名侦探柯南大结局是什么。（最正确的！）
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柯南》第987集 黑暗组织的秘密 （大结局）
内容:
背景：随着调查的深入，黑暗组织逐渐现形，工藤优作因发现组织的
庞大而拜托国际刑警插手。在日本警方及科南的协助下几次阻止了
其活动，黑暗组织决定报复。
黑暗组织偷袭了阿笠博士的家，捉住了少年侦探团，并留下了要工
藤新一独自前往营救的暗示。
在黑暗组织的总部，Gin发现了哀的真实身份并以少年侦探团的生
命要挟其制作缩小药的解药。早已深思熟虑的哀在一天内制作出解
药和假死丸，并巧妙的将胖子的毒药换成假死丸。Gin果然在得到解
药后命胖子杀死阿笠及少年侦探团。。。。
科南迅速揭开暗示之谜，并赶往黑暗组织的总部，而一切被兰看
到。在兰的要求下，小五郎和警方对暗示苦思不解，小五郎在睡梦
中突发灵感而揭开谜题。
在黑暗总部，组织boss大犬出现，其竟是日本内阁大臣。大犬道
出黑暗组织的秘密：裕仁天皇临终前留下一份血书，写有黑暗云云。
内阁以为是天皇要建立黑暗组织的遗愿。因而黑暗组织一直得到政
府暗中支持而屹立不倒。而时隔数十年组织仍无法真正揭开血书的
含义。
Gin给哀服下解药后告诉胖子释放哀。对大哥唯命是从的胖子放
了哀，突然Gin被枪击倒。真正的Gin出现并揭穿之前的他是基德
假扮的。
大犬此时说出基德之父其实是组织的特工，从事盗窃工作，而后
来因组织的行动得罪外国而被迫杀其顶罪。
Cris（女教师）道出柯南是新一的秘密，交给柯南一份血书，要求
其揭开血书之谜并以缩小药的解药诱惑。柯南解开血书之谜，原来
是天皇死前写下的忏悔和对日本未来的担忧。大犬立时呆在当
场。。。。。
兰赶到现场，正碰到Gin要柯南留遗言。柯南对兰道出真相并表白
后Gin开枪，兰替科南挡下子弹。哀对此震惊不已。。。。。。。
柯南终于在紧要关头用麻醉枪射中Gin，而哀与胖子在搏斗中一同
从楼上跌下。
对药物有强烈抗性的Gin居然转醒，射杀大犬后欲杀柯南。而对
coolguy十分欣赏的Cris出手阻拦，两人都受了重伤。
工藤优作，小五郎和目暮等人赶到，小五郎对组织的小喽罗大打
出手，十分英勇。
在众人的围攻下，Gin道出自己的野心和自己身为天皇与美国女
政治家Gino的私生子的秘密后自杀。Cris此时说出自己是美国安插
在组织里的间谍，原来美国也想控制组织。
基德离去之后众人急忙将兰和哀送往医院，并惊讶的发现哀又变
回小孩。
黑暗组织被侦破，而解药只剩下一颗。哀被诊断为脑震荡，醒来
后只记得众人名字而对其他忘的一干二净。兰仍昏迷不醒，大夫说
若长期昏迷可能变植物人。服部建议柯南变回新一来唤醒兰，柯南
只好如此。而柯南变身时被布美看到。
深夜步美来到病房偷吻了新一后离去，并与光彦，元太约定保守
新一的秘密。
兰终于在新一的悉心照料下康复。
由于这件案子，众人都变成名人，兰很不适应。优作则要求新一
及兰一起前往美国读大学。妃回到毛利身边并要兰去美国。而毛利
因英勇表现而被聘回警局当重案组组长，此时毛利道出早已知道
柯南是新一而故意不说破的真相。
夕阳中，新一看到哀和少年侦探团开心的玩耍而颇感欣慰。
在机场，众人欢送新一和兰离去，只有哀偷偷转过身去对着自
己和柯南的照片垂泪。。。。。。
内容:
背景：随着调查的深入，黑暗组织逐渐现形，工藤优作因发现组织的
庞大而拜托国际刑警插手。在日本警方及科南的协助下几次阻止了
其活动，黑暗组织决定报复。
黑暗组织偷袭了阿笠博士的家，捉住了少年侦探团，并留下了要工
藤新一独自前往营救的暗示。
在黑暗组织的总部，Gin发现了哀的真实身份并以少年侦探团的生
命要挟其制作缩小药的解药。早已深思熟虑的哀在一天内制作出解
药和假死丸，并巧妙的将胖子的毒药换成假死丸。Gin果然在得到解
药后命胖子杀死阿笠及少年侦探团。。。。
科南迅速揭开暗示之谜，并赶往黑暗组织的总部，而一切被兰看
到。在兰的要求下，小五郎和警方对暗示苦思不解，小五郎在睡梦
中突发灵感而揭开谜题。
在黑暗总部，组织boss大犬出现，其竟是日本内阁大臣。大犬道
出黑暗组织的秘密：裕仁天皇临终前留下一份血书，写有黑暗云云。
内阁以为是天皇要建立黑暗组织的遗愿。因而黑暗组织一直得到政
府暗中支持而屹立不倒。而时隔数十年组织仍无法真正揭开血书的
含义。
Gin给哀服下解药后告诉胖子释放哀。对大哥唯命是从的胖子放
了哀，突然Gin被枪击倒。真正的Gin出现并揭穿之前的他是基德
假扮的。
大犬此时说出基德之父其实是组织的特工，从事盗窃工作，而后
来因组织的行动得罪外国而被迫杀其顶罪。
Cris（女教师）道出柯南是新一的秘密，交给柯南一份血书，要求
其揭开血书之谜并以缩小药的解药诱惑。柯南解开血书之谜，原来
是天皇死前写下的忏悔和对日本未来的担忧。大犬立时呆在当
场。。。。。
兰赶到现场，正碰到Gin要柯南留遗言。柯南对兰道出真相并表白
后Gin开枪，兰替科南挡下子弹。哀对此震惊不已。。。。。。。
柯南终于在紧要关头用麻醉枪射中Gin，而哀与胖子在搏斗中一同
从楼上跌下。
对药物有强烈抗性的Gin居然转醒，射杀大犬后欲杀柯南。而对
coolguy十分欣赏的Cris出手阻拦，两人都受了重伤。
工藤优作，小五郎和目暮等人赶到，小五郎对组织的小喽罗大打
出手，十分英勇。
在众人的围攻下，Gin道出自己的野心和自己身为天皇与美国女
政治家Gino的私生子的秘密后自杀。Cris此时说出自己是美国安插
在组织里的间谍，原来美国也想控制组织。
基德离去之后众人急忙将兰和哀送往医院，并惊讶的发现哀又变
回小孩。
黑暗组织被侦破，而解药只剩下一颗。哀被诊断为脑震荡，醒来
后只记得众人名字而对其他忘的一干二净。兰仍昏迷不醒，大夫说
若长期昏迷可能变植物人。服部建议柯南变回新一来唤醒兰，柯南
只好如此。而柯南变身时被布美看到。
深夜步美来到病房偷吻了新一后离去，并与光彦，元太约定保守
新一的秘密。
兰终于在新一的悉心照料下康复。
由于这件案子，众人都变成名人，兰很不适应。优作则要求新一
及兰一起前往美国读大学。妃回到毛利身边并要兰去美国。而毛利
因英勇表现而被聘回警局当重案组组长，此时毛利道出早已知道
柯南是新一而故意不说破的真相。
夕阳中，新一看到哀和少年侦探团开心的玩耍而颇感欣慰。
在机场，众人欢送新一和兰离去，只有哀偷偷转过身去对着自
己和柯南的照片垂泪。。。。。。
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现在《名侦探柯南》还没有结局。
关于名侦探柯南的大结局有许多不同版本：比如，新兰吧里面的大结局或是柯哀里面的大结局都并不是真正的大结局，那只是想象。而真正的大结局是来自于作者（虽然还没有）。
