Question

生物信息学问题

从一段DNA序列出发，是否能得到他所编码的蛋白质的三维结构？如果可以得到，如何用生物信息学的方法得到其三维结构？

Answer 1

不知道楼主这个问题是作为课程习题出现的还是一般性的讨论。
如果是课本中的习题，那么就是可以得到。因为归根究底，蛋白质的结构是由其相应的基因决定的，这是无可厚非的。此外，关于蛋白质的研究也表明，蛋白质的高级结构是由其低级结构决定的，也就是说蛋白质的高级结构都是有其一级结构——氨基酸序列所决定的，而决定氨基酸序列的毫无疑问是基因。

如果是深究这个问题，也有其他方面需要考虑，蛋白质的高级结构，特别是三级结构、四级结构和蛋白质所处的环境有着密切关系，比如说，相同的酶，在不同的环境下的生物学作用有差异，这个差异是酶的空间结构不同所导致的，也就是酶的三维结构不同所导致的。

所以说，能否得到它的三维结构从理论上来说是可能的，前提是必须明确其DNA序列，并进可能分析其所处的环境。

至于如何得到，这是超出理论范围的，蛋白质自然折叠的速度异常的快，是人工完全无法模拟的（一些非常短小的蛋白质除外）。

目前比较引人关注的是计算机模拟体内蛋白质的折叠，这就是著名的“Folding@Home”计划，这个计划是由美国斯坦福大学的一位生物学学者提出的，主要是利用当今强大的计算机处理能力，特别是显卡的物理加速能力。在于AMD和Intel公司取得合作和支持后以在全世界进行。

不过据我了解，这项计划并未取得实质性的进展，因为目前的云计算还没有完善，每台电脑的计算数据大多数重复切无意义。

如果楼主想要了解相关，可以百度“Folding@Home”，而且楼主如果注意到，可以发现在安装较新的显卡驱动程序时会附带有这个程序。通过这个程序楼主可以清楚地看到，在体外模拟蛋白质的折叠的效率同体内蛋白质折叠简直是天壤之别！

谢谢！

Answer 2

不可以，只能得到氨基酸序列而已，三维结构是用物理的方法测得的

Answer 3

肽链的次级键影响太大，无法模拟。。。