Question

高分求助Perl的问题，生物信息学！

我需要做一个array，目前的数据如下：

这个数据每四行属于一个基因，每个基因的四行里，第一行和第三行都是基因名称但是分别以“@”和“+”开头，第二行是基因序列，第四行是Quals值。我现在有100个基因共400行，我要提取出每个基因的第一行（@开头的名称），第二行（序列）以及第四行（Quals值），并分别做成一个Array。我现在的问题是，用“=~”匹配到“@”开头的那行，并将接下来的三行看作循环1（以后每读到“@”才算作一个新的循环），然后我提取出第一行，剩下的三行分不开，如果我再单独匹配一下第三行，就会跳过第二行……总之很凌乱，求帮助。

Answer 1

楼主的问题很简单，既然知道每个基因是四行，那就每个循环连续读入四行即可：
例子如下：
#!/usr/bin/perl
open(IN,"yourfile"); #输入文件
while(my $line1=<IN>){ #读第一行
my $line2=<IN>; #读第二行
<IN>; #第三行忽略
my $line4=<IN>; #读第四行
}
即可
不明白的话qq我 qq见我的名字

Answer 2

#!/usr/bin/perl -w
#tt2
$/="@";
open FILE,"myfile";
while (<FILE>){
chomp;
@Array=(split /\n/,$_)[0,1,3];
print "@Array\n";
}

=================================
myfile:

@1line1line1line
2line2line2line
3line3line3line
4line4line4line
@5line5line5line
6line6line6line
7line7line7line
8line8line8line
@9line9line9line
10line10line10line
11line11line11line
12line12line12line
@13line13line13line
14line14line14line
15line15line15line
16line16line16line

./tt2

1line1line1line 2line2line2line 4line4line4line
5line5line5line 6line6line6line 8line8line8line
9line9line9line 10line10line10line 12line12line12line
13line13line13line 14line14line14line 16line16line16line

Answer 3

$/="@";
while(<FILE>){
chomp;
@a=split /\n/,$_;
next if (@a < 4);
#$a[0],$a[1],$a[3]是你想要的东西
}