拓展资料：
电视动画《名侦探柯南》改编自青山刚昌创作的、连载于《周刊少年Sunday》上的漫画《名侦探柯南》。动画于1996年1月8日首播。
剧情简介
高中生侦探工藤新一和青梅竹马的同学毛利兰一同去游乐园玩的时候，目击了黑衣男子的可疑交易现场。只顾偷看交易的工藤新一，却忽略了从背后接近的另一名同伙。他被那名男子灌下了毒药，当他醒来时，身体居然缩小了！
如果让那些家伙知道工藤新一还活着的话，不仅性命难保，还会危及身边的人。在阿笠博士的建议下他决定隐瞒身份，在被小兰问及名字时，化名江户川柯南，为了搜集那些家伙的情报，寄住在父亲以侦探为业的小兰家中。
谜团重重的黑衣组织……他所了解的，就只有他们是以酒的名称作为代号的。为了揭露那些家伙的真面目，小小侦探江户川柯南的活跃开始了！
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这就是结局，无论好坏，故事终究需要一个结局。
就先我们的生活，无论好坏，我们都会一直走下去的，生活永远不会毫无意义的。
博士是坏人。。毛利是超人
还有，柯南的解药，竟然是爱的力量
青山刚昌终于透露了柯南结局
“近来小学馆方面在接受杂志采访时曾表示，打算预定在今年内结束名侦探柯南”。
“根据小学馆传来的证词，虽然名侦探取得了前所未有的成功，但是考虑到目前剧情已经进入白热化的阶段，再拖延下去只会降低故事的观赏性，因此虽然有些遗憾，也只能保证剧情为优先” 。
“而对于大家最关心的结局问题，作者青山冈昌没有过多透露，只是表示会是出乎所有人预料的，同时动画会先于漫画结束，而最后的全部剧情将在漫画内得到彻底解答，至于在柯南完结之后是否会继续创作基德的故事，青山则表示：‘还没考虑太多，不过如果读者喜欢的话也没什么不可以’。
官方消息，关于哀的问题，青山老师给出了最后的答案，哀在最后的几集中，被组织以极隐秘的方式所枪杀，目前青山老师的这部分的漫画已经画完。具青山老师说，在哀生命即将结束的时候，与柯南{工藤新一}的对话很经典，她就这样退出了这段本不属于她的感情。而小兰被组织绑架了，柯南开始跟组织进行最后的对决。至于结局，大家不要想的很乐观，青山老师说会出呼所有人的意料！
阿笠博士的真面目
黑衣人的真正的首脑，就是一直隐藏在他们身边的阿笠博士DOC。LEE。
事情是这样的，工藤优作原先就怀疑并且侦察黑衣组织。以小说家的身份为掩护，秘密调查。发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家的隔壁住，并且从小培养新一，并派新一和阿笠混熟想借此侦察一些情报。当阿笠开始怀疑工藤父子的时候，想出一条毒计，他派GIN和沃克跟踪出去约会的小兰和新一，大家都看过第一集，其实交易是幌子，真正的目的是跟踪，于是新一也就被他们变成了柯南。之后，阿笠顺理成章地成为了新一的同伴与监护人，并且柯南实际上成了阿笠手中的人质，当时新一的父母第一次出现的那一集，实际是和阿笠谈判的，最终的结果是阿笠以柯南要挟他们两个人流放到瑞士。而优作因为不能和新一说明真相，从而让新一感到受骗，受到伤害。只能同意阿笠的要求，不再回日本，所以你们看优作只有103集的时候回过日本，还是变装的，不能让阿笠发现。
其实APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母联合开发的，而成功后哀的父母意外身亡。阿笠留着柯南不死只不过想观察药品还有没有其他的副作用。但是突然有一天，优作和有纪子突然潜回日本，和柯南（103-104集）秘密接触，让他感受到了威胁，于是安排一个间谍时刻跟随在柯南的身边，那就是灰原哀。哀其实是APTX-4689的第一个实验品，本来药的目的是永葆青春，没想到竟然适得其反产生副作用，造成了身体变小。而柯南事件发生后，哀就成了在柯南身边卧底的最好人选。为什么柯南从来没有被骚扰过就是因为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的监视下。毛利小五郎也是因为追查阿笠才从警界退出的，当时枪击非英里事件只是借口，所以后来暮木说毛利总是把他们引向歧途。
青山刚昌已经给大家提示了，不过因为太晦涩所以没几个人看得出来。其实阿笠这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写就是拉丁 文里面的莫里亚帝。所以阿笠博士其实应该叫莫里亚帝教授——福尔摩斯里的罪恶的教授。
柯南结局498话（2小时半特辑）内容完全披露 感人
第一部分：江户川文代二度现身
江户川文代又一次来到毛利侦探所，说要带柯南去游乐园。柯南以为她又是美希子所扮，便不加怀疑的跟上了文代的车。但在车上柯南却被江户川文代用手枪控制。原来她是黑衣组织的人，柯南的身份已经被组织完全发现了！
柯南在慌张中还是利用麻醉枪射中了伪装成文代的敌人，在车子冲下大桥前逃脱，往阿笠博士家奔去。
与此同时Gin从学校绑架了少年侦探团，并威胁哀交出她研究APTX4869解毒药的数据资料。哀为了救大家把资料给了组织，并被Gin押上了车。
而Gin在开走前却暗中告诉Vodka在他离开之后就杀死少年侦探团的三人。
在Vodka要枪杀少年侦探团时，柯南终于找到了那里救了大家，但Vodka还是逃走了。并说组织在等着工藤新一。
第二部份：沉睡的小五郎－觉醒！
柯南来到博士家用追踪眼镜找到了哀的下落。柯南留下了一张写明一切的磁盘让博士转交给兰，决定自己去面对黑色组织。
但磁盘被闯入博士家的英语老师Judy拿走了，原来她是黑衣组织上层安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新发明弹射坐椅欺骗了Judy，逃过一死来到了毛利家。当阿笠博士正想告诉小五郎和兰现在的状况时，却发现坐在侦探所客厅里的毛利呈现出沉睡的小五郎的姿势！而毛利面前的笔记本上写着“工藤新一”“柯南”“黑衣组织”等等。
原来毛利早就怀疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是为了调查出柯南的真实身份和整个事件。毛利在沉睡般的深思中展现出他真正的实力，通过柯南留下的磁盘资料推理出了黑衣组织的所在。
与此同时，FBI特工赤井秀一来到同事Judy家，意外的发现了的柯南的磁盘。他偷偷的把磁盘取回了家。秀一解开密码后阅读了柯南的自述以及对整个事件的推理。他对同事Judy的身份开始怀疑，但却突然被人从后面击昏。
而这时在米花町，放学回家的兰在门口意外的听见了小五郎和阿笠博士的对话，终于确定了柯南就是新一！兰在泪水中决意要以性命为赌注，为救回新一与黑衣组织绝一死战！
第三部份：小说家的意外访客
赤井秀一被Judy带回了组织。Gin威胁秀一加入组织，最后的考虑时间为2小时。
