一、选用抗病品种：选这些品种对烟草花叶病毒，特别是抗花叶型的病毒病有一定的抗性。但黄瓜花叶病毒引起的蕨叶型和混合侵染引起的条斑型病毒病目前仍无过硬的抗病品种，仅有较耐病品种。
二、种子处理：种子在播种前先用清水浸泡3—4小时，再放中10%磷酸三钠溶液中浸种20—30分钟，捞出后用清水冲洗干净，催芽播种。这样可去除粘附在种表面的烟草花叶病毒。
三、做好定植前后的栽培防病措施
1.适时播种、培育壮苗：育苗时要加强苗期管理，培育壮苗。在定植前7—10天，用如金种植专用菌种稀释后的液体灌根，每亩灌100毫升。定植时酌情蹲苗5—6天，以促进番茄根系旺盛，提高抗病力。
2.严格挑选健壮无病苗移植：移苗时要对进行手消毒。先移植健壮苗，最后处理病苗。在以后的农事操作中，也液应先处理健壮苗，后处理病苗。
3.加强肥水管理：使用如金有机肥发酵剂发酵的微生物菌肥，促使植株健壮生长，提高抗病力。
四、早期防治蚜虫、清除传染源：可喷施40%如金菌稀释液
五、深耕轮作：在栽培过番茄的的菜地上，尽量消除病株的残根落叶，并通过土壤耕翻，促其腐烂，消除部分传染源。
防治混合型番茄病毒病的主要措施有：
第一，品种选择和种子处理。
①选择适宜品种。针对当地主要毒源，因地制宜选用抗病品种。近年国内新育成抗烟草花叶病毒的丰产品种有：佳粉15、中杂9号、中蔬4号、中蔬5号、中蔬6号、中杂4号、佳红、佳粉10号、早丰（秦菜1号）、兰优早红、毛粉802、中丰、542粉红番茄、苏抗5号、苏抗7号、东农702、东农703、东农704、河南3号、双抗2号、新番1号、皖红1号、西粉3号、晋红1号等。耐黄瓜花叶病毒的品种有：542粉红番茄、中蔬5号、毛粉802等。②种子处理。播种前用清水浸种3～4小时，再放入10%磷酸三钠溶液中浸种20～30分钟，捞出后用清水冲净再催芽播种，或用0.1%高锰酸钾浸种30分钟。
第二，农业防治。
①清除病残体。定植用地要进行2年以上轮作；深翻土地，促使带毒病残体腐烂；有条件的地方施用石灰，促使土壤中病残体上的烟草花叶病毒钝化。②避蚜防病。可用银灰膜全畦覆盖或畦埂覆盖，利用银灰膜的驱蚜作用，减少蚜虫传播病毒；保护地要采用网纱覆盖封口，减少室外蚜虫进入棚室以减轻病毒病的发生。③加强田间管理。注意拔除病苗，田间整枝打杈时要病、健株分开操作，采用肥皂水洗手消毒或蘸取牛奶钝化病毒，减少人为传播病毒病。④科学栽培。适时播种，促使早发，培育壮苗，及时早栽，加强管理。采用配方施肥技术，喷施爱多收6000倍液，或植宝素7500倍液，增强植株抗病力，在定植前后各喷1次NS-83增抗剂100倍液，能诱导番茄耐病又增产。
第三，化学防治。
发病初期喷洒1.5%植病灵乳剂1000倍液，或20%吗啉胍·乙铜可湿性粉剂500倍液，或菇类蛋白多糖200～300倍液，或高锰酸钾1000倍液，此外喷施增产灵50～100毫克/升及1%过磷酸钙、1%硝酸钾做根外追肥，均可提高耐病性。
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