项指示模块 L401 产生最初的猜测波函数。第二部分计算在优化过程中使用由模块 L 103 产生的分子结构，并且有选项指示模块 L401 取回前一结构的波函数，做为下一步的最 初猜测波函数。 第八行中指示向前跳行， 表示如果模块 L103 正常结束 （没有任何特殊的操作） 下一行 ， （模 块 L9999）则跳过不执行。通常在第二次激活模块 L103 时，会检查最初的能量梯度，然后 选出新的结构。下一个要执行的是模块 L202，用来处理 Z-矩阵，接着是第二部分其它的能 量和梯度计算，它们构成主要的优化计算循环部分。如果模块 L103 第二次激活时发现几何 结构已经收敛，计算将会终止并产生禁止向前跳行的信号，然后执行下一行的模块 L9999， 完成整个计算。 第 10-15 行构成主要的优化计算循环。该循环计算积分、波函、以及优化计算中第二个点与 后面各点的梯度。它以模块 L103 结束。如果几何结构还未收敛，模块 L103 选择新的结构 并正常结束计算，这会造成执行次序由第 15 行向后跳到第 10 行，进行新的计算循环。如果 模块 L103 发现几何结构已经收敛，将退出并禁止跳行，执行结束行第 16-18 行。 结束前使用模块 L601 在最后的分子结构产生多极积分，将打印出多极矩、分子轨道和布居 数分析，如果需要的话。最后模块 L9999 产生存档项目并结束计算任务。