因为有了哀的数据和配合。两小时之后，组织的药物数据计算终于就可以完成。也就是传说中的“同时成为上帝和魔鬼。让时间倒转，死人复活”药物的完成。
在世界的另一边，工藤优作和美希子也收到了博士的消息。优作第一次让美希子进入了他的密室，原来这里就是工藤优作独自对抗黑衣组织的总部。而小说家不过是个用来收集资料的幌子。
工藤优作和美希子明白决战的时刻已经来临。收拾装备之时，前门突然出现了意外的访客——目暮警官。
目暮警官撕下自己脸上的伪装。优作惊讶的发现到来的客人居然是自己从学生时代便结交的死党，自己还当了他儿子的教父！
他就是曾经扬名世界的伟大魔术家——黑羽先生！
优作看见10年前已经被判定为失踪的老朋友非常吃惊。而黑羽开门见山的告诉优作，自己这十年也一直在独自对着抗黑衣组织。方式就是让自己的儿子黑羽快斗在世界范围内寻找一块特殊的宝石。而就在今天快斗却给他发来了代表最后决战的消息：关于宝石、新一、黑色组织以及人类的未来。他这才以黑羽的身份重新回到人间！而他的儿子也被人称为平成的亚森罗宾。优作这才恍然大悟，原来自己的教子就是怪盗基德！
第四部份：最黑的黑色
柯南在傍晚来到了东京塔下，东京世界博览会正在这里召开。原来黑衣组织的本部就是东京的中心！柯南骗过了警卫进入了地下室的暗门。
这里是另外一个地下王国。柯南利用阿笠博士交给他的电脑在警卫房间里侵入了黑衣组织的电脑中枢，正在向外传播加密数据时，柯南意外的被人从后面击昏，那个人居然又是Gin。
得到部份数据的阿笠博士将大家所拥有的信息整理到了一起，由优作和小五郎一起推理出了惊天的结论：黑衣组织的老板可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣组织的的支持者！组织的一部分重要功能就是以非法手段达到日本的扩张！
而美国**也早有察觉了这一点，并且指使FBI特工暗中介入。事实上美国也想通过操作组织来控制日本。
当分析出这一结论之时，毛利租来的车子已经开到了东京塔下。
关押赤井秀一的房门突然打开，走进来的是——“Sherry”。
第五部份：接近
画面在赤井秀一的回忆中展开。他居然是宫野志保的童年最珍贵的伙伴，是唯一愿意和宫野志保玩的孩子。也正是因为这样，赤井秀一才在第一眼就解开了哀身份的迷题。
哀并不承认自己的身份，她说可以放走秀一，条件是要他永远不要再回到这里。两个人在争吵的时候Judy出现了，秀一为救哀而死，留下遗言：“无论在那个世界，你叫什么名字，我都能找到我的天使。”Judy黑色的枪口指向了哀。
这时毛利小五郎也闯入了组织内部，在组织训练杀手的道场用空手道打败了一群职业杀手。就在他洋洋得意之时，总教练出现了，居然是日本空手道冠军风间仁。小五郎被打败了，但跟踪而至的兰却跳了出来，兰在被风间的实力打入绝望之时耳边传来新一的呼
第八部份：江户川柯南VS工藤新一
哀挡住了射向柯南的子弹，倒在柯南的面前，Gin步步逼近。巨轮的自动排外系统启动。目标是一切生命体，Gin被桅杆的狙击枪射中，一发又一发直到确认心脏停止。
柯南死死的挡在哀的身上，万幸的是他们的因为目标过小不予判定。
天空渐渐就要亮了，哀微笑着拿出粘血的药丸，世界上唯一的一颗APTX4869解药。
“柯南，好想永远和你在一起。但我们没有机会了吧。”哀握着解药的手伸向柯南的脸：“吃下去吧。”
“笨蛋！这颗解药只要得救之后分析成分就能复制了啊！”柯南抱紧了哀。
“不要。”哀突然大声的咳嗽起来，在一瞬间把药塞进柯南的嘴里。“你还不明白吗？”哀看着柯南意外的吞下药丸，缓缓露出笑脸：“这是科学和推理无法解释的问题呢！”哀在闭上眼睛的时候用只有柯南听得见的声音说：“不是工藤新一。我爱的人，是江户川柯南。”
“哀——”药物和心意一起让柯南感觉无比疼痛，他昏了过去。
优作和小五郎在突然之间灵光一闪。优作终于找到了破解这个由科学与逻辑组成的巨大机器的银色子弹。
第九部份：银色弹丸，我们的约定
人类击溃一切邪恶与魔鬼的银色弹丸就是无可代替的“爱”。“爱”就是科学与逻辑永远无法解释的程序。工藤优作发送的银色弹丸在以瞬间传导到了电脑中枢。超级计算机由于溢出的计算以及以及无法模拟程序方式而最终崩溃。巨轮倒数五分钟的自爆装置开始启动。新一在迷迷糊糊中听见了熟悉的呼唤：“新一！新一！”还有直升机的声音。
一切都结束了：巨轮在太阳升起的时候爆炸了。
新一坐在了海边见那种比太阳还要耀眼的光芒，暗想：“江户川柯南已经不存在在这个世界了。他已经和哀一起去了属于他们的幸福花园。而我……”他转过头看见立在身后泪水莹莹的兰。 “终于实现了，我们的约定！”新一把兰紧紧的抱在怀里，很久很久。新一突然看见站在远处朝霞里的少年侦探团，他习惯性的想跑过去和大家一起，但脚步又突然停住。新一缓缓的转过身去，用只有自己能听见的声音说：“大家，再见了。” 他慢慢的往另一边的人群中走去，没有回头，咬紧牙齿泪水居然都忍不住模糊了眼睛。一颗很大的泪珠突然滑落，之后更多的泪水紧随其后落下。新一听见步美的声音：“再见了，柯南同学。”
就先我们的生活，无论好坏，我们都会一直走下去的，生活永远不会毫无意义的。
博士是坏人。。毛利是超人
还有，柯南的解药，竟然是爱的力量
青山刚昌终于透露了柯南结局
“近来小学馆方面在接受杂志采访时曾表示，打算预定在今年内结束名侦探柯南”。
“根据小学馆传来的证词，虽然名侦探取得了前所未有的成功，但是考虑到目前剧情已经进入白热化的阶段，再拖延下去只会降低故事的观赏性，因此虽然有些遗憾，也只能保证剧情为优先” 。
“而对于大家最关心的结局问题，作者青山冈昌没有过多透露，只是表示会是出乎所有人预料的，同时动画会先于漫画结束，而最后的全部剧情将在漫画内得到彻底解答，至于在柯南完结之后是否会继续创作基德的故事，青山则表示：‘还没考虑太多，不过如果读者喜欢的话也没什么不可以’。
官方消息，关于哀的问题，青山老师给出了最后的答案，哀在最后的几集中，被组织以极隐秘的方式所枪杀，目前青山老师的这部分的漫画已经画完。具青山老师说，在哀生命即将结束的时候，与柯南{工藤新一}的对话很经典，她就这样退出了这段本不属于她的感情。而小兰被组织绑架了，柯南开始跟组织进行最后的对决。至于结局，大家不要想的很乐观，青山老师说会出呼所有人的意料！
阿笠博士的真面目
黑衣人的真正的首脑，就是一直隐藏在他们身边的阿笠博士DOC。LEE。
事情是这样的，工藤优作原先就怀疑并且侦察黑衣组织。以小说家的身份为掩护，秘密调查。发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家的隔壁住，并且从小培养新一，并派新一和阿笠混熟想借此侦察一些情报。当阿笠开始怀疑工藤父子的时候，想出一条毒计，他派GIN和沃克跟踪出去约会的小兰和新一，大家都看过第一集，其实交易是幌子，真正的目的是跟踪，于是新一也就被他们变成了柯南。之后，阿笠顺理成章地成为了新一的同伴与监护人，并且柯南实际上成了阿笠手中的人质，当时新一的父母第一次出现的那一集，实际是和阿笠谈判的，最终的结果是阿笠以柯南要挟他们两个人流放到瑞士。而优作因为不能和新一说明真相，从而让新一感到受骗，受到伤害。只能同意阿笠的要求，不再回日本，所以你们看优作只有103集的时候回过日本，还是变装的，不能让阿笠发现。
其实APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母联合开发的，而成功后哀的父母意外身亡。阿笠留着柯南不死只不过想观察药品还有没有其他的副作用。但是突然有一天，优作和有纪子突然潜回日本，和柯南（103-104集）秘密接触，让他感受到了威胁，于是安排一个间谍时刻跟随在柯南的身边，那就是灰原哀。哀其实是APTX-4689的第一个实验品，本来药的目的是永葆青春，没想到竟然适得其反产生副作用，造成了身体变小。而柯南事件发生后，哀就成了在柯南身边卧底的最好人选。为什么柯南从来没有被骚扰过就是因为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的监视下。毛利小五郎也是因为追查阿笠才从警界退出的，当时枪击非英里事件只是借口，所以后来暮木说毛利总是把他们引向歧途。
青山刚昌已经给大家提示了，不过因为太晦涩所以没几个人看得出来。其实阿笠这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写就是拉丁 文里面的莫里亚帝。所以阿笠博士其实应该叫莫里亚帝教授——福尔摩斯里的罪恶的教授。
柯南结局498话（2小时半特辑）内容完全披露 感人
第一部分：江户川文代二度现身
江户川文代又一次来到毛利侦探所，说要带柯南去游乐园。柯南以为她又是美希子所扮，便不加怀疑的跟上了文代的车。但在车上柯南却被江户川文代用手枪控制。原来她是黑衣组织的人，柯南的身份已经被组织完全发现了！
柯南在慌张中还是利用麻醉枪射中了伪装成文代的敌人，在车子冲下大桥前逃脱，往阿笠博士家奔去。
与此同时Gin从学校绑架了少年侦探团，并威胁哀交出她研究APTX4869解毒药的数据资料。哀为了救大家把资料给了组织，并被Gin押上了车。
而Gin在开走前却暗中告诉Vodka在他离开之后就杀死少年侦探团的三人。
在Vodka要枪杀少年侦探团时，柯南终于找到了那里救了大家，但Vodka还是逃走了。并说组织在等着工藤新一。
第二部份：沉睡的小五郎－觉醒！
柯南来到博士家用追踪眼镜找到了哀的下落。柯南留下了一张写明一切的磁盘让博士转交给兰，决定自己去面对黑色组织。
但磁盘被闯入博士家的英语老师Judy拿走了，原来她是黑衣组织上层安排在FBI的特工。阿笠博士用自己的新发明弹射坐椅欺骗了Judy，逃过一死来到了毛利家。当阿笠博士正想告诉小五郎和兰现在的状况时，却发现坐在侦探所客厅里的毛利呈现出沉睡的小五郎的姿势！而毛利面前的笔记本上写着“工藤新一”“柯南”“黑衣组织”等等。
原来毛利早就怀疑了柯南，每次都配合扮演沉睡的角色就是为了调查出柯南的真实身份和整个事件。毛利在沉睡般的深思中展现出他真正的实力，通过柯南留下的磁盘资料推理出了黑衣组织的所在。
与此同时，FBI特工赤井秀一来到同事Judy家，意外的发现了的柯南的磁盘。他偷偷的把磁盘取回了家。秀一解开密码后阅读了柯南的自述以及对整个事件的推理。他对同事Judy的身份开始怀疑，但却突然被人从后面击昏。
而这时在米花町，放学回家的兰在门口意外的听见了小五郎和阿笠博士的对话，终于确定了柯南就是新一！兰在泪水中决意要以性命为赌注，为救回新一与黑衣组织绝一死战！
第三部份：小说家的意外访客
赤井秀一被Judy带回了组织。Gin威胁秀一加入组织，最后的考虑时间为2小时。
因为有了哀的数据和配合。两小时之后，组织的药物数据计算终于就可以完成。也就是传说中的“同时成为上帝和魔鬼。让时间倒转，死人复活”药物的完成。
在世界的另一边，工藤优作和美希子也收到了博士的消息。优作第一次让美希子进入了他的密室，原来这里就是工藤优作独自对抗黑衣组织的总部。而小说家不过是个用来收集资料的幌子。
工藤优作和美希子明白决战的时刻已经来临。收拾装备之时，前门突然出现了意外的访客——目暮警官。
目暮警官撕下自己脸上的伪装。优作惊讶的发现到来的客人居然是自己从学生时代便结交的死党，自己还当了他儿子的教父！
他就是曾经扬名世界的伟大魔术家——黑羽先生！
优作看见10年前已经被判定为失踪的老朋友非常吃惊。而黑羽开门见山的告诉优作，自己这十年也一直在独自对着抗黑衣组织。方式就是让自己的儿子黑羽快斗在世界范围内寻找一块特殊的宝石。而就在今天快斗却给他发来了代表最后决战的消息：关于宝石、新一、黑色组织以及人类的未来。他这才以黑羽的身份重新回到人间！而他的儿子也被人称为平成的亚森罗宾。优作这才恍然大悟，原来自己的教子就是怪盗基德！
第四部份：最黑的黑色
柯南在傍晚来到了东京塔下，东京世界博览会正在这里召开。原来黑衣组织的本部就是东京的中心！柯南骗过了警卫进入了地下室的暗门。
这里是另外一个地下王国。柯南利用阿笠博士交给他的电脑在警卫房间里侵入了黑衣组织的电脑中枢，正在向外传播加密数据时，柯南意外的被人从后面击昏，那个人居然又是Gin。
得到部份数据的阿笠博士将大家所拥有的信息整理到了一起，由优作和小五郎一起推理出了惊天的结论：黑衣组织的老板可能就是日本前首相吉田元博，而天皇本人也是黑衣组织的的支持者！组织的一部分重要功能就是以非法手段达到日本的扩张！
而美国**也早有察觉了这一点，并且指使FBI特工暗中介入。事实上美国也想通过操作组织来控制日本。
当分析出这一结论之时，毛利租来的车子已经开到了东京塔下。
关押赤井秀一的房门突然打开，走进来的是——“Sherry”。
第五部份：接近
画面在赤井秀一的回忆中展开。他居然是宫野志保的童年最珍贵的伙伴，是唯一愿意和宫野志保玩的孩子。也正是因为这样，赤井秀一才在第一眼就解开了哀身份的迷题。
哀并不承认自己的身份，她说可以放走秀一，条件是要他永远不要再回到这里。两个人在争吵的时候Judy出现了，秀一为救哀而死，留下遗言：“无论在那个世界，你叫什么名字，我都能找到我的天使。”Judy黑色的枪口指向了哀。
这时毛利小五郎也闯入了组织内部，在组织训练杀手的道场用空手道打败了一群职业杀手。就在他洋洋得意之时，总教练出现了，居然是日本空手道冠军风间仁。小五郎被打败了，但跟踪而至的兰却跳了出来，兰在被风间的实力打入绝望之时耳边传来新一的呼
第八部份：江户川柯南VS工藤新一
哀挡住了射向柯南的子弹，倒在柯南的面前，Gin步步逼近。巨轮的自动排外系统启动。目标是一切生命体，Gin被桅杆的狙击枪射中，一发又一发直到确认心脏停止。
柯南死死的挡在哀的身上，万幸的是他们的因为目标过小不予判定。
天空渐渐就要亮了，哀微笑着拿出粘血的药丸，世界上唯一的一颗APTX4869解药。
“柯南，好想永远和你在一起。但我们没有机会了吧。”哀握着解药的手伸向柯南的脸：“吃下去吧。”
“笨蛋！这颗解药只要得救之后分析成分就能复制了啊！”柯南抱紧了哀。
“不要。”哀突然大声的咳嗽起来，在一瞬间把药塞进柯南的嘴里。“你还不明白吗？”哀看着柯南意外的吞下药丸，缓缓露出笑脸：“这是科学和推理无法解释的问题呢！”哀在闭上眼睛的时候用只有柯南听得见的声音说：“不是工藤新一。我爱的人，是江户川柯南。”
“哀——”药物和心意一起让柯南感觉无比疼痛，他昏了过去。
优作和小五郎在突然之间灵光一闪。优作终于找到了破解这个由科学与逻辑组成的巨大机器的银色子弹。
第九部份：银色弹丸，我们的约定
人类击溃一切邪恶与魔鬼的银色弹丸就是无可代替的“爱”。“爱”就是科学与逻辑永远无法解释的程序。工藤优作发送的银色弹丸在以瞬间传导到了电脑中枢。超级计算机由于溢出的计算以及以及无法模拟程序方式而最终崩溃。巨轮倒数五分钟的自爆装置开始启动。新一在迷迷糊糊中听见了熟悉的呼唤：“新一！新一！”还有直升机的声音。
一切都结束了：巨轮在太阳升起的时候爆炸了。
新一坐在了海边见那种比太阳还要耀眼的光芒，暗想：“江户川柯南已经不存在在这个世界了。他已经和哀一起去了属于他们的幸福花园。而我……”他转过头看见立在身后泪水莹莹的兰。 “终于实现了，我们的约定！”新一把兰紧紧的抱在怀里，很久很久。新一突然看见站在远处朝霞里的少年侦探团，他习惯性的想跑过去和大家一起，但脚步又突然停住。新一缓缓的转过身去，用只有自己能听见的声音说：“大家，再见了。” 他慢慢的往另一边的人群中走去，没有回头，咬紧牙齿泪水居然都忍不住模糊了眼睛。一颗很大的泪珠突然滑落，之后更多的泪水紧随其后落下。新一听见步美的声音：“再见了，柯南同学。”
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最终决别[完结篇]（概述、片段）
（前半部分故事情节概述【以柯南的口吻】）灰原参看快斗传给她的实验资料成功研制出了APTX-4869的解药，将我的身体变回了原状，但是她自己却放弃服用解药，说经历了这么多以后，宁愿自己继续做回一个小学生。
至于目暮警官那边——其实爸爸早就怀疑他也是组织的成员，只是一直没有说破罢了。因为爸爸知道他有不得已的苦衷，所以这次回去，他也只字未提——在大家的心目中目暮警官依然是一位尽职尽责的好警官。听说他这次因为抓捕GIN立了大功，不久以后还会被迁升呢！
当然，那些被植入晶体的实验体也必须解救，所以必须找到“潘多拉”——我们找到了一个叫做“古烟惠”的女明星，而“潘多拉”就隐藏在怪盗基德以前送给她的那枚戒子上的“绿之梦”宝石里面。
而关于怪盗基德和组织——由于考虑到可能会引起社会上不小的恐慌，所以在爸爸的建议下，警方决定对外界宣称“怪盗基德已死”；而对于组织的事情则是完全保密。
园子那家伙听说怪盗基德死亡的消息以后，不仅敌视起我们这些侦探来，还疯狂的学习起了射击、魔术、滑翔等，说是要成为怪盗园子，继承基德的遗志，玩死那些害死基德的警察和侦探，为基德报仇——女人，有时候还真是恐怖耶！
而和叶那边，则是我最无法面对的，我实在没有办法把真相告诉她……最后，我只好用服部的声音告诉她，说服部会去海外修学，很长时间都不会再回来——希望时间可以抹去她对服部的记忆吧！
至于快斗……因为他其实并不能算是真正的怪盗基德，毕竟他的活动时间只有一年左右，而且由他所窃取的物品几乎全部都及时归还了——也就是说，他根本没有真正意义上的犯罪记录。而且他会以“怪盗基德”的身份出现，最主要的目的还是与组织对抗，从情理上来说，都是可以被原谅的。更何况，他还从组织手上成功守候住了潘多拉，并获得了组织的实验资料，可以说是功不可没。所以最后，几乎所有相关机构的人员都一致认为他根本没有量刑的必要。
不过那个家伙，这次好像已经昏迷了好几个星期了。按照医生的说法：因为背部的那一枪刚好打中了他的脊梁，可能是因此影响到脑部的关系。不过我依然很奇怪，他既然因为实验晶体的关系具有远远超于常人的康复力，为什么这一次过了这么久还没完全康复？对此医生也无法解释，只是说，有可能是因为上次的伤原本还没完全康复，而这次又受了重伤，所以才不会像以前那样康复得那么快。
在快斗昏迷的这段期间里，我只要有空，几乎每天都会去探望他。倒是爸爸却从来没有去探望过快斗，但却每天都不忘记向我打听快斗的情况——我知道，爸爸也有自己的苦衷，他不是不想，而是不能……
那一天，我和往常一样去探望那家伙——
医院病房[片段1]
“他怎么样了？”新一正要进去病房里面，刚好碰到刚刚给快斗做完检查的医生。
医生回答道：“哦，他的伤势已经基本康复的差不多了——不过可能是因为大脑的意识还是有点混乱，所以仍然在昏迷中。”
新一推开门走进病房，来到快斗床前，正拿过椅子准备坐下的时候……却发现快斗竟然睁开了眼睛，正直愣愣的盯着自己。
“啊，你终于醒啦！”新一的语气和神情中毫不掩饰的透露出自己的欣慰和激动。
快斗从床上坐了起来，却依然直愣愣的盯着新一……好不容易才吐出这么几个字——“你……是谁？”
“啊？”听到快斗这样问自己，新一脸上的笑容渐渐消失了，他也不知道此刻自己心里究竟是一种怎样的滋味，就好像过去侦探第一次遇见怪盗一样那么陌生。“我……”新一实在不知该如何回答，自己竟然一把搂住了快斗，紧紧的拥抱着他——这个时候新一才发现，原来那些好不容易才找回的东西，自己真的不愿意再失去——“我是你哥哥！”新一沉重的答道。
新一的这个举动倒是把快斗吓得一惊，紧接着快斗的眼睛眯成半月形（汗），说道：“喂，不要搞得这么夸张好不好——我不过是看到你突然变得那么热情，想要确认一下自己是不是认错人了而已。”
听到快斗那么说，新一也突然觉得自己刚才的举动真的是很尴尬，他抽搐一般松开快斗——“诶……?”新一的眼睛同样眯成了半月型，仿佛自己被耍了一般，整得满头是汗。
医院的走道上[片段2]
（新一用轮椅推着快斗在走道上散着步）
“不过，话又说回来，你这个名侦探，突然变得这么热情，还真叫人很不适应额！”快斗开玩笑的说。
“是啊……要不是因为你是我弟弟，而且还是为了我才受了重伤的份上，谁会有事没事来理你这家伙！”新一也开起玩笑来。
“你可别误会哦，我当时只是看着你被枪指着还傻愣愣的站着，想让你快点趴下而已——我可没有想过要帮你档子弹哦！就像那次你从楼上摔下去，我也只是想到要去救你，没有想过你会恩将仇报的拿麻醉针来射我一样。”快斗故意逗趣的说道。
“呵呵，呵”快斗的话让新一很无语，他在心中暗自嘀咕道：“这家伙还真是一点都没变啊——说话还是那么刻薄。”
“不过……你怎么知道你一定是我哥哥？也说不定我才是你哥哥呢——还好你现在恢复了原来的样子，如果你还是个小鬼头的样子，却说你是我哥哥，那可真是可笑了！”快斗继续说着。
“拜托——连贝尔摩得都这么说耶！”新一的心里虽然这么想着，但却深吸了一口气，对快斗说道：“算了——随你吧。”
听到新一这样说，快斗却又很无奈的叹了口气：“其实我们能做兄弟的，也只有在这里的这段时间了——等出院以后，你依然是你的工藤新一，而我也仍然还是我的黑羽快斗……”
新一沉默了，因为新一心里也很清楚这其中的缘由——他实在找不出反驳的理由。
“毕竟，爸爸也算是世界级的知名人士，如果突然多出一个儿子来，就定然会引起各界媒体的关注——在他们不断的追问和调查下，就很有可能会扯出有关怪盗基德，还有黑衣组织的事情……那样，警方隐瞒住真相的那份苦心，就全部都白费了——正是因为早料到会这样，所以当初才不得不隐瞒——有些事情，的确让它永远成迷反而会更好……”。快斗继续说着，语气是那样的深沉，但是表情竟然是出奇的平淡，就仿佛只是在讲述着一件与自己毫不相干的事情。
新一知道，快斗平淡的表情其实只是一种掩饰——因为对于曾经身为怪盗的他而言，掩饰已经成了一种习惯。新一不知该说些什么好，因为事实，的确就正如快斗所说的那样——优作之所以不敢来医院里探望快斗，也是因为害怕会遭到别人的怀疑，当然，也怕遭到有希子的怀疑，毕竟有希子对这件事，还毫不知情。或许，真相可以被隐藏，但优作在意快斗的那份心却是完全掩饰不住的——优作并不是不想认快斗，而是不能……
空气顿时变得凝重了……
“对了，除了我以外，也还有一个女孩经常来看你，你知道么？”新一想要打破这种沉重的气氛，于是掉转话题说道。
“女孩？”快斗先是一惊，然后连忙问新一，“她是叫‘青子’吗？”
新一先是一愣，然后答道：“不，她说她是叫‘红子’。”
“哦，这样啊……”快斗的语气显得有些失落，但又仿佛是舒了一口气。
（正当快斗和新一在谈话的时候，红子也来了。红子告诉快斗，说自己已经接受了白马的追求，打算开始与他交往。其实红子的心里是这么想的，因为她知道，自己这样一直纠缠着快斗，只会让快斗更加的苦恼——既然明知道快斗的心不可能属于自己，就不如让给快斗自由。但是，她却希望快斗就这件事情可以亲口给予自己一个明确的答案。可是快斗对红子接受白马的事情却没有任何的表态，他反而告诉红子，说自己出院以后会离开这个地方，很久都不会再回来……）
医院的走道上[片段3]
“你……真的打算，出院以后就离开这里吗？”工藤新一听到刚才快斗和红子的对话以后，不由得疑惑道。
“啊——是啊，去一个没有人认识我的地方，重新开始新的生活。”快斗很平静的回答着。
“但是……”新一不由得想起了那天贝尔摩德在地下室对自己说的话，他似乎想说什么，但却欲言又止——要知道，快斗是所有实验体中的一个例外，所以也无法用像拯救其他实验体那样的方法来挽留住快斗的时间。
“你是想说，我被成功植入晶体以后，我的时间也已经大大的缩短——所以我所剩的日子已经不多了，对吗？”快斗很快猜到了新一心中所想的事情，但他的语气却依然那么平静。
“你……”看到快斗如此的冷静，新一感到很惊讶。
“其实我最初，只是觉得晶体带给我的，绝不会全都只是有利的方面，必定会有它的弊端——不过是在窃听了你和贝尔摩德的对话以后，才知道那个‘弊端’究竟是什么。”快斗继续说着。
“那你，今后有什么打算？”新一问。
快斗微微笑了笑，说道：“你也知道，我这个人是最不喜欢被命运所摆布的——既然我有能力帮助你，还有其他成为实验体的人，当然也一定可以找到方法帮助我自己。”
听到快斗这么说，新一脸上也露出了欣慰的笑容——他知道，快斗只要是说到的，就一定会做到。“那你离开这里以后，还会回来吗？”新一问道。
看到新一依依不舍的样子，快斗故意逗趣说道：“怎么，难道说我这个对手要离开，你这个名侦探会感到很寂寞？”
新一也微微的笑了笑，答道：“啊——是有点舍不得啊，毕竟，我们这 ‘命中注定的对手’还没有分出高下呢！”
快斗长长的舒了口气，说道：“好吧！十年、二十年之后……不论过多久，总有一天我会回来的——到时候，我们一定可以分出高下的。”
新一又笑了笑，说道：“是吗？那我一定会等着那么一天。”
……
注：《柯南》终章话一共有3大块，每一大块又分了事件篇、疑惑篇、解决篇（最后一块的多了一个“完结篇”）这三小块。（也就是，结局一共分了10集来写）
这里讲述的内容是第二大块的第三小块和第三大块每个小块的内容（即终章话的第6-10集）的部分内容。所讲述的多个片段，虽然都是分开的，但是情节依然可以联系的上。
（前半部分故事情节概述【以柯南的口吻】）灰原参看快斗传给她的实验资料成功研制出了APTX-4869的解药，将我的身体变回了原状，但是她自己却放弃服用解药，说经历了这么多以后，宁愿自己继续做回一个小学生。
至于目暮警官那边——其实爸爸早就怀疑他也是组织的成员，只是一直没有说破罢了。因为爸爸知道他有不得已的苦衷，所以这次回去，他也只字未提——在大家的心目中目暮警官依然是一位尽职尽责的好警官。听说他这次因为抓捕GIN立了大功，不久以后还会被迁升呢！
当然，那些被植入晶体的实验体也必须解救，所以必须找到“潘多拉”——我们找到了一个叫做“古烟惠”的女明星，而“潘多拉”就隐藏在怪盗基德以前送给她的那枚戒子上的“绿之梦”宝石里面。
而关于怪盗基德和组织——由于考虑到可能会引起社会上不小的恐慌，所以在爸爸的建议下，警方决定对外界宣称“怪盗基德已死”；而对于组织的事情则是完全保密。
园子那家伙听说怪盗基德死亡的消息以后，不仅敌视起我们这些侦探来，还疯狂的学习起了射击、魔术、滑翔等，说是要成为怪盗园子，继承基德的遗志，玩死那些害死基德的警察和侦探，为基德报仇——女人，有时候还真是恐怖耶！
而和叶那边，则是我最无法面对的，我实在没有办法把真相告诉她……最后，我只好用服部的声音告诉她，说服部会去海外修学，很长时间都不会再回来——希望时间可以抹去她对服部的记忆吧！
至于快斗……因为他其实并不能算是真正的怪盗基德，毕竟他的活动时间只有一年左右，而且由他所窃取的物品几乎全部都及时归还了——也就是说，他根本没有真正意义上的犯罪记录。而且他会以“怪盗基德”的身份出现，最主要的目的还是与组织对抗，从情理上来说，都是可以被原谅的。更何况，他还从组织手上成功守候住了潘多拉，并获得了组织的实验资料，可以说是功不可没。所以最后，几乎所有相关机构的人员都一致认为他根本没有量刑的必要。
不过那个家伙，这次好像已经昏迷了好几个星期了。按照医生的说法：因为背部的那一枪刚好打中了他的脊梁，可能是因此影响到脑部的关系。不过我依然很奇怪，他既然因为实验晶体的关系具有远远超于常人的康复力，为什么这一次过了这么久还没完全康复？对此医生也无法解释，只是说，有可能是因为上次的伤原本还没完全康复，而这次又受了重伤，所以才不会像以前那样康复得那么快。
在快斗昏迷的这段期间里，我只要有空，几乎每天都会去探望他。倒是爸爸却从来没有去探望过快斗，但却每天都不忘记向我打听快斗的情况——我知道，爸爸也有自己的苦衷，他不是不想，而是不能……
那一天，我和往常一样去探望那家伙——
医院病房[片段1]
“他怎么样了？”新一正要进去病房里面，刚好碰到刚刚给快斗做完检查的医生。
医生回答道：“哦，他的伤势已经基本康复的差不多了——不过可能是因为大脑的意识还是有点混乱，所以仍然在昏迷中。”
新一推开门走进病房，来到快斗床前，正拿过椅子准备坐下的时候……却发现快斗竟然睁开了眼睛，正直愣愣的盯着自己。
“啊，你终于醒啦！”新一的语气和神情中毫不掩饰的透露出自己的欣慰和激动。
快斗从床上坐了起来，却依然直愣愣的盯着新一……好不容易才吐出这么几个字——“你……是谁？”
“啊？”听到快斗这样问自己，新一脸上的笑容渐渐消失了，他也不知道此刻自己心里究竟是一种怎样的滋味，就好像过去侦探第一次遇见怪盗一样那么陌生。“我……”新一实在不知该如何回答，自己竟然一把搂住了快斗，紧紧的拥抱着他——这个时候新一才发现，原来那些好不容易才找回的东西，自己真的不愿意再失去——“我是你哥哥！”新一沉重的答道。
新一的这个举动倒是把快斗吓得一惊，紧接着快斗的眼睛眯成半月形（汗），说道：“喂，不要搞得这么夸张好不好——我不过是看到你突然变得那么热情，想要确认一下自己是不是认错人了而已。”
听到快斗那么说，新一也突然觉得自己刚才的举动真的是很尴尬，他抽搐一般松开快斗——“诶……?”新一的眼睛同样眯成了半月型，仿佛自己被耍了一般，整得满头是汗。
医院的走道上[片段2]
（新一用轮椅推着快斗在走道上散着步）
“不过，话又说回来，你这个名侦探，突然变得这么热情，还真叫人很不适应额！”快斗开玩笑的说。
“是啊……要不是因为你是我弟弟，而且还是为了我才受了重伤的份上，谁会有事没事来理你这家伙！”新一也开起玩笑来。
“你可别误会哦，我当时只是看着你被枪指着还傻愣愣的站着，想让你快点趴下而已——我可没有想过要帮你档子弹哦！就像那次你从楼上摔下去，我也只是想到要去救你，没有想过你会恩将仇报的拿麻醉针来射我一样。”快斗故意逗趣的说道。
“呵呵，呵”快斗的话让新一很无语，他在心中暗自嘀咕道：“这家伙还真是一点都没变啊——说话还是那么刻薄。”
“不过……你怎么知道你一定是我哥哥？也说不定我才是你哥哥呢——还好你现在恢复了原来的样子，如果你还是个小鬼头的样子，却说你是我哥哥，那可真是可笑了！”快斗继续说着。
“拜托——连贝尔摩得都这么说耶！”新一的心里虽然这么想着，但却深吸了一口气，对快斗说道：“算了——随你吧。”
听到新一这样说，快斗却又很无奈的叹了口气：“其实我们能做兄弟的，也只有在这里的这段时间了——等出院以后，你依然是你的工藤新一，而我也仍然还是我的黑羽快斗……”
新一沉默了，因为新一心里也很清楚这其中的缘由——他实在找不出反驳的理由。
“毕竟，爸爸也算是世界级的知名人士，如果突然多出一个儿子来，就定然会引起各界媒体的关注——在他们不断的追问和调查下，就很有可能会扯出有关怪盗基德，还有黑衣组织的事情……那样，警方隐瞒住真相的那份苦心，就全部都白费了——正是因为早料到会这样，所以当初才不得不隐瞒——有些事情，的确让它永远成迷反而会更好……”。快斗继续说着，语气是那样的深沉，但是表情竟然是出奇的平淡，就仿佛只是在讲述着一件与自己毫不相干的事情。
新一知道，快斗平淡的表情其实只是一种掩饰——因为对于曾经身为怪盗的他而言，掩饰已经成了一种习惯。新一不知该说些什么好，因为事实，的确就正如快斗所说的那样——优作之所以不敢来医院里探望快斗，也是因为害怕会遭到别人的怀疑，当然，也怕遭到有希子的怀疑，毕竟有希子对这件事，还毫不知情。或许，真相可以被隐藏，但优作在意快斗的那份心却是完全掩饰不住的——优作并不是不想认快斗，而是不能……
空气顿时变得凝重了……
“对了，除了我以外，也还有一个女孩经常来看你，你知道么？”新一想要打破这种沉重的气氛，于是掉转话题说道。
“女孩？”快斗先是一惊，然后连忙问新一，“她是叫‘青子’吗？”
新一先是一愣，然后答道：“不，她说她是叫‘红子’。”
“哦，这样啊……”快斗的语气显得有些失落，但又仿佛是舒了一口气。
（正当快斗和新一在谈话的时候，红子也来了。红子告诉快斗，说自己已经接受了白马的追求，打算开始与他交往。其实红子的心里是这么想的，因为她知道，自己这样一直纠缠着快斗，只会让快斗更加的苦恼——既然明知道快斗的心不可能属于自己，就不如让给快斗自由。但是，她却希望快斗就这件事情可以亲口给予自己一个明确的答案。可是快斗对红子接受白马的事情却没有任何的表态，他反而告诉红子，说自己出院以后会离开这个地方，很久都不会再回来……）
医院的走道上[片段3]
“你……真的打算，出院以后就离开这里吗？”工藤新一听到刚才快斗和红子的对话以后，不由得疑惑道。
“啊——是啊，去一个没有人认识我的地方，重新开始新的生活。”快斗很平静的回答着。
“但是……”新一不由得想起了那天贝尔摩德在地下室对自己说的话，他似乎想说什么，但却欲言又止——要知道，快斗是所有实验体中的一个例外，所以也无法用像拯救其他实验体那样的方法来挽留住快斗的时间。
“你是想说，我被成功植入晶体以后，我的时间也已经大大的缩短——所以我所剩的日子已经不多了，对吗？”快斗很快猜到了新一心中所想的事情，但他的语气却依然那么平静。
“你……”看到快斗如此的冷静，新一感到很惊讶。
“其实我最初，只是觉得晶体带给我的，绝不会全都只是有利的方面，必定会有它的弊端——不过是在窃听了你和贝尔摩德的对话以后，才知道那个‘弊端’究竟是什么。”快斗继续说着。
“那你，今后有什么打算？”新一问。
快斗微微笑了笑，说道：“你也知道，我这个人是最不喜欢被命运所摆布的——既然我有能力帮助你，还有其他成为实验体的人，当然也一定可以找到方法帮助我自己。”
听到快斗这么说，新一脸上也露出了欣慰的笑容——他知道，快斗只要是说到的，就一定会做到。“那你离开这里以后，还会回来吗？”新一问道。
看到新一依依不舍的样子，快斗故意逗趣说道：“怎么，难道说我这个对手要离开，你这个名侦探会感到很寂寞？”
新一也微微的笑了笑，答道：“啊——是有点舍不得啊，毕竟，我们这 ‘命中注定的对手’还没有分出高下呢！”
快斗长长的舒了口气，说道：“好吧！十年、二十年之后……不论过多久，总有一天我会回来的——到时候，我们一定可以分出高下的。”
新一又笑了笑，说道：“是吗？那我一定会等着那么一天。”
……
注：《柯南》终章话一共有3大块，每一大块又分了事件篇、疑惑篇、解决篇（最后一块的多了一个“完结篇”）这三小块。（也就是，结局一共分了10集来写）
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青山刚昌透露：名侦探柯南大结局！
青山刚昌终于透露了柯南结局
“近来小学馆方面在接受杂志采访时曾表示，打算预定在今年内结束名侦探柯南”。
“根据小学馆传来的证词，虽然名侦探取得了前所未有的成功，但是考虑到目前剧情已经进入白热化的阶段，再拖延下去只会降低故事的观赏性，因此虽然有些遗憾，也只能保证剧情为优先” 。
“而对于大家最关心的结局问题，作者青山冈昌没有过多透露，只是表示会是出乎所有人预料的，同时动画会先于漫画结束，而最后的全部剧情将在漫画内得到彻底解答，至于在柯南完结之后是否会继续创作基德的故事，青山则表示：‘还没考虑太多，不过如果读者喜欢的话也没什么不可以’
官方消息，关于哀的问题，青山老师给出了最后的答案，哀在最后的几集中，被组织以极隐秘的方式所枪杀，目前青山老师的这部分的漫画已经画完。具青山老师说，在哀生命即将结束的时候，与柯南{工藤新一}的对话很经典，她就这样退出了这段本不属于她的感情。而小兰被组织绑架了，柯南开始跟组织进行最后的对决。至于结局，大家不要想的很乐观，青山老师说会出呼所有人的意料！！
阿笠博士的真面目
黑衣人的真正的首脑，就是一直隐藏在他们身边的阿笠博士DOC。LEE。
事情是这样的，工藤优作原先就怀疑并且侦察黑衣组织。以小说家的身份为掩护，秘密调查。发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家的隔壁住，并且从小培养新一，并派新一和阿笠混熟想借此侦察一些情报。当阿笠开始怀疑工藤父子的时候，想出一条毒计，他派GIN和沃克跟踪出去约会的小兰和新一，大家都看过第一集，其实交易是幌子，真正的目的是跟踪，于是新一也就被他们变成了柯南。之后，阿笠顺理成章地成为了新一的同伴与监护人，并且柯南实际上成了阿笠手中的人质，当时新一的父母第一次出现的那一集，实际是和阿笠谈判的，最终的结果是阿笠以柯南要挟他们两个人流放到瑞士。而优作因为不能和新一说明真相，从而让新一感到受骗，受到伤害。只能同意阿笠的要求，不再回日本，所以你们看优作只有103集的时候回过日本，还是变装的，不能让阿笠发现。
其实APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母联合开发的，而成功后哀的父母意外身亡。阿笠留着柯南不死只不过想观察药品还有没有其他的副作用。但是突然有一天，优作和有纪子突然潜回日本，和柯南（103-104集）秘密接触，让他感受到了威胁，于是安排一个间谍时刻跟随在柯南的身边，那就是灰原哀。哀其实是APTX-4689的第一个实验品，本来药的目的是永葆青春，没想到竟然适得其反产生副作用，造成了身体变小。而柯南事件发生后，哀就成了在柯南身边卧底的最好人选。为什么柯南从来没有被骚扰过就是因为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的监视下。毛利小五郎也是因为追查阿笠才从警界退出的，当时枪击非英里事件只是借口，所以后来暮木说毛利总是把他们引向歧途。
青山刚昌已经给大家提示了，不过因为太晦涩所以没几个人看得出来。其实阿笠这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写就是拉丁 文里面的莫里亚帝。所以阿笠博士其实应该叫莫里亚帝教授--福尔摩斯里的罪恶的教授。
我空间里的，应该可以帮到你
青山刚昌终于透露了柯南结局
“近来小学馆方面在接受杂志采访时曾表示，打算预定在今年内结束名侦探柯南”。
“根据小学馆传来的证词，虽然名侦探取得了前所未有的成功，但是考虑到目前剧情已经进入白热化的阶段，再拖延下去只会降低故事的观赏性，因此虽然有些遗憾，也只能保证剧情为优先” 。
“而对于大家最关心的结局问题，作者青山冈昌没有过多透露，只是表示会是出乎所有人预料的，同时动画会先于漫画结束，而最后的全部剧情将在漫画内得到彻底解答，至于在柯南完结之后是否会继续创作基德的故事，青山则表示：‘还没考虑太多，不过如果读者喜欢的话也没什么不可以’
官方消息，关于哀的问题，青山老师给出了最后的答案，哀在最后的几集中，被组织以极隐秘的方式所枪杀，目前青山老师的这部分的漫画已经画完。具青山老师说，在哀生命即将结束的时候，与柯南{工藤新一}的对话很经典，她就这样退出了这段本不属于她的感情。而小兰被组织绑架了，柯南开始跟组织进行最后的对决。至于结局，大家不要想的很乐观，青山老师说会出呼所有人的意料！！
阿笠博士的真面目
黑衣人的真正的首脑，就是一直隐藏在他们身边的阿笠博士DOC。LEE。
事情是这样的，工藤优作原先就怀疑并且侦察黑衣组织。以小说家的身份为掩护，秘密调查。发现一些线索后特意搬到黑衣组织首脑阿笠家的隔壁住，并且从小培养新一，并派新一和阿笠混熟想借此侦察一些情报。当阿笠开始怀疑工藤父子的时候，想出一条毒计，他派GIN和沃克跟踪出去约会的小兰和新一，大家都看过第一集，其实交易是幌子，真正的目的是跟踪，于是新一也就被他们变成了柯南。之后，阿笠顺理成章地成为了新一的同伴与监护人，并且柯南实际上成了阿笠手中的人质，当时新一的父母第一次出现的那一集，实际是和阿笠谈判的，最终的结果是阿笠以柯南要挟他们两个人流放到瑞士。而优作因为不能和新一说明真相，从而让新一感到受骗，受到伤害。只能同意阿笠的要求，不再回日本，所以你们看优作只有103集的时候回过日本，还是变装的，不能让阿笠发现。
其实APTX-4689就是阿笠和灰原哀的父母联合开发的，而成功后哀的父母意外身亡。阿笠留着柯南不死只不过想观察药品还有没有其他的副作用。但是突然有一天，优作和有纪子突然潜回日本，和柯南（103-104集）秘密接触，让他感受到了威胁，于是安排一个间谍时刻跟随在柯南的身边，那就是灰原哀。哀其实是APTX-4689的第一个实验品，本来药的目的是永葆青春，没想到竟然适得其反产生副作用，造成了身体变小。而柯南事件发生后，哀就成了在柯南身边卧底的最好人选。为什么柯南从来没有被骚扰过就是因为柯南其实一直在黑衣组织最厉害的老大的监视下。毛利小五郎也是因为追查阿笠才从警界退出的，当时枪击非英里事件只是借口，所以后来暮木说毛利总是把他们引向歧途。
青山刚昌已经给大家提示了，不过因为太晦涩所以没几个人看得出来。其实阿笠这两个字，如果拆解成阿竹立用日文反过来拼写就是拉丁 文里面的莫里亚帝。所以阿笠博士其实应该叫莫里亚帝教授--福尔摩斯里的罪恶的教授。